В 1с модули могут возвращать ссылки на общие модули.
Например:

МодульУправлениеДоступом = ОбщегоНазначения.ОбщийМодуль("УправлениеДоступом");
МодульУправлениеДоступом.ЭкспортнаяПроцедура();

В этом сниппете есть определение variable symbol МодульУправлениеДоступом. При этом в ReferenceIndex (и ReferenceIndexFiller) можно добавить информацию, что переменная - это reference на ModuleSymbol общего модуля "УправлениеДоступом". Таким образом в reference index можно добавить вызов и для ЭкспортнаяПроцедура как ссылку на MethodSymbol в соответствующем документе.