From 2f217289b83c88d086194b2a4361fdb125c36239 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: jbdesbas <jb.desbas@gmail.com>
Date: Wed, 23 Oct 2019 12:04:57 +0200
Subject: [PATCH 01/22] =?UTF-8?q?Phylum=20invert=C3=A9br=C3=A9s?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

Ajout d'autres phylum "Invertébrées" dans la config par défaut
---
 atlas/configuration/config.py.example | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/atlas/configuration/config.py.example b/atlas/configuration/config.py.example
index 5fb9bcbc..6069c5a2 100644
--- a/atlas/configuration/config.py.example
+++ b/atlas/configuration/config.py.example
@@ -107,7 +107,7 @@ AFFICHAGE_EN_CE_MOMENT = True
 
 AFFICHAGE_RANG_STAT = True
 COLONNES_RANG_STAT = 3
-RANG_STAT = [{'phylum': ["Arthropoda", "Mollusca"]}, {'phylum': ["Chordata"]}, {'regne': ["Plantae"]}]
+RANG_STAT = [{'phylum': ["Arthropoda", "Mollusca", "Annelida", "Cnidaria", "Platyhelminthes"]]}, {'phylum': ["Chordata"]}, {'regne': ["Plantae"]}]
 RANG_STAT_FR = ['Faune invertébrée', 'Faune vertébrée', 'Flore']
 
 

From 8466b345f075b2552f961d2cdfdf8a1b5d4be28b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Mon, 13 Jan 2020 15:46:26 +0100
Subject: [PATCH 02/22] Clarification settings.ini

---
 atlas/configuration/settings.ini.sample | 16 ++++++++--------
 1 file changed, 8 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/atlas/configuration/settings.ini.sample b/atlas/configuration/settings.ini.sample
index 125a24f7..56e4b845 100644
--- a/atlas/configuration/settings.ini.sample
+++ b/atlas/configuration/settings.ini.sample
@@ -1,7 +1,7 @@
-
+# ................................
 #  GeoNature-atlas
 #  PostgreSQL database settings
-#.................................
+# ................................
 
 # Effacer la base de données existante lors de l'installation
 drop_apps_db=false
@@ -15,15 +15,15 @@ db_port=5432
 # Nom de la base de données de l'application
 db_name=geonatureatlas
 
-# Nom de l'utilisateur BDD, utilisé par l'application, lecteur des vues matérialisées uniquement
+# Nom de l'utilisateur BDD, utilisé par l'application atlas, lecteur des vues matérialisées uniquement
 user_pg=geonatatlas
 
-# Nom du propriétaire de la BDD, utilisé pour créer et mettre à jour la BDD
-owner_atlas=geonatuser
-
-# Password de l'utilisateur de l'application
+# Password de l'utilisateur BDD, utilisé par l'application, lecteur des vues matérialisées uniquement
 user_pg_pass=monpassachanger
 
+# Nom du propriétaire de la BDD atlas, utilisé pour créer et mettre à jour la BDD
+owner_atlas=geonatadmin
+
 # Password du propriétaire de la BDD
 owner_atlas_pass=monpassachanger
 
@@ -52,7 +52,7 @@ db_source_port=5432
 db_source_name=geonature2db
 
 # Nom de l'utilisateur atlas dans la BDD GeoNature source (lecture seule)
-atlas_source_user=geonatuser
+atlas_source_user=geonatatlas
 
 # Pass de l'utilisateur atlas dans la BDD GeoNature source (lecture seule)
 atlas_source_pass=monpassachanger

From 8f982ae2652348ac5d746941271aea9795ffd06c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Mon, 13 Jan 2020 16:03:08 +0100
Subject: [PATCH 03/22] Update atlas_ref_geo.sql

---
 data/gn2/atlas_ref_geo.sql | 13 +++++--------
 1 file changed, 5 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/data/gn2/atlas_ref_geo.sql b/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
index 98bc204b..a31f79b3 100644
--- a/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
+++ b/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
@@ -1,9 +1,8 @@
 
 --################################
---###COMMUNES
+--### COMMUNES
 --################################
 
-
 -- Suppression si temporaire des communes la table existe
 DO $$
 BEGIN
@@ -12,7 +11,7 @@ EXCEPTION WHEN others THEN
 	RAISE NOTICE 'view atlas.l_communes does not exist';
 END$$;
 
--- création de la vm l_communes à partir des communes du ref_geo
+-- Création de la vm l_communes à partir des communes du ref_geo
 CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.l_communes AS
  SELECT c.area_code as insee,
     c.area_name as commune_maj,
@@ -41,7 +40,7 @@ CREATE UNIQUE INDEX l_communes_insee_idx
 
 --################################
 --################################
---###Mailles
+--### Mailles
 --################################
 --################################
 
@@ -66,7 +65,7 @@ WHERE t.type_code = :type_maille;
 
 --################################
 --################################
---###Territoires
+--### Territoires
 --################################
 --################################
 
@@ -74,7 +73,7 @@ DO $$
 BEGIN
 	DROP TABLE atlas.t_layer_territoire;
 EXCEPTION WHEN others THEN
-	RAISE NOTICE 'view atlas.t_mailles_territoire does not exist';
+	RAISE NOTICE 'view atlas.t_layer_territoire does not exist';
 END$$;
 
 
@@ -101,8 +100,6 @@ CREATE INDEX index_gist_t_layer_territoire_the_geom
   (the_geom);
 
 
-
-
 -- Rafraichissement des vues contenant les données de l'atlas
 CREATE OR REPLACE FUNCTION atlas.refresh_materialized_view_ref_geo()
 RETURNS VOID AS $$

From 83b6cebf1f6f2f7740ef8b0039396546e36f0bf4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Mon, 13 Jan 2020 16:06:31 +0100
Subject: [PATCH 04/22] Clarification documentation

---
 docs/installation.rst | 66 ++++++++++++++++++-------------------------
 1 file changed, 27 insertions(+), 39 deletions(-)

diff --git a/docs/installation.rst b/docs/installation.rst
index 084e802d..6a554657 100644
--- a/docs/installation.rst
+++ b/docs/installation.rst
@@ -73,8 +73,8 @@ Vous pouvez renommer le dossier qui contient l'application (dans un dossier ``/h
 
 Le script ``install_env.sh`` va automatiquement installer les outils nécessaires à l'application si ils ne sont pas déjà sur le serveur :
 
-- PostgreSQL 9.6+
-- PostGIS 2.3+
+- PostgreSQL
+- PostGIS
 - Apache 2
 - Python 3 et GDAL
 - Supervisor
@@ -96,52 +96,40 @@ Faites une copie du modèle de fichier de configuration de la BDD et de son inst
     cp settings.ini.sample settings.ini
     nano settings.ini
 
-:note:
-
-    Suivez bien les indications en commentaire dans ce fichier.
-
-:note:
+NOTES : 
 
-    Attention à ne pas mettre de 'quote' dans les valeurs, même pour les chaines de caractères.
+* Suivez bien les indications en commentaire dans ce fichier.
 
-:note:
-
-    Dans le cas où vous vous souhaitez connecter l'atlas à une BDD distante de GeoNature v2, il faut au préalable créer un utilisateur spécifique pour l'atlas dans cette dernière (lecture seule). 
-
-:note:
+* Attention à ne pas mettre de 'quote' dans les valeurs, même pour les chaines de caractères.
 
-    Se connecter en SSH au serveur hébergeant la BDD mère de GeoNature v2 et lancez les commandes suivantes en les adaptant. Faire ensuite correspondre avec les paramètres concernés dans le fichier ``settings.ini`` (``atlas_source_user`` et ``atlas_source_pass``) :
+* Dans le cas où vous souhaitez connecter l'atlas à une BDD distante de GeoNature v2, il faut au préalable créer un utilisateur spécifique pour l'atlas dans cette dernière (lecture seule). Pour cela se connecter en SSH au serveur hébergeant la BDD mère de GeoNature v2 et lancez les commandes suivantes en les adaptant. Faire ensuite correspondre avec les paramètres concernés dans le fichier ``settings.ini`` (``atlas_source_user`` et ``atlas_source_pass``) :
 
-    ::
-
-        sudo su - postgres
-        psql
-        CREATE USER geonatatlas WITH ENCRYPTED PASSWORD 'monpassachanger';
-        GRANT USAGE ON SCHEMA gn_synthese, ref_geo, ref_nomenclatures, taxonomie TO geonatatlas;
-        GRANT SELECT ON ALL TABLES IN SCHEMA gn_synthese, ref_geo, ref_nomenclatures, taxonomie TO geonatatlas;
-        \q
-        exit
+::
 
-:note:
+    sudo su - postgres
+    psql
+    CREATE USER geonatatlas WITH ENCRYPTED PASSWORD 'monpassachanger';
+    \c geonature2db
+    GRANT USAGE ON SCHEMA gn_synthese, ref_geo, ref_nomenclatures, taxonomie TO geonatatlas;
+    GRANT SELECT ON ALL TABLES IN SCHEMA gn_synthese, ref_geo, ref_nomenclatures, taxonomie TO geonatatlas;
+    \q
+    exit
 
-    GeoNature-atlas fonctionne avec des données géographiques qui doivent être fournies en amont (mailles, limite de territoire, limite de communes). Vous avez la possibilité de récupérer ces données directement depuis le référentiel géographique de GeoNature si les données y sont présentes (``use_ref_geo_gn2=true``); ou de fournir des fichiers shapefiles (à mettre dans le répertoire ``data/ref``)
+* GeoNature-atlas fonctionne avec des données géographiques qui doivent être fournies en amont (mailles, limite de territoire, limite de communes). Vous avez la possibilité de récupérer ces données directement depuis le référentiel géographique de GeoNature si les données y sont présentes (``use_ref_geo_gn2=true``); ou de fournir des fichiers shapefiles (à mettre dans le répertoire ``data/ref``)
         
-:note:
-
-    **Attention** si ``use_ref_geo_gn2=true``. Par défaut le ``ref_geo`` contient l'ensemble des communes de France, ce qui ralentit fortement l'installation lorsqu'on construit la vue matérialisée ``vm_communes`` (qui intersecte les communes avec les limites du territoire). 
+**Attention** si ``use_ref_geo_gn2=true``. Par défaut le ``ref_geo`` contient l'ensemble des communes de France, ce qui ralentit fortement l'installation lorsqu'on construit la vue matérialisée ``vm_communes`` (qui intersecte les communes avec les limites du territoire). 
     
-    Pour accelérer l'installation, vous pouvez "désactiver" certaines communes du ``ref_geo``, dont vous ne vous servez pas. Voir l'exemple de requête ci-dessous :
+Pour accelérer l'installation, vous pouvez "désactiver" certaines communes du ``ref_geo``, dont vous ne vous servez pas. Voir l'exemple de requête ci-dessous :
 
-    ::
+::
 
-        UPDATE ref_geo.l_areas set enable = false where id_type = 25 AND id_area NOT in (
-        select a.id_area from ref_geo.l_areas a
-        join ref_geo.li_municipalities m ON a.id_area = m.id_area
-        where insee_dep in ('MON_CODE_DEPARTEMENT', 'MON_CODE_DEPARTEMENT_BIS')
-        )
+    UPDATE ref_geo.l_areas set enable = false where id_type = 25 AND id_area NOT in (
+    select a.id_area from ref_geo.l_areas a
+    join ref_geo.li_municipalities m ON a.id_area = m.id_area
+    where insee_dep in ('MON_CODE_DEPARTEMENT', 'MON_CODE_DEPARTEMENT_BIS')
+    )
 
-    
-    Si votre territoire est celui de toute la France, préférez une installation en fournissant une couche SHP des communes (sans connection au ``ref_geo``)
+Si votre territoire est celui de toute la France, préférez une installation en fournissant une couche SHP des communes (sans connection au ``ref_geo``)
 
 :note:
 
@@ -170,7 +158,7 @@ Lancez le fichier fichier d'installation de la base de données :
 ::
 
     cd /home/`whoami`/atlas
-    sudo ./install_db.sh
+    ./install_db.sh
 
 
 :notes:
@@ -186,7 +174,7 @@ Si vous souhaitez uniquement recréer la vue ``atlas.vm_observations`` et les 6
 
 :notes:
 
-    Un mécanisme de dégradation des données est fournit par défaut dans GeoNature-atlas, voir la documentation à ce sujet: `<degradation_donnees.rst.rst>`_
+    Un mécanisme de dégradation des données est fourni par défaut dans GeoNature-atlas, voir la documentation à ce sujet : `<degradation_donnees.rst>`_
 
 **5. Installation de l'application**
 

From ab267f69c8fc9067976e2e4ee6285d033824c3d4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: gildeluermoz <gil.deluermoz@ecrins-parcnational.fr>
Date: Tue, 14 Jan 2020 12:18:03 +0100
Subject: [PATCH 05/22] SQL : unique index pour fonctionnement du
 rafraichissement des VM

---
 data/gn2/atlas_ref_geo.sql | 21 +++++++++++----------
 1 file changed, 11 insertions(+), 10 deletions(-)

diff --git a/data/gn2/atlas_ref_geo.sql b/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
index a31f79b3..a997915f 100644
--- a/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
+++ b/data/gn2/atlas_ref_geo.sql
@@ -1,6 +1,5 @@
-
 --################################
---### COMMUNES
+--###Communes
 --################################
 
 -- Suppression si temporaire des communes la table existe
@@ -11,7 +10,7 @@ EXCEPTION WHEN others THEN
 	RAISE NOTICE 'view atlas.l_communes does not exist';
 END$$;
 
--- Création de la vm l_communes à partir des communes du ref_geo
+-- création de la vm l_communes à partir des communes du ref_geo
 CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.l_communes AS
  SELECT c.area_code as insee,
     c.area_name as commune_maj,
@@ -22,15 +21,11 @@ CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.l_communes AS
    WHERE enable=true
 WITH DATA;
 
-
 CREATE INDEX index_gist_l_communes_the_geom
   ON atlas.l_communes
   USING gist
   (the_geom);
 
--- Index: atlas.l_communes_insee_idx
-
--- DROP INDEX atlas.l_communes_insee_idx;
 
 CREATE UNIQUE INDEX l_communes_insee_idx
   ON atlas.l_communes
@@ -40,7 +35,7 @@ CREATE UNIQUE INDEX l_communes_insee_idx
 
 --################################
 --################################
---### Mailles
+--###Mailles
 --################################
 --################################
 
@@ -51,7 +46,6 @@ EXCEPTION WHEN others THEN
 	RAISE NOTICE 'view atlas.t_mailles_territoire does not exist';
 END$$;
 
-
 CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.t_mailles_territoire AS
 SELECT st_transform(c.geom, 3857)::geometry('MultiPolygon',3857) as the_geom,
     st_asgeojson(st_transform(c.geom, 4326)) AS geojson_maille,
@@ -61,11 +55,14 @@ JOIN ref_geo.bib_areas_types t
 ON t.id_type = c.id_type
 WHERE t.type_code = :type_maille;
 
+CREATE UNIQUE INDEX t_mailles_territoire_id_maille_idx
+  ON atlas.t_mailles_territoire
+  USING btree (id_maille);
 
 
 --################################
 --################################
---### Territoires
+--###Territoires
 --################################
 --################################
 
@@ -98,6 +95,10 @@ CREATE INDEX index_gist_t_layer_territoire_the_geom
   ON atlas.t_layer_territoire
   USING gist
   (the_geom);
+  
+CREATE UNIQUE INDEX t_layer_territoire_gid_idx
+  ON atlas.t_layer_territoire
+  USING btree (gid);
 
 
 -- Rafraichissement des vues contenant les données de l'atlas

From fde3e45cdb8725eaf2ea40f42f66fcc71f3faa58 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: gildeluermoz <gil.deluermoz@ecrins-parcnational.fr>
Date: Tue, 14 Jan 2020 15:01:49 +0100
Subject: [PATCH 06/22] SQL - update prochaine version

---
 data/update_1.4.1to1.4.2.sql | 8 ++++++++
 1 file changed, 8 insertions(+)
 create mode 100644 data/update_1.4.1to1.4.2.sql

diff --git a/data/update_1.4.1to1.4.2.sql b/data/update_1.4.1to1.4.2.sql
new file mode 100644
index 00000000..4a8d3b2e
--- /dev/null
+++ b/data/update_1.4.1to1.4.2.sql
@@ -0,0 +1,8 @@
+--index uniques manquants sur 2 vues matérialisées
+CREATE UNIQUE INDEX t_layer_territoire_gid_idx
+  ON atlas.t_layer_territoire
+  USING btree (gid);
+
+CREATE UNIQUE INDEX t_mailles_territoire_id_maille_idx
+  ON atlas.t_mailles_territoire
+  USING btree (id_maille);
\ No newline at end of file

From bc1980814507d9a27ee424ce777c745ccea1f5c8 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Wed, 19 Feb 2020 13:54:03 +0100
Subject: [PATCH 07/22] Fix mapGenerator: stop generating duplicate
 observations

Fix #225, fix cbn-alpin/silene-geonature#1
---
 static/mapGenerator.js | 5 -----
 1 file changed, 5 deletions(-)

diff --git a/static/mapGenerator.js b/static/mapGenerator.js
index 6ac5429e..eb5f4b0c 100644
--- a/static/mapGenerator.js
+++ b/static/mapGenerator.js
@@ -418,11 +418,6 @@ function generateGeojsonPointLastObs(observationsPoint) {
       properties: properties,
       geometry: obs.geojson_point
     });
-    myGeoJson.features.push({
-      type: "Feature",
-      properties: properties,
-      geometry: obs.geojson_point
-    });
   });
   return myGeoJson;
 }

From cd54028aad4bf123d3064806bfea256974c7e42c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Wed, 19 Feb 2020 14:56:50 +0100
Subject: [PATCH 08/22] Fix index.css: resize spinner icon size

Add same CSS rules to 'commune' search input that species input.

Fix #227, fix cbn-alpin/silene-geonature#23.
---
 static/css/index.css | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/static/css/index.css b/static/css/index.css
index e4bb9a31..30ef6122 100644
--- a/static/css/index.css
+++ b/static/css/index.css
@@ -127,7 +127,7 @@ h3.title-spaced {
   margin: 0px;
 }
 
-#searchTaxonsStat {
+#searchTaxonsStat, #searchCommunesStat {
   background-position: right center;
   background-repeat: no-repeat;
   background-size: 25px 25px;

From c375fa344f65b418ae5c24e23508f34603e3b61b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: gildeluermoz <gil.deluermoz@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 27 Mar 2020 21:18:28 +0100
Subject: [PATCH 09/22] fix presentation sub-navbar floating

---
 static/css/atlas.css | 6 ++++++
 1 file changed, 6 insertions(+)

diff --git a/static/css/atlas.css b/static/css/atlas.css
index 30414545..0bf8d58e 100644
--- a/static/css/atlas.css
+++ b/static/css/atlas.css
@@ -20,6 +20,12 @@ body {
   background-color: white !important;
 }
 
+/* PRESENTATION affix navbar */
+
+.affix {
+  top: 60px;
+}
+
 /* TITLE WITH border bar */
 
 .title-bar::before {

From c8589c05b5940e940727b8c606cbe37855c6bdec Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Th=C3=A9o=20Lech=C3=A9mia?=
 <theo.lechemia@ecrins-parcnational.fr>
Date: Mon, 20 Apr 2020 10:17:49 +0200
Subject: [PATCH 10/22] Correction get_taxons return None

---
 atlas/modeles/repositories/vmTaxrefRepository.py | 3 +--
 1 file changed, 1 insertion(+), 2 deletions(-)

diff --git a/atlas/modeles/repositories/vmTaxrefRepository.py b/atlas/modeles/repositories/vmTaxrefRepository.py
index e0665aeb..be2982c7 100644
--- a/atlas/modeles/repositories/vmTaxrefRepository.py
+++ b/atlas/modeles/repositories/vmTaxrefRepository.py
@@ -106,7 +106,7 @@ def getSynonymy(connection, cd_ref):
 
 
 def getTaxon(session, cd_nom):
-    taxon = (
+    return (
         session.query(
             VmTaxref.lb_nom,
             VmTaxref.id_rang,
@@ -119,7 +119,6 @@ def getTaxon(session, cd_nom):
         .filter(VmTaxref.cd_nom == cd_nom)
         .one_or_none()
     )
-    return None
 
 
 def getCd_sup(session, cd_ref):

From 71299d9ed85f34a5da97465729588d3c0fc898cf Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: lpofredc <frederic.cloitre@lpo.fr>
Date: Thu, 30 Apr 2020 14:17:47 +0200
Subject: [PATCH 11/22] Secure Observations points routes while
 AFFICHAGE_MAILLE is true

---
 atlas/atlasAPI.py                       | 67 +++++++++++++------------
 static/custom/assets/404 Not Found.html |  6 +++
 static/mapGenerator.js                  |  5 --
 3 files changed, 40 insertions(+), 38 deletions(-)
 create mode 100644 static/custom/assets/404 Not Found.html

diff --git a/atlas/atlasAPI.py b/atlas/atlasAPI.py
index 58a036ac..28f2c01e 100644
--- a/atlas/atlasAPI.py
+++ b/atlas/atlasAPI.py
@@ -33,23 +33,23 @@ def searchCommuneAPI():
     results = vmCommunesRepository.getCommunesSearch(session, search, limit)
     return jsonify(results)
 
-
-@api.route("/observationsMailleAndPoint/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
-def getObservationsMailleAndPointAPI(cd_ref):
-    """
-        Retourne les observations d'un taxon en point et en maille
-
-        :returns: dict ({'point:<GeoJson>', 'maille': 'GeoJson})
-    """
-    session = utils.loadSession()
-    observations = {
-        "point": vmObservationsRepository.searchObservationsChilds(session, cd_ref),
-        "maille": vmObservationsMaillesRepository.getObservationsMaillesChilds(
-            session, cd_ref
-        ),
-    }
-    session.close()
-    return jsonify(observations)
+if not current_app.config['AFFICHAGE_MAILLE']:
+    @api.route("/observationsMailleAndPoint/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
+    def getObservationsMailleAndPointAPI(cd_ref):
+        """
+            Retourne les observations d'un taxon en point et en maille
+
+            :returns: dict ({'point:<GeoJson>', 'maille': 'GeoJson})
+        """
+        session = utils.loadSession()
+        observations = {
+            "point": vmObservationsRepository.searchObservationsChilds(session, cd_ref),
+            "maille": vmObservationsMaillesRepository.getObservationsMaillesChilds(
+                session, cd_ref
+            ),
+        }
+        session.close()
+        return jsonify(observations)
 
 
 @api.route("/observationsMaille/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
@@ -70,22 +70,23 @@ def getObservationsMailleAPI(cd_ref, year_min=None, year_max=None):
     return jsonify(observations)
 
 
-@api.route("/observationsPoint/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
-def getObservationsPointAPI(cd_ref):
-    connection = utils.engine.connect()
-    observations = vmObservationsRepository.searchObservationsChilds(connection, cd_ref)
-    connection.close()
-    return jsonify(observations)
-
-
-@api.route("/observations/<insee>/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
-def getObservationsCommuneTaxonAPI(insee, cd_ref):
-    connection = utils.engine.connect()
-    observations = vmObservationsRepository.getObservationTaxonCommune(
-        connection, insee, cd_ref
-    )
-    connection.close()
-    return jsonify(observations)
+if not current_app.config['AFFICHAGE_MAILLE']:
+    @api.route("/observationsPoint/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
+    def getObservationsPointAPI(cd_ref):
+        session = utils.loadSession()
+        observations = vmObservationsRepository.searchObservationsChilds(session, cd_ref)
+        session.close()
+        return jsonify(observations)
+
+if not current_app.config['AFFICHAGE_MAILLE']:
+    @api.route("/observations/<insee>/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
+    def getObservationsCommuneTaxonAPI(insee, cd_ref):
+        connection = utils.engine.connect()
+        observations = vmObservationsRepository.getObservationTaxonCommune(
+            connection, insee, cd_ref
+        )
+        connection.close()
+        return jsonify(observations)
 
 
 @api.route("/observationsMaille/<insee>/<int:cd_ref>", methods=["GET"])
diff --git a/static/custom/assets/404 Not Found.html b/static/custom/assets/404 Not Found.html
new file mode 100644
index 00000000..2ce12d4b
--- /dev/null
+++ b/static/custom/assets/404 Not Found.html	
@@ -0,0 +1,6 @@
+<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2 Final//EN">
+<html><head>
+<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=windows-1252"><title>404 Not Found</title>
+</head><body><h1>Not Found</h1>
+<p>The requested URL was not found on the server. If you entered the URL manually please check your spelling and try again.</p>
+</body></html>
\ No newline at end of file
diff --git a/static/mapGenerator.js b/static/mapGenerator.js
index 6ac5429e..eb5f4b0c 100644
--- a/static/mapGenerator.js
+++ b/static/mapGenerator.js
@@ -418,11 +418,6 @@ function generateGeojsonPointLastObs(observationsPoint) {
       properties: properties,
       geometry: obs.geojson_point
     });
-    myGeoJson.features.push({
-      type: "Feature",
-      properties: properties,
-      geometry: obs.geojson_point
-    });
   });
   return myGeoJson;
 }

From 6e8f46da188a4bde2ea105a0ce7bade9190aab3d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: lpofredc <frederic.cloitre@lpo.fr>
Date: Thu, 30 Apr 2020 14:21:17 +0200
Subject: [PATCH 12/22] remove file

---
 static/custom/assets/404 Not Found.html | 6 ------
 1 file changed, 6 deletions(-)
 delete mode 100644 static/custom/assets/404 Not Found.html

diff --git a/static/custom/assets/404 Not Found.html b/static/custom/assets/404 Not Found.html
deleted file mode 100644
index 2ce12d4b..00000000
--- a/static/custom/assets/404 Not Found.html	
+++ /dev/null
@@ -1,6 +0,0 @@
-<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2 Final//EN">
-<html><head>
-<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=windows-1252"><title>404 Not Found</title>
-</head><body><h1>Not Found</h1>
-<p>The requested URL was not found on the server. If you entered the URL manually please check your spelling and try again.</p>
-</body></html>
\ No newline at end of file

From da3d25ab86a214d82944429f514f993ab180a99c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Tue, 18 Aug 2020 11:17:19 +0200
Subject: [PATCH 13/22] Fix atlas.css: remove useless horizontal scrollbar

---
 static/css/atlas.css | 3 +--
 1 file changed, 1 insertion(+), 2 deletions(-)

diff --git a/static/css/atlas.css b/static/css/atlas.css
index 0bf8d58e..eb3656de 100644
--- a/static/css/atlas.css
+++ b/static/css/atlas.css
@@ -61,8 +61,7 @@ body {
 }
 
 #page {
-  padding-left: 70px;
-  padding-right: 10px;
+  padding-left: 75px;
   margin-top: 25px;
 }
 

From 7c7d3c4c7719ce757f82dd2a1b4c44e546dac832 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Mon, 31 Aug 2020 14:24:34 +0200
Subject: [PATCH 14/22] Feat requirements.txt: up sqlalchemy to 1.3.19

---
 requirements.txt | 4 ++--
 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt
index f4b31916..cafd7936 100644
--- a/requirements.txt
+++ b/requirements.txt
@@ -9,8 +9,8 @@ gunicorn==19.9.0
 itsdangerous==1.1.0
 Jinja2==2.10.1
 MarkupSafe==1.1.1
-psycopg2==2.7.5
-SQLAlchemy==1.3.5
+psycopg2==2.8.5
+SQLAlchemy==1.3.19
 visitor==0.1.3
 Werkzeug==0.15.4
 marshmallow==2.19.5

From 45466ec7ec346fbd139aeb36fd01f7b346bc3b0d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Mon, 31 Aug 2020 16:27:30 +0200
Subject: [PATCH 15/22] Refactor requirements.txt: sort lines (ascending, case
 insensitive)

---
 requirements.txt | 6 +++---
 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt
index cafd7936..2f620c72 100644
--- a/requirements.txt
+++ b/requirements.txt
@@ -1,18 +1,18 @@
 Click==7.0
 dominate==2.3.5
-Flask==1.1.1
 Flask-Compress==1.4.0
 Flask-Script==2.0.6
 Flask-SQLAlchemy==2.4.0
+Flask==1.1.1
 GeoAlchemy2==0.6.3
+geojson==2.4.1
 gunicorn==19.9.0
 itsdangerous==1.1.0
 Jinja2==2.10.1
 MarkupSafe==1.1.1
+marshmallow==2.19.5
 psycopg2==2.8.5
 SQLAlchemy==1.3.19
 visitor==0.1.3
 Werkzeug==0.15.4
-marshmallow==2.19.5
-geojson==2.4.1
 

From f45824f773779959588b0ae39d9499b31d3e64fd Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:28:01 +0100
Subject: [PATCH 16/22] Changelog 1.4.2

---
 docs/changelog.rst | 18 ++++++++++++++++++
 1 file changed, 18 insertions(+)

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
index db8ec602..2dd0f8b6 100644
--- a/docs/changelog.rst
+++ b/docs/changelog.rst
@@ -2,6 +2,24 @@
 CHANGELOG
 =========
 
+1.4.2 (2020-11-25)
+------------------
+
+**🐛 Corrections**
+
+* Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafriahcir en parallèle (#254 et #260)
+* Désactivation de la route des observations ponctuelles quand l'atlas est paramétre en mode mailles (#237 par @lpofredc)
+* Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
+* Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
+* Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation
+* Mise à jour de la dépendance Python ``sqlalchemy`` en version 1.3.19
+* Clarification de la documentation et du fichier d'exemple de ``settings.ini``
+
+**⚠️ Notes de version**
+
+* Si vous mettez à jour l'application, exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : ``data/update_1.4.1to1.4.2.sql``
+* Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication
+
 1.4.1 (2019-10-09)
 ------------------
 

From b9492315f96d40a775e98b1f22141f67708cabd1 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:29:09 +0100
Subject: [PATCH 17/22] Changelog 1.4.2

---
 docs/changelog.rst | 3 ++-
 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
index 2dd0f8b6..792e289c 100644
--- a/docs/changelog.rst
+++ b/docs/changelog.rst
@@ -7,8 +7,9 @@ CHANGELOG
 
 **🐛 Corrections**
 
-* Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafriahcir en parallèle (#254 et #260)
 * Désactivation de la route des observations ponctuelles quand l'atlas est paramétre en mode mailles (#237 par @lpofredc)
+* Correction de l'affichage des rangs taxonomiques sur les fiches espèces
+* Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafriahcir en parallèle (#254 et #260)
 * Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
 * Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
 * Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation

From 088cc8dd8698a26fc98e9c2c1ae083fc7e760dd7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:29:48 +0100
Subject: [PATCH 18/22] Changelog - Typo

---
 docs/changelog.rst | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
index 792e289c..0d55f842 100644
--- a/docs/changelog.rst
+++ b/docs/changelog.rst
@@ -9,7 +9,7 @@ CHANGELOG
 
 * Désactivation de la route des observations ponctuelles quand l'atlas est paramétre en mode mailles (#237 par @lpofredc)
 * Correction de l'affichage des rangs taxonomiques sur les fiches espèces
-* Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafriahcir en parallèle (#254 et #260)
+* Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafraichir en parallèle (#254 et #260)
 * Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
 * Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
 * Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation

From 72d880bb9c6a53b1107cb110f2daf9a2705748c3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:49:09 +0100
Subject: [PATCH 19/22] Fix home/map: use application url in map popup link

Use config parameter "application url" for links to species card in
home page map pop-up.
---
 static/mapGenerator.js | 4 +++-
 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/static/mapGenerator.js b/static/mapGenerator.js
index eb5f4b0c..40ecbee3 100644
--- a/static/mapGenerator.js
+++ b/static/mapGenerator.js
@@ -488,7 +488,9 @@ function printEspece(tabEspece, tabCdRef) {
   i = 0;
   while (i < tabEspece.length) {
     stringEspece +=
-      "<li> <a href='../espece/" + tabCdRef[i] + "'>" + tabEspece[i] + "</li>";
+      "<li> <a href='" +
+      configuration.URL_APPLICATION +
+      "/espece/" + tabCdRef[i] + "'>" + tabEspece[i] + "</li>";
 
     i = i + 1;
   }

From dae6d4eb4efdae1da01a1effb226473dd90d5606 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:58:40 +0100
Subject: [PATCH 20/22] Changelog 1.4.2

---
 docs/changelog.rst | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
index 0d55f842..13428a3a 100644
--- a/docs/changelog.rst
+++ b/docs/changelog.rst
@@ -11,6 +11,7 @@ CHANGELOG
 * Correction de l'affichage des rangs taxonomiques sur les fiches espèces
 * Ajout d'index sur les vues matérialisées ``atlas.t_layer_territoire`` et ``atlas.t_mailles_territoire`` pour pouvoir les rafraichir en parallèle (#254 et #260)
 * Correction des observations dupliquées dans les fiches communes (#225 par @jpm-cbna)
+* Correction des liens vers les fiches espèce depuis la carte de la page d'accueil en mode mailles (#221 par @jpm-cbna et @lpofredc)
 * Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
 * Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation
 * Mise à jour de la dépendance Python ``sqlalchemy`` en version 1.3.19

From 27165d9343aa182381601144f60aae993885ba58 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 11:59:09 +0100
Subject: [PATCH 21/22] Prepa 1.4.2

---
 VERSION | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/VERSION b/VERSION
index 347f5833..9df886c4 100644
--- a/VERSION
+++ b/VERSION
@@ -1 +1 @@
-1.4.1
+1.4.2

From dc8e9351fd1812205133756fb3b8e0e2034353ce Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Wed, 25 Nov 2020 12:08:36 +0100
Subject: [PATCH 22/22] Changelog 1.4.2 - OK

---
 docs/changelog.rst | 4 ++--
 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
index 13428a3a..bedb21a5 100644
--- a/docs/changelog.rst
+++ b/docs/changelog.rst
@@ -14,12 +14,12 @@ CHANGELOG
 * Correction des liens vers les fiches espèce depuis la carte de la page d'accueil en mode mailles (#221 par @jpm-cbna et @lpofredc)
 * Correction du spinner pour la recherche par commune (#227 par @jpm-cbna)
 * Corrections CSS supprimant un scroll horizontal global (par @jpm-cbna) et un problème de positionnement sur la page de présentation
-* Mise à jour de la dépendance Python ``sqlalchemy`` en version 1.3.19
+* Mise à jour de la dépendance Python ``SQLAlchemy`` en version 1.3.19
 * Clarification de la documentation et du fichier d'exemple de ``settings.ini``
 
 **⚠️ Notes de version**
 
-* Si vous mettez à jour l'application, exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : ``data/update_1.4.1to1.4.2.sql``
+* Si vous mettez à jour l'application, exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/update_1.4.1to1.4.2.sql
 * Suivez la procédure classique de mise à jour : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/docs/installation.rst#mise-%C3%A0-jour-de-lapplication
 
 1.4.1 (2019-10-09)