04-as-flextable-tables.qmd

{{< include _init.qmd >}}

```{r include=FALSE}
library(flextable)
library(tidyverse)
```



# 'flextable' et le package 'tables'

## tables

Le package 'tables' <https://dmurdoch.github.io/tables/> fournit une interface basée sur un système de formules pour calculer le contenu des tableaux et pour les formater. 

Il a été très inspiré par `SAS PROC TABULATE`.

L'utilisateur peut créer un objet *tableau* en spécifiant une formule, avec le côté gauche indiquant les lignes et le côté droit indiquant les colonnes. La formule décrit les fonctions de résumé à appliquer et la manière de les organiser. Les objets peuvent être filtrés ou combinés en utilisant des opérations similaires à celles des matrices. Les tableaux peuvent être rendus sous forme de texte brut, de code LaTeX pour apparaître dans un document PDF, ou de code HTML pour un document web.

## Un exemple de tableau d'évènements indésirables

On va avoir besoin de deux tables "cliniques". 

```{r}
ex_adae <- formatters::ex_adae
ex_adae
ex_adsl <- formatters::ex_adsl
ex_adsl
```

On va préparer quelques pré-calculs et deux fonctions de résumé.

```{r}
subject_counts <- table(ex_adsl$ARM)

countpercentid <- function(num, ARM) {
  n <- length(unique(num))
  if (n == 0) {
    pct <- 0
  } else {
    pct <- 100*n/subject_counts[ARM[1]]
  }
  sprintf("%d (%.2f%%)", length(unique(num)), pct)
}

count <- function(x) sprintf("(N=%d)", length(x))

```

On peut enfin exprimer le tableau de suivi des évènements indésirables
avec 'tables'.

```{r}
library(tables)
body <- tabular( 
  Heading("Patients with at least one event")*1*
    Heading("")*countpercentid*Arguments(ARM = ARM)*
    Heading()*USUBJID +
    Heading("Total number of events")*1*Heading("")*1 +
    Heading()*AEBODSYS*
    (Heading("Patients with at least one event")*
       Percent(denom = ARM, fn = countpercentid)*
       Heading()*USUBJID +
       Heading("Total number of events")*1 +
       Heading()*AEDECOD*DropEmpty(which = "row")*
       Heading()*Percent(denom = ARM, fn = countpercentid)*
       Heading()*USUBJID) ~ 
    Heading()*ARM, 
data = ex_adae )
```

```{r}
body
```

## La fonction as_flextable

```{r}
library(flextable)
as_flextable(body, spread_first_col = TRUE, add_tab = TRUE) |>
  align(j = 1, part = "all", align = "left") |> 
  padding(padding = 4, part = "all") |> 
  add_header_row(
    values = c("", fmt_header_n(subject_counts, newline = FALSE)),
    top = FALSE) |> 
  hline(i = 1, part = "header", border = fp_border_default(width = 0))
```