Определить маркеры генов бактерий

[lomert]

SD
последовательности для riboswitch
селеноцистеин?

[Mariacherepkova]

Селеноцистеин отпадает. У нас уже есть последовательность mRNA для определения конца mRNA.

Определение структуры генов:

1. Проверка рамки считывания
   ATG start codon (DNA)
   AUG start codon (RNA)
   UAG, UAA, UGA (RNA)
   TAG, TAA, TGA (DNA) STOP codons
   UAG, UAA, UGA (RNA) STOP codons
   ! Рамка считывания должна совпадать
   ! в последовательности белка не указан стоп кодон (надо добавить его в скрипт)

2. Далее: Все найденные рамки считывания проверяем на функциональность (то есть могут ли получиться белки).
   Здесь становятся важны 3' и 5' нетранслируемые участки (3', 5' UTR)

   • SD-sequence – AGGAGG должна быть рядом со стартом.
     Это сайт связывания рибосомы. Он должен быть, если белок соответствует гену, который мы нашли.
   • Codone Usage Bias (Никита знает, как проверить)

Оформление результатов:
https://docs.google.com/presentation/d/15D-bA27BCqV_-XCPcbUIBrymjB9Y7UpCb8jkP_EE8M0/edit#slide=id.g4d8a30590_120