Showcase de utilizações dos dados

[ishouldbedany]

Deveríamos ter uma secção no README.md que encaminhasse para todas as análises e plataformas desenvolvidas/baseadas nos dados. Agreguemos neste issue todas elas.

[ishouldbedany]

Como achatar a curva? O que revelam as experiências dos países, Público

[luminoso]

Apenas baseadas nestes dados? Ou todas as do covid19 em geral, em que por norma utilizam o número de confirmados ou longo do tempo?

[ishouldbedany]

@luminoso Desde que incluam os dados deste repositório de alguma forma, vale tudo

[aquelemiguel]

Mais um exercício em web development e uma forma de quebrar a monotonia da quarentena do que outra coisa, mas fiz um website muito simples de previsão de crescimento de casos confirmados com recurso ao vosso repo. Obrigado pelos dados, pessoal. 😊

Repo: https://github.com/aquelemiguel/ainda-ha-covid-19-amanha
Website: https://aquelemiguel.github.io/ainda-ha-covid-19-amanha

[ishouldbedany]

@aquelemiguel Bom aspecto! Se quiseres sugestões, ainda não vi em lado nenhum a evolução dos casos confirmados estratificada pelas regiões de saúde (5 Administrações Regionais + Açores e Madeira). São interessantes para perceber as dinâmicas mais locais do surto.

[ruicalheno133]

Deixo aqui a minha contribuição. É uma simples dashboard para monitorizar os dados do vosso repo. Como não estava muito diferente do da DGS adicionei essa evolução estratificada por região que mencionaste @ishouldbedany.

https://ruicalheno133.github.io/covid-19-dashboard/

[pvl]

Um dashboard que achei interessante, adaptado para mostrar os dados portugueses com mais detalhes.

Repo: https://github.com/covid19pt/covid-19-pt
Website: https://covid19pt.github.io/covid-19-pt/covid-resumo/

[hrmartins]

Olá,

Report: http://bit.ly/2xxK56s

Criei este report com base no repositorio da John Hopkins. No entanto subsituo para PT com os vossos dados de forma a que consiga o mapeamento de casos por região e por vezes algumas correções aos dados base. Seria interessante conseguir tb o número de obitos por região de saude.

Tinha preparado uma versão com uma opção de menu para PT, mas quiz deixar por agora o mais universal.

Cumprimentos e estou aqui para ajudar.

[aquelemiguel]

@aquelemiguel Bom aspecto! Se quiseres sugestões, ainda não vi em lado nenhum a evolução dos casos confirmados estratificada pelas regiões de saúde (5 Administrações Regionais + Açores e Madeira). São interessantes para perceber as dinâmicas mais locais do surto.

Obrigado pela sugestão, atualizei o projeto. 😄

[giuppo]

Hi there.
Thanks for publishing the data.
I have assembled an ugly web page with the number of new cases per day, per region.

http://lundici.it/covid19-portugal/

The idea is to update it daily, after new data are published.
Actually, are the data released around the same time of the day (for ex. 18 in Italy, 12 in Spain)?

[ishouldbedany]

Hi there.
Thanks for publishing the data.
I have assembled an ugly web page with the number of new cases per day, per region.

http://lundici.it/covid19-portugal/

The idea is to update it daily, after new data are published.
Actually, are the data released around the same time of the day (for ex. 18 in Italy, 12 in Spain)?

Hi @giuppo! The Portuguese Health Autorities are supposedly releasing it at 12:00 GMT everyday, but sometimes they delay quite a bit (~1h delays have happened). We usually update the data very quickly after it's released. If you want to automate something, I'd say ~14h GTM is a safe bet - by then most likely we will have updated data.

[DuarteAndre]

Geopackage com a informação ao nível do Municipio : https://github.com/DuarteAndre/Covid-19_visualizacao_dados/blob/master/Geopackage_COVID.gpkg

Scritp de visualização de dados: https://github.com/DuarteAndre/Covid-19_visualizacao_dados/blob/master/Covid-19_geopackage.ipynb

Análise gráfica + Regressão OLS: https://github.com/DuarteAndre/Covid-19_visualizacao_dados/blob/master/Meus_testes_COVID.ipynb

[ManuelBanza]

Olá a todos.

Tneho vindo a usar este dataset e por isso muito obrigado pelo trabalho que têm feito. Juntei este dataset com outros disponíveis online e criei este dashbaord com estas análise:

• Evolução em percentagem e valores absolutos
• infectados por concelho
• modelos preditivos (python)
• óbitos for faixa etária
• rácio popular por região
• Quarentena

link -> www.tinyurl.com/covid19-pt

Obrigado!

[paulomaia20]

Contribuição por e-mail:

Frederico Pimpão
@fredericopimpao
https://covid19portugal.herokuapp.com/
https://github.com/fredericopimpao/Covid19PT

[jrabasilio]

Olá a todos.

Em modo de experiencias tambem estou a utilizar o vosso dataSet.
Ainda que com pouca informação.

url : https://jrab.herokuapp.com/

Obrigado.

[lourencoabrunhosa]

Obrigado pela partilha destes dados, com eles (com a API da VOST, o vosso repositório e o site do Instituto NS Ricardo Jorge) criei esta app com algumas estatísticas a nível nacional.
Deixo aqui a App: https://covid-dashboard-pt.herokuapp.com/

Muito bom trabalho. Posso deixar umas perguntas?

1. como está a calcular o Rt a partir dos dados?
2. faria sentido introduzir um gráfico de acompanhamento da mortalidade Covid vs a mortalidade geral? (uma vez há quem ande a dizer que a mortalidade é "perfeitamente normal" nesta altura do ano). Deixo um exemplo em anexo.

Estou a sugerir isto porque os verdadeiros herois que mantêm este repo também têm um repo para os dados de mortalidade do SICO:

https://github.com/dssg-pt/dados-SICOeVM

A minha pergunta do R(t) está relacionado com algum trabalho que também fiz (está uns posts acima).

Saudações a todos.

Muito obrigado.

O R(t) estou a reproduzir dos dados disponibilizados pelo instituto nacional de saúde dr. Ricardo Jorge.
http://www.insa.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/11/Rt_nacional.xlsx (este mês, o url vai atualizando com o passar do tempo)

Vou analisar os dados de mortalidade, e provavelmente adicionar esse gráfico também. Obrigado pela sugestão!

[ghomem]

O R(t) estou a reproduzir dos dados disponibilizados pelo instituto nacional de saúde dr. Ricardo Jorge.
http://www.insa.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/11/Rt_nacional.xlsx (este mês, o url vai atualizando com o passar do tempo)

Desconhecia por completo este URL. Obrigado pela partilha. Já a forma oficial como o INSA calcula o R(t) também seria interessante apurar.

Vou analisar os dados de mortalidade, e provavelmente adicionar esse gráfico também. Obrigado pela sugestão!

Faria um óptimo serviço à comunidade. Este gráfico parece-me mesmo muito importante e ainda não o vi online em parte alguma.

[ghomem]

Começo por agradecer o vosso esforço em manter o repositório atualizado! O mesmo não acontece com fontes de outros países (não consigo encontrar um repositório coerente com dados de Espanha, por exemplo).

Desenvolvi um website com bastantes gráficos, úteis para perceber a evolução da pandemia! Para os dados portugueses uso o vosso repositório!

Aceder a Website
Aceder a Repositório

Excelente trabalho. Muito útil a CFR com base nos últimos 30 dias. Faço a mesma sugestão do comentário acima. Que seria incorporar no gráfico de mortalidade uma comparação com a mortalidade média dos últimos 5 anos para esta altura do ano.

[ghomem]

Editei o comentário:

#20 (comment)

para incluir mais um simulador e aproveito para apontar para os dados sobre doenças respiratórias em geral:

https://www.pordata.pt/Portugal/%c3%93bitos+de+residentes+em+Portugal+por+algumas+causas+de+morte-156-235703

caso alguém queira fazer visualizações relacionadas.

[marinhei]

O R(t) estou a reproduzir dos dados disponibilizados pelo instituto nacional de saúde dr. Ricardo Jorge.
http://www.insa.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/11/Rt_nacional.xlsx (este mês, o url vai atualizando com o passar do tempo)

Desconhecia por completo este URL. Obrigado pela partilha. Já a forma oficial como o INSA calcula o R(t) também seria interessante apurar.

Vou analisar os dados de mortalidade, e provavelmente adicionar esse gráfico também. Obrigado pela sugestão!

Faria um óptimo serviço à comunidade. Este gráfico parece-me mesmo muito importante e ainda não o vi online em parte alguma.

Também eu e já procuro há muito tempo saber como se obtém!
Infelizmente vou continuar a procurar na medida em que o link não funciona ou seja só conduz ao que parece ser uma subpágina sob a tutela da página do SNS24.

[andrejoelalves]

O R(t) estou a reproduzir dos dados disponibilizados pelo instituto nacional de saúde dr. Ricardo Jorge.
http://www.insa.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/11/Rt_nacional.xlsx (este mês, o url vai atualizando com o passar do tempo)

Desconhecia por completo este URL. Obrigado pela partilha. Já a forma oficial como o INSA calcula o R(t) também seria interessante apurar.

Vou analisar os dados de mortalidade, e provavelmente adicionar esse gráfico também. Obrigado pela sugestão!

Faria um óptimo serviço à comunidade. Este gráfico parece-me mesmo muito importante e ainda não o vi online em parte alguma.

Também eu e já procuro há muito tempo saber como se obtém!
Infelizmente vou continuar a procurar na medida em que o link não funciona ou seja só conduz ao que parece ser uma subpágina sob a tutela da página do SNS24.

Boas, o link dos dados do INSA sobre o R(t) estão disponíveis neste link: http://www.insa.min-saude.pt/category/areas-de-atuacao/epidemiologia/covid-19-curva-epidemica-e-parametros-de-transmissibilidade/

Existem também nessa página relatórios com metadados que explicitam os packages utilizados para o cálculo R(t).

[lourencoabrunhosa]

O R(t) estou a reproduzir dos dados disponibilizados pelo instituto nacional de saúde dr. Ricardo Jorge.
http://www.insa.min-saude.pt/wp-content/uploads/2020/11/Rt_nacional.xlsx (este mês, o url vai atualizando com o passar do tempo)

Desconhecia por completo este URL. Obrigado pela partilha. Já a forma oficial como o INSA calcula o R(t) também seria interessante apurar.

Vou analisar os dados de mortalidade, e provavelmente adicionar esse gráfico também. Obrigado pela sugestão!

Faria um óptimo serviço à comunidade. Este gráfico parece-me mesmo muito importante e ainda não o vi online em parte alguma.

Também eu e já procuro há muito tempo saber como se obtém!
Infelizmente vou continuar a procurar na medida em que o link não funciona ou seja só conduz ao que parece ser uma subpágina sob a tutela da página do SNS24.

Pois, como tinha dito antes, o link em si muda todos os meses, substituindo a parte 2020/11/ pelo ano mês da data atual. Coloquei esse link para o efeito de se querer obter diretamente o Excel através de código, como já foi comentado, é possível aceder à página do INSA

[Cocolysto]

Olá,

antes de mais, muito obrigado por partilharem os dados e manterem a base actualizada.

Estive a analisar os dados de obitos por Covid em todo o país, que comparei com o total de mortes reportadas em Portugal nos últimos 10 anos. Para estes últimos recorri ao site da Plataforma de Vigilância Mortalidade SICO - eVM (link: https://evm.min-saude.pt/#shiny-tab-q_total), que contém as mortes por todas as causas.
Porque comecei esta análise há alguns dias, os dados mais recentes são de 30/11/2020.

No gráfico seguinte apresenta-se a média de mortes do período 2009-2019 (linha tracejada) e o respectivo desvio padrão (área a azul claro) ao longo do ano.
A linha a vermelho apresenta o número total de mortes no ano de 2020.
A azul escuro está representado o número de mortes esperadas, ou seja, a soma do número médio de mortes nos último 10 anos com o número de mortes diárias devido ao Covid.
Todas as curvas apresentam a média móvel de 7 dias da variável respectiva.

Como seria de esperar, até ao início do mês de Março, o número de mortes total está dentro (ou perto) do desvio padrão. No entanto, a partir de 15 de Março, as mortes superam o limite superior do desvio padrão e mantêm-se acima ou perto do topo durante o resto do ano. Há, em particular, um pico especialmente elevado em meados de Julho, a altura em que o número de mortes costuma ser menor.
Por outro lado, a soma do número de mortes por covid com a média está significativamente abaixo do número total de mortes, apesar de acompanhar a tendência deste último nos períodos de Março a Junho e Outubro a Novembro.

Para facilitar a leitura, apresenta-se no gráfico seguinte o número total de mortes subtraída a média, o número absoluto de mortes por covid e o desvio padrão absoluto do período 2009-2019.

A área a azul claro representa a diferença entre o número de mortes "extra" em 2020 ([Total Óbitos 2020] - [Média Óbitos 09-19]) e o número de mortes por Covid, ou seja, o número de mortes "sem explicação".
Feitas as contas, no período entre 26/2/2020 e 31/11/2020, morreram aproximadamente mais 12688 pessoas do que a média do mesmo período de 2009-2019, sendo que apenas 4505 são atribuídos ao Covid, resultando num total de 8183 pessoas que morreram "a mais".

Com os dados apresenteados não é possível dizer a que se deve esta diferença tão substancial de mortes, mas estimo que seja uma combinação dos seguintes factores:

1. o número de mortes por Covid não está completo: pode ter ocorrido um número significativo de mortes devido a Covid sem que o mesmo tenha sido diagnosticado;
2. falta de diagnóstico de outras doenças devido ao cancelamente de consultas: com o elevado número de cancelamentos de consultas (seja por parte dos serviços de saúde seja pelos utentes) muitas situações que teriam sido previnidas / tratadas num ano "normal" podem ter levado à morte dos doentes;
3. falta de tratamento: devido à incapacidade dos serviços de saúde em Portugal de dar resposta a todos os pedidos podem ter ocorrido mortes devido a causas que seriam atendidas num ano "normal".

Agradeço a atenção e estou disponível para eslcarecer qualquer questão.

P.S. É a primeira vez que utilizo o GitHub e ainda não descobri como partilhar os dados e o código que utilizei, mas fá-lo-ei assim que conseguir.
P.P.S Repositório com o código (R) e dados do SICO: https://github.com/Cocolysto/covid/tree/main

[davipt]

É impressionante o pico do verão, não é? Conseguimos controlar os óbitos em excesso em Março-Abril devido ao Covid e ao pânico da situação, mas falhou-se o controlo dos óbitos em excesso em Maio (médio pico), Junho (pequeno pico) e Julho (grande pico) devido à temperatura elevada. Estes três picos podem ser comparados a anos anteriores com dias de muito calor, considerando que nos anos anteriores foram períodos curtos, e este ano foram semanas a fio.

Aquele pico em Setembro não tinha reparado… vou ver se o descubro.

A aproximação das curvas no inverno tem a ver com os cuidados que estamos a ter por causa do covid estarem também a proteger outras doenças como a gripe, que praticamente não houve até há umas semanas. Agora que finalmente chegou o frio, vamos ver se mantêm-se baixo.

A última vez que olhei a sério para isto foi no inicio de setembro, quando se viu a curva a chegar aos valores normais, o que potencialmente prova que até setembro não houve óbitos em excesso que não pudessem ser provados por razões explicitas - ou seja, o desvio de covid desconhecidos, ou óbitos por medo de ir ao médico, seria mínimo, e os argumentos de que havia mortos a mais ou mortos a menos eram todos desconstruídos.
Mas está na altura de rever os dados de setembro para a frente… Obrigado pelo teu comentário!

[paulomaia20]

Obrigado pela análise @Cocolysto ! Temos também um repositório com os dados do SICO-eVM (e com documentação associada) a serem extraidos diariamente em https://github.com/dssg-pt/dados-SICOeVM :)

Se quiseres completar a tua análise, temos lá algumas fontes que te podem interessar

[Cocolysto]

Olá @paulomaia20, obrigado pelo link, daqui para a frente vai poupar-me bastante trabalho :)

Tenho uma questão com a qual talvez me possas ajudar: É possível correr o código directamente no GitHub, importando automaticamente os resultados dos repositórios? O meu objectivo seria ter um script que consigo correr no github, que pega automativamente os dados do SICO e os do COVID e que apresenta os gráficos.

[paulomaia20]

Usando a ferramenta do Github Actions (como nós usamos neste repositório, na pasta dos workflows) consegues:

• Ter um script que vai buscar os dados do nosso repositório
• Correr o teu script a partir dos dados do SICO
• Exportar os gráficos para um ficheiro e fazer commit deles

Depois podes apontar um README.md para esses gráficos e assim será tudo atualizado automaticamente

[Cocolysto]

Obrigado!
Quando tiver oportunindade vou tentar fazer isso mesmo.

[volven]

Viva, ando à procura do valor total de pessoas internadas e internadas uci. Penso que podemos extrair estes números dos dados certo? Do número de internados, podemos obter o número internados diários e deste podemos extrair o total final.

Segundo os meus cálculos, ao dia 10/11, tivemos um total de 5732 internados e 1018 internados em uci.

Isto bate certo?

[lourencoabrunhosa]

Viva, ando à procura do valor total de pessoas internadas e internadas uci. Penso que podemos extrair estes números dos dados certo? Do número de internados, podemos obter o número internados diários e deste podemos extrair o total final.

Segundo os meus cálculos, ao dia 10/11, tivemos um total de 5732 internados e 1018 internados em uci.

Isto bate certo?

Boas, penso que pelo número de internados é impossível recuperar o número total de pessoas que foram internadas, isto porque só há a variação total da população, se sair um e entrar outro não existe alteração na quantidade de internados... Penso que esses valores só são possíveis de apurar pelos dados detalhados que a dgs partilha com investigadores, em que há registo por pessoa do início e fim do internamento

[volven]

Viva, ando à procura do valor total de pessoas internadas e internadas uci. Penso que podemos extrair estes números dos dados certo? Do número de internados, podemos obter o número internados diários e deste podemos extrair o total final.
Segundo os meus cálculos, ao dia 10/11, tivemos um total de 5732 internados e 1018 internados em uci.
Isto bate certo?

Boas, penso que pelo número de internados é impossível recuperar o número total de pessoas que foram internadas, isto porque só há a variação total da população, se sair um e entrar outro não existe alteração na quantidade de internados... Penso que esses valores só são possíveis de apurar pelos dados detalhados que a dgs partilha com investigadores, em que há registo por pessoa do início e fim do internamento

Sim, tem razão, o cálculo não é possível. Outra razão que também tinha pensado, é o facto de uma pessoa poder passar para internamento e uci e vice versa, baralhando assim o cálculo.

[davipt]

Sim, tem razão, o cálculo não é possível. Outra razão que também tinha pensado, é o facto de uma pessoa poder passar para internamento e uci e vice versa, baralhando assim o cálculo.

Há valores que são contadores de acumulados ao longo do tempo, e valores que são contadores pontuais nesse dia.

Confirmados, Recuperados, e Óbitos (infelizmente), são valores que acumulam e crescem todos os dias. Um confirmado é mais um ativo. Um recuperado (ou óbito) é menos um ativo.

Ativos, Internados, e UCI são valores correspondentes ao número de pessoas em cada local, nesse especifico dia, e todos os dias poderão aumentar ou reduzir.

Ativos são toda as pessoas que estão doentes nesse dia, e é a soma das pessoas que estão doentes em casa, mais as pessoas que estão internadas no hospital. (ou seja, ativos menos internados dirá quantas estão em casa)

internados são todas as pessoas no hospital, e é a soma de enfermaria com uci.

É impossível derivar o acumulado de quantas pessoas estiveram no hospital, em enfermaria ou UCI, pois cada caso confirmado poderá estar em casa, em enfermaria, ou no uci, e mudar de estado em dias diferentes - ir para enfermaria ou uci caso piore, ou enviada para casa por exemplo à sexta feira caso a situação seja controlável, pois não há altas ao fim de semana. Isto explica a redução (ou não crescimento) nos casos de internamento (enfermaria) publicados ao sábado.

[ishouldbedany]

Olá a todos e parabéns por todo este conteúdo fantástico que continua a surgir!

Criamos uma secção no nosso Discussions aqui do GitHub para partilharmos estes projectos de forma mais estruturada. Está disponível aqui. Se quiserem falar do vosso Projecto ou voltar a divulgá-lo, assim como ter qualquer outro tipo de discussão técnico-científica, estejam à vontade para usar este pseudo-fórum aqui dentro do repositório.

(Esta que era a Issue do "showcase de projectos" é agora uma discussão, sintam-se à vontade para continuar a partilhar).

Temos várias categorias. Para partilhar projectos, escolham a categoria 🙌 Montra de Projectos.