Reorganize root directory structure

[gHashTag]

Reorganize 27 root directories into 11 logical groups:

• docs/ (book/, site/, MEMORY.md)
• tools/ (scripts/, vscode-extension/, webarena/)
• tests/ (benchmarks/, unit/)
• examples/ (demotapes/, recordings/)
• lab/ (experiments/, results/, outreach/)
• targets/ (wasm/, kaggle/)
• external/ (zig-hslm/, zig-golden-float/)
• release/ (assets/, v2.0.0/)
• archive/ (legacy/, combined/, var/)

[gHashTag]

Структурная нормализация монорепо

✅ Выполнено:

1. apps/ — оставлено в корне как зона активных приложений
2. archive/ — перемещено в archive/legacy/ с README.md
3. build-artifacts/ — добавлено в .gitignore
4. bench/ — перемещено в tests/benchmarks/
5. README.md — создан с описанием монорепо структуры

Новая структура корня:

trinity/
├── apps/          # Active applications
├── docs/          # Documentation (book/, site/, MEMORY.md)
├── tools/         # Utilities
├── tests/         # Tests (benchmarks/, unit/)
├── examples/       # Examples
├── lab/           # Research
├── targets/       # Platforms (wasm/, kaggle/)
├── external/       # Dependencies
├── release/       # Releases
└── archive/       # Archives (legacy/, combined/, var/)

Примечание: zig-golden-float/ остаётся как обычная директория, не как submodule (Git warning embedded repo), чтобы избежать конфликта.

[gHashTag]

Дополнение: archive/legacy + build-artifacts

✅ Дополнения:

• archive/legacy/README.md создан
• build-artifacts/ добавлен в .gitignore (постоянные build outputs)

Пуш завершён: git push origin main

Все изменения загружены в GitHub.