diff --git a/.github/workflows/check.yaml b/.github/workflows/check.yaml index b2062d75..f26ba860 100644 --- a/.github/workflows/check.yaml +++ b/.github/workflows/check.yaml @@ -26,6 +26,8 @@ jobs: REPO_GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }} with: additional-r-cmd-check-params: --as-cran + additional-env-vars: | + NOT_CRAN=true coverage: name: Coverage 📔 uses: insightsengineering/r.pkg.template/.github/workflows/test-coverage.yaml@main diff --git a/R/matching.R b/R/matching.R index 81282b72..932f17a3 100644 --- a/R/matching.R +++ b/R/matching.R @@ -354,9 +354,10 @@ plot_weights_ggplot <- function(weighted_data, bin_col, vline_col, }) legend_data <- data.frame(ind = main_title, lab = lab) + values <- median <- NULL # dummy assignment for undefined variable check hist_plot <- ggplot2::ggplot(wt_data) + - ggplot2::geom_histogram(ggplot2::aes_string(x = "values"), bins = bins, color = bin_col, fill = bin_col) + - ggplot2::geom_vline(ggplot2::aes_string(xintercept = "median"), + ggplot2::geom_histogram(ggplot2::aes(x = values), bins = bins, color = bin_col, fill = bin_col) + + ggplot2::geom_vline(ggplot2::aes(xintercept = median), color = vline_col, linetype = "dashed" ) + @@ -364,7 +365,7 @@ plot_weights_ggplot <- function(weighted_data, bin_col, vline_col, ggplot2::facet_wrap(~ind, ncol = 1) + ggplot2::geom_text( data = legend_data, - ggplot2::aes_string(label = "lab"), x = Inf, y = Inf, hjust = 1, vjust = 1, size = 3 + ggplot2::aes(label = lab), x = Inf, y = Inf, hjust = 1, vjust = 1, size = 3 ) + ggplot2::theme( axis.title = ggplot2::element_text(size = 12), diff --git a/tests/testthat/_snaps/maic_anchored.md b/tests/testthat/_snaps/maic_anchored.md index 009fed7f..a33106c6 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/maic_anchored.md +++ b/tests/testthat/_snaps/maic_anchored.md @@ -13,7 +13,7 @@ events% rmean se(rmean) median 0.95LCL 0.95UCL 1 100.00000 2.564797 0.11366994 1.836467 1.644765 2.045808 2 38.00000 8.709690 0.35514766 7.587627 6.278691 10.288538 - 3 100.00000 2.679473 0.20670827 1.815795 1.457222 2.292484 + 3 100.00000 2.363509 0.18354814 1.641770 1.052627 2.093468 4 31.95014 10.584609 0.57397937 12.166430 10.244293 NA 5 100.00000 2.455272 0.09848888 1.851987 1.670540 2.009650 6 59.33333 4.303551 0.33672602 2.746131 2.261125 3.320857 @@ -21,14 +21,14 @@ --- Code - testout$inferential$summary + print(testout$inferential$summary, digits = 5) Output - case HR LCL UCL pval - 1 AC 0.2216588 0.1867151 0.2631423 2.136650e-66 - 2 adjusted_AC 0.1631852 0.1113815 0.2390829 1.361531e-20 - 3 BC 0.5718004 0.4811989 0.6794607 2.143660e-10 - 4 AB 0.3876507 0.3039348 0.4944253 2.270430e-14 - 5 adjusted_AB 0.2853885 0.1876867 0.4339497 4.509575e-09 + case HR LCL UCL pval + 1 AC 0.22166 0.18672 0.26314 2.1366e-66 + 2 adjusted_AC 0.13675 0.09450 0.19789 4.9838e-26 + 3 BC 0.57180 0.48120 0.67946 2.1437e-10 + 4 AB 0.38765 0.30393 0.49443 2.2704e-14 + 5 adjusted_AB 0.23916 0.15906 0.35959 6.1920e-12 --- @@ -47,8 +47,8 @@ conf.type = km_conf_type) records n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=C 500 173 173.3 55.3 44.4 69.8 - ARM=A 500 173 55.4 370.3 311.8 NA + ARM=C 500 173 173.3 50 32 63.7 + ARM=A 500 173 55.4 370 312 NA $km_agd Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = pseudo_ipd, @@ -74,9 +74,9 @@ robust = TRUE) coef exp(coef) se(coef) robust se z p - ARMA -1.8129 0.1632 0.1602 0.1949 -9.303 <2e-16 + ARMA -1.9896 0.1368 0.1691 0.1886 -10.55 <2e-16 - Likelihood ratio test=155.2 on 1 df, p=< 2.2e-16 + Likelihood ratio test=175.6 on 1 df, p=< 2.2e-16 n= 1000, number of events= 690 $model_agd @@ -91,19 +91,19 @@ $res_AC $res_AC$est - [1] 0.1631852 + [1] 0.1367514 $res_AC$se - [1] 0.194863 + [1] 0.1885548 $res_AC$ci_l - [1] 0.1113815 + [1] 0.09450039 $res_AC$ci_u - [1] 0.2390829 + [1] 0.1978927 $res_AC$pval - [1] 1.361531e-20 + [1] 4.98377e-26 $res_AC_unadj @@ -142,7 +142,7 @@ $res_AB result pvalue - "0.29[0.19; 0.43]" "<0.001" + "0.24[0.16; 0.36]" "<0.001" $res_AB_unadj result pvalue @@ -164,71 +164,71 @@ --- Code - testout2$descriptive$summary + print(testout2$descriptive$summary, digits = 5) Output - trt_ind treatment type records n.max n.start events - 1 C C IPD, before matching 500 500.0000 500.0000 500.00000 - 2 A A IPD, before matching 500 500.0000 500.0000 190.00000 - 3 C C IPD, after matching 500 173.3137 173.3137 173.31374 - 4 A A IPD, after matching 500 173.3137 173.3137 55.37398 - 5 C C AgD, external 500 500.0000 500.0000 500.00000 - 6 B B AgD, external 300 300.0000 300.0000 178.00000 - events% rmean se(rmean) median 0.95LCL 0.95UCL - 1 100.00000 2.564797 0.11366994 1.836467 1.644765 2.045808 - 2 38.00000 8.709690 0.35514766 7.587627 6.278691 10.288538 - 3 100.00000 2.679473 0.20670827 1.815795 1.457222 2.292484 - 4 31.95014 10.584609 0.57397937 12.166430 10.244293 NA - 5 100.00000 2.455272 0.09848888 1.851987 1.670540 2.009650 - 6 59.33333 4.303551 0.33672602 2.746131 2.261125 3.320857 + trt_ind treatment type records n.max n.start events events% + 1 C C IPD, before matching 500 500.00 500.00 500.000 100.000 + 2 A A IPD, before matching 500 500.00 500.00 190.000 38.000 + 3 C C IPD, after matching 500 173.31 173.31 173.314 100.000 + 4 A A IPD, after matching 500 173.31 173.31 55.374 31.950 + 5 C C AgD, external 500 500.00 500.00 500.000 100.000 + 6 B B AgD, external 300 300.00 300.00 178.000 59.333 + rmean se(rmean) median 0.95LCL 0.95UCL + 1 2.5648 0.113670 1.8365 1.6448 2.0458 + 2 8.7097 0.355148 7.5876 6.2787 10.2885 + 3 2.3635 0.183548 1.6418 1.0526 2.0935 + 4 10.5846 0.573979 12.1664 10.2443 NA + 5 2.4553 0.098489 1.8520 1.6705 2.0096 + 6 4.3036 0.336726 2.7461 2.2611 3.3209 --- Code - testout2$inferential$summary + print(testout2$inferential$summary, digits = 5) Output - case HR LCL UCL pval - 1 AC 0.2216588 0.1867151 0.2631423 2.136650e-66 - 2 adjusted_AC 0.1631852 0.1113815 0.2390829 1.361531e-20 - 3 BC 0.5718004 0.4811989 0.6794607 2.143660e-10 - 4 AB 0.3876507 0.3039348 0.4944253 2.270430e-14 - 5 adjusted_AB 0.2853885 0.1876867 0.4339497 4.509575e-09 + case HR LCL UCL pval + 1 AC 0.22166 0.18672 0.26314 2.1366e-66 + 2 adjusted_AC 0.13675 0.09450 0.19789 4.9838e-26 + 3 BC 0.57180 0.48120 0.67946 2.1437e-10 + 4 AB 0.38765 0.30393 0.49443 2.2704e-14 + 5 adjusted_AB 0.23916 0.15906 0.35959 6.1920e-12 --- Code - testout2$inferential$fit + print(testout2$inferential$fit, digits = 5) Output $km_before_ipd Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = ipd, conf.type = km_conf_type) - n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=C 500 500 55.9 50.1 62.3 - ARM=A 500 190 230.9 191.1 313.2 + n events median 0.95LCL 0.95UCL + ARM=C 500 500 55.897 50.063 62.269 + ARM=A 500 190 230.948 191.108 313.157 $km_after_ipd Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = ipd, weights = ipd$weights, conf.type = km_conf_type) - records n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=C 500 173 173.3 55.3 44.4 69.8 - ARM=A 500 173 55.4 370.3 311.8 NA + records n events median 0.95LCL 0.95UCL + ARM=C 500 173.31 173.314 49.971 32.039 63.72 + ARM=A 500 173.31 55.374 370.316 311.811 NA $km_agd Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = pseudo_ipd, conf.type = km_conf_type) n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=C 500 500 56.4 50.8 61.2 - ARM=B 300 178 83.6 68.8 101.1 + ARM=C 500 500 56.370 50.847 61.169 + ARM=B 300 178 83.585 68.823 101.079 $model_before_ipd Call: coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = ipd) - coef exp(coef) se(coef) z p - ARMA -1.50662 0.22166 0.08753 -17.21 <2e-16 + coef exp(coef) se(coef) z p + ARMA -1.50662 0.22166 0.08753 -17.213 < 2.2e-16 - Likelihood ratio test=341.2 on 1 df, p=< 2.2e-16 + Likelihood ratio test=341.18 on 1 df, p=< 2.22e-16 n= 1000, number of events= 690 $model_after_ipd @@ -236,76 +236,76 @@ coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = ipd, weights = weights, robust = TRUE) - coef exp(coef) se(coef) robust se z p - ARMA -1.8129 0.1632 0.1602 0.1949 -9.303 <2e-16 + coef exp(coef) se(coef) robust se z p + ARMA -1.98959 0.13675 0.16905 0.18855 -10.552 < 2.2e-16 - Likelihood ratio test=155.2 on 1 df, p=< 2.2e-16 + Likelihood ratio test=175.56 on 1 df, p=< 2.22e-16 n= 1000, number of events= 690 $model_agd Call: coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = pseudo_ipd) - coef exp(coef) se(coef) z p - ARMB -0.55897 0.57180 0.08802 -6.351 2.14e-10 + coef exp(coef) se(coef) z p + ARMB -0.558965 0.571800 0.088017 -6.3507 2.144e-10 - Likelihood ratio test=43.66 on 1 df, p=3.91e-11 + Likelihood ratio test=43.66 on 1 df, p=3.9096e-11 n= 800, number of events= 678 $res_AC $res_AC$est - [1] 0.1631852 + [1] 0.13675 $res_AC$se - [1] 0.194863 + [1] 0.18855 $res_AC$ci_l - [1] 0.1113815 + [1] 0.0945 $res_AC$ci_u - [1] 0.2390829 + [1] 0.19789 $res_AC$pval - [1] 1.361531e-20 + [1] 4.9838e-26 $res_AC_unadj $res_AC_unadj$est - [1] 0.2216588 + [1] 0.22166 $res_AC_unadj$se - [1] 0.08752989 + [1] 0.08753 $res_AC_unadj$ci_l - [1] 0.1867151 + [1] 0.18672 $res_AC_unadj$ci_u - [1] 0.2631423 + [1] 0.26314 $res_AC_unadj$pval - [1] 2.13665e-66 + [1] 2.1366e-66 $res_BC $res_BC$est - [1] 0.5718004 + [1] 0.5718 $res_BC$se - [1] 0.0880166 + [1] 0.088017 $res_BC$ci_l - [1] 0.4811989 + [1] 0.4812 $res_BC$ci_u - [1] 0.6794607 + [1] 0.67946 $res_BC$pval - [1] 2.14366e-10 + [1] 2.1437e-10 $res_AB result pvalue - "0.29[0.19; 0.43]" "<0.001" + "0.24[0.16; 0.36]" "<0.001" $res_AB_unadj result pvalue @@ -322,26 +322,26 @@ Bootstrap Statistics : - original bias std. error - t1* -1.24586465 -0.161716794 0.28787014 - t2* 0.04571853 0.001994459 0.01042480 - t3* 0.21381891 0.003564636 0.02391077 - t4* -1.81286926 -0.166912210 0.25058383 - t5* 0.19486304 0.003675676 0.02618306 - t6* 0.03797160 0.001994459 0.01042480 + original bias std. error + t1* -1.422586 0.0150047 0.287870 + t2* 0.043300 0.0044132 0.010425 + t3* 0.208086 0.0092974 0.023911 + t4* -1.989591 0.0098093 0.250584 + t5* 0.188555 0.0099839 0.026183 + t6* 0.035553 0.0044132 0.010425 $boot_res_AC $boot_res_AC$est - [1] 0.1631852 + [1] 0.13675 $boot_res_AC$se [1] NA $boot_res_AC$ci_l - [1] 0.1179974 + [1] 0.082866 $boot_res_AC$ci_u - [1] 0.3151137 + [1] 0.22129 $boot_res_AC$pval [1] NA @@ -349,16 +349,16 @@ $boot_res_AB_mc $boot_res_AB_mc$est - [1] 0.287692 + [1] 0.24109 $boot_res_AB_mc$se [1] NA $boot_res_AB_mc$ci_l - [1] 0.1923646 + [1] 0.13509 $boot_res_AB_mc$ci_u - [1] 0.5945605 + [1] 0.41754 $boot_res_AB_mc$pval [1] NA @@ -366,16 +366,16 @@ $boot_res_AB $boot_res_AB$est - [1] 0.2853885 + [1] 0.23916 $boot_res_AB$se [1] NA $boot_res_AB$ci_l - [1] 0.1695758 + [1] 0.14211 $boot_res_AB$ci_u - [1] 0.4802958 + [1] 0.40249 $boot_res_AB$pval [1] NA @@ -390,7 +390,7 @@ trt_ind treatment type n events events_pct 1 C C IPD, before matching 500.0000 338.0000 67.60000 2 A A IPD, before matching 500.0000 390.0000 78.00000 - 3 C C IPD, after matching 199.4265 131.2892 65.83339 + 3 C C IPD, after matching 199.4265 134.0364 67.21094 4 A A IPD, after matching 199.4265 142.8968 71.65386 5 C C AgD, external 320.0000 120.0000 37.50000 6 B B AgD, external 480.0000 280.0000 58.33333 @@ -402,10 +402,10 @@ Output case OR LCL UCL pval 1 AC 1.6993007 1.2809976 2.2541985 2.354448e-04 - 2 adjusted_AC 1.3119021 0.8210000 2.0963303 2.562849e-01 + 2 adjusted_AC 1.2332036 0.7710134 1.9724576 3.817109e-01 3 BC 2.3333333 1.7458092 3.1185794 1.035032e-08 4 AB 0.7282717 0.4857575 1.0918611 1.248769e-01 - 5 adjusted_AB 0.5622438 0.3239933 0.9756933 4.061296e-02 + 5 adjusted_AB 0.5285158 0.3043103 0.9179084 2.356848e-02 --- @@ -431,11 +431,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - 0.6559 0.2715 + 0.7177 0.2096 Degrees of Freedom: 999 Total (i.e. Null); 998 Residual - Null Deviance: 495.5 - Residual Deviance: 493.9 AIC: 454.5 + Null Deviance: 491.1 + Residual Deviance: 490.1 AIC: 458.4 $model_agd @@ -451,19 +451,19 @@ $res_AC $res_AC$est - [1] 1.311902 + [1] 1.233204 $res_AC$se - [1] 0.3275028 + [1] 0.3085377 $res_AC$ci_l - [1] 0.821 + [1] 0.7710134 $res_AC$ci_u - [1] 2.09633 + [1] 1.972458 $res_AC$pval - [1] 0.2562849 + [1] 0.3817109 $res_AC_unadj @@ -502,7 +502,7 @@ $res_AB result pvalue - "0.56[0.32; 0.98]" "0.041" + "0.53[0.30; 0.92]" "0.024" $res_AB_unadj result pvalue @@ -529,7 +529,7 @@ trt_ind treatment type n events events_pct 1 C C IPD, before matching 500.0000 338.0000 67.60000 2 A A IPD, before matching 500.0000 390.0000 78.00000 - 3 C C IPD, after matching 199.4265 131.2892 65.83339 + 3 C C IPD, after matching 199.4265 134.0364 67.21094 4 A A IPD, after matching 199.4265 142.8968 71.65386 5 C C AgD, external 320.0000 120.0000 37.50000 6 B B AgD, external 480.0000 280.0000 58.33333 @@ -541,10 +541,10 @@ Output case RR LCL UCL pval 1 AC 1.1538462 1.0688892 1.2455556 2.451956e-04 - 2 adjusted_AC 1.0884122 0.9398949 1.2603975 2.577047e-01 + 2 adjusted_AC 1.0661042 0.9234409 1.2308077 3.824937e-01 3 BC 1.5555555 1.3250564 1.8261510 6.678781e-08 4 AB 0.7417582 0.6210074 0.8859883 9.832938e-04 - 5 adjusted_AB 0.6996936 0.5630034 0.8695704 1.281101e-03 + 5 adjusted_AB 0.6853527 0.5525932 0.8500075 5.832632e-04 --- @@ -570,11 +570,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - -0.41804 0.08472 + -0.39733 0.06401 Degrees of Freedom: 999 Total (i.e. Null); 998 Residual - Null Deviance: 495.5 - Residual Deviance: 493.9 AIC: 454.5 + Null Deviance: 491.1 + Residual Deviance: 490.1 AIC: 458.4 $model_agd @@ -590,19 +590,19 @@ $res_AC $res_AC$est - [1] 1.088412 + [1] 1.066104 $res_AC$se - [1] 0.08181292 + [1] 0.07845782 $res_AC$ci_l - [1] 0.9398949 + [1] 0.9234409 $res_AC$ci_u - [1] 1.260397 + [1] 1.230808 $res_AC$pval - [1] 0.2577047 + [1] 0.3824937 $res_AC_unadj @@ -641,7 +641,7 @@ $res_AB result pvalue - "0.70[0.56; 0.87]" "0.001" + "0.69[0.55; 0.85]" "0.001" $res_AB_unadj result pvalue @@ -668,7 +668,7 @@ trt_ind treatment type n events events_pct 1 C C IPD, before matching 500.0000 338.0000 67.60000 2 A A IPD, before matching 500.0000 390.0000 78.00000 - 3 C C IPD, after matching 199.4265 131.2892 65.83339 + 3 C C IPD, after matching 199.4265 134.0364 67.21094 4 A A IPD, after matching 199.4265 142.8968 71.65386 5 C C AgD, external 320.0000 120.0000 37.50000 6 B B AgD, external 480.0000 280.0000 58.33333 @@ -680,10 +680,10 @@ Output case RD LCL UCL pval 1 AC 10.400000 4.921741 15.878259 1.985755e-04 - 2 adjusted_AC 5.820475 -4.207825 15.848775 2.552989e-01 + 2 adjusted_AC 4.442927 -5.499175 14.385028 3.811014e-01 3 BC 20.833333 13.934963 27.731704 3.235832e-09 4 AB -10.433333 -19.242354 -1.624313 2.026711e-02 - 5 adjusted_AB -15.012859 -27.184724 -2.840993 1.563044e-02 + 5 adjusted_AB -16.390407 -28.491353 -4.289460 7.937461e-03 --- @@ -709,11 +709,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - 0.6583 0.0582 + 0.67211 0.04443 Degrees of Freedom: 999 Total (i.e. Null); 998 Residual - Null Deviance: 495.5 - Residual Deviance: 493.9 AIC: 454.5 + Null Deviance: 491.1 + Residual Deviance: 490.1 AIC: 458.4 $model_agd @@ -729,19 +729,19 @@ $res_AC $res_AC$est - [1] 5.820475 + [1] 4.442927 $res_AC$se - [1] 5.116574 + [1] 5.072594 $res_AC$ci_l - [1] -4.207825 + [1] -5.499175 $res_AC$ci_u - [1] 15.84877 + [1] 14.38503 $res_AC$pval - [1] 0.2552989 + [1] 0.3811014 $res_AC_unadj @@ -780,7 +780,7 @@ $res_AB result pvalue - "-15.01[-27.18; -2.84]" "0.016" + "-16.39[-28.49; -4.29]" "0.008" $res_AB_unadj result pvalue @@ -802,32 +802,32 @@ --- Code - testout_boot_OR$descriptive$summary + print(testout_boot_OR$descriptive$summary, digits = 5) Output - trt_ind treatment type n events events_pct - 1 C C IPD, before matching 500.0000 338.0000 67.60000 - 2 A A IPD, before matching 500.0000 390.0000 78.00000 - 3 C C IPD, after matching 199.4265 131.2892 65.83339 - 4 A A IPD, after matching 199.4265 142.8968 71.65386 - 5 C C AgD, external 320.0000 120.0000 37.50000 - 6 B B AgD, external 480.0000 280.0000 58.33333 + trt_ind treatment type n events events_pct + 1 C C IPD, before matching 500.00 338.00 67.600 + 2 A A IPD, before matching 500.00 390.00 78.000 + 3 C C IPD, after matching 199.43 134.04 67.211 + 4 A A IPD, after matching 199.43 142.90 71.654 + 5 C C AgD, external 320.00 120.00 37.500 + 6 B B AgD, external 480.00 280.00 58.333 --- Code - testout_boot_OR$inferential$summary + print(testout_boot_OR$inferential$summary, digits = 5) Output - case OR LCL UCL pval - 1 AC 1.6993007 1.2809976 2.2541985 2.354448e-04 - 2 adjusted_AC 1.3119021 0.8210000 2.0963303 2.562849e-01 - 3 BC 2.3333333 1.7458092 3.1185794 1.035032e-08 - 4 AB 0.7282717 0.4857575 1.0918611 1.248769e-01 - 5 adjusted_AB 0.5622438 0.3239933 0.9756933 4.061296e-02 + case OR LCL UCL pval + 1 AC 1.69930 1.28100 2.25420 2.3544e-04 + 2 adjusted_AC 1.23320 0.77101 1.97246 3.8171e-01 + 3 BC 2.33333 1.74581 3.11858 1.0350e-08 + 4 AB 0.72827 0.48576 1.09186 1.2488e-01 + 5 adjusted_AB 0.52852 0.30431 0.91791 2.3568e-02 --- Code - testout_boot_OR$inferential$fit + print(testout_boot_OR$inferential$fit, digits = 5) Output $model_before_ipd @@ -835,11 +835,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - 0.7354 0.5302 + 0.73545 0.53022 Degrees of Freedom: 999 Total (i.e. Null); 998 Residual - Null Deviance: 1170 - Residual Deviance: 1157 AIC: 1161 + Null Deviance: 1170.5 + Residual Deviance: 1156.8 AIC: 1160.8 $model_after_ipd @@ -848,11 +848,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - 0.6559 0.2715 + 0.71774 0.20962 Degrees of Freedom: 999 Total (i.e. Null); 998 Residual - Null Deviance: 495.5 - Residual Deviance: 493.9 AIC: 454.5 + Null Deviance: 491.07 + Residual Deviance: 490.14 AIC: 458.35 $model_agd @@ -860,66 +860,66 @@ Coefficients: (Intercept) ARMB - -0.5108 0.8473 + -0.51083 0.84730 Degrees of Freedom: 799 Total (i.e. Null); 798 Residual Null Deviance: 1109 - Residual Deviance: 1075 AIC: 1079 + Residual Deviance: 1075.4 AIC: 1079.4 $res_AC $res_AC$est - [1] 1.311902 + [1] 1.2332 $res_AC$se - [1] 0.3275028 + [1] 0.30854 $res_AC$ci_l - [1] 0.821 + [1] 0.77101 $res_AC$ci_u - [1] 2.09633 + [1] 1.9725 $res_AC$pval - [1] 0.2562849 + [1] 0.38171 $res_AC_unadj $res_AC_unadj$est - [1] 1.699301 + [1] 1.6993 $res_AC_unadj$se - [1] 0.2488482 + [1] 0.24885 $res_AC_unadj$ci_l - [1] 1.280998 + [1] 1.281 $res_AC_unadj$ci_u - [1] 2.254199 + [1] 2.2542 $res_AC_unadj$pval - [1] 0.0002354448 + [1] 0.00023544 $res_BC $res_BC$est - [1] 2.333333 + [1] 2.3333 $res_BC$se - [1] 0.3510631 + [1] 0.35106 $res_BC$ci_l - [1] 1.745809 + [1] 1.7458 $res_BC$ci_u - [1] 3.118579 + [1] 3.1186 $res_BC$pval - [1] 1.035032e-08 + [1] 1.035e-08 $res_AB result pvalue - "0.56[0.32; 0.98]" "0.041" + "0.53[0.30; 0.92]" "0.024" $res_AB_unadj result pvalue @@ -936,26 +936,26 @@ Bootstrap Statistics : - original bias std. error - t1* -0.69289322 0.59931037 0.259160031 - t2* 0.06888563 0.01114340 0.004040355 - t3* 0.26246071 0.02034770 0.007139486 - t4* 0.27147808 0.45352064 0.291583054 - t5* 0.21675070 0.02420063 0.008380500 - t6* 0.04698086 0.01114340 0.004040355 + original bias std. error + t1* -0.754756 0.661173 0.2591600 + t2* 0.069346 0.010683 0.0040404 + t3* 0.263336 0.019472 0.0071395 + t4* 0.209615 0.515383 0.2915831 + t5* 0.217810 0.023141 0.0083805 + t6* 0.047441 0.010683 0.0040404 $boot_res_AC $boot_res_AC$est - [1] 1.311902 + [1] 1.2332 $boot_res_AC$se [1] NA $boot_res_AC$ci_l - [1] 0.4706998 + [1] 0.41592 $boot_res_AC$ci_u - [1] 1.476168 + [1] 1.3044 $boot_res_AC$pval [1] NA @@ -963,16 +963,16 @@ $boot_res_AB_mc $boot_res_AB_mc$est - [1] 0.500127 + [1] 0.47013 $boot_res_AB_mc$se [1] NA $boot_res_AB_mc$ci_l - [1] 0.1652744 + [1] 0.14604 $boot_res_AB_mc$ci_u - [1] 0.4564577 + [1] 0.40334 $boot_res_AB_mc$pval [1] NA @@ -980,16 +980,16 @@ $boot_res_AB $boot_res_AB$est - [1] 0.5622438 + [1] 0.52852 $boot_res_AB$se [1] NA $boot_res_AB$ci_l - [1] 0.2962009 + [1] 0.27843 $boot_res_AB$ci_u - [1] 1.067242 + [1] 1.0032 $boot_res_AB$pval [1] NA diff --git a/tests/testthat/_snaps/maic_unanchored.md b/tests/testthat/_snaps/maic_unanchored.md index 38f5ecad..5c2b9f66 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/maic_unanchored.md +++ b/tests/testthat/_snaps/maic_unanchored.md @@ -274,20 +274,27 @@ --- Code - testout_boot_RR$descriptive + print(testout_boot_RR$descriptive$summary, digits = 5) Output - $summary - trt_ind treatment type n events events_pct - 1 B B Before matching 400.0000 280.0000 70.00000 - 2 A A Before matching 500.0000 390.0000 78.00000 - 3 B B After matching 400.0000 280.0000 70.00000 - 4 A A After matching 199.4265 142.8968 71.65386 - + trt_ind treatment type n events events_pct + 1 B B Before matching 400.00 280.0 70.000 + 2 A A Before matching 500.00 390.0 78.000 + 3 B B After matching 400.00 280.0 70.000 + 4 A A After matching 199.43 142.9 71.654 + +--- + + Code + print(testout_boot_RR$inferential$summary, digits = 5) + Output + case RR LCL UCL pval + 1 AB 1.1143 1.02937 1.2062 0.0074553 + 2 adjusted_AB 1.0236 0.91236 1.1485 0.6908096 --- Code - testout_boot_RR$inferential$fit + print(testout_boot_RR$inferential$fit, digits = 5) Output $model_before @@ -295,11 +302,11 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - -0.3567 0.1082 + -0.35667 0.10821 Degrees of Freedom: 899 Total (i.e. Null); 898 Residual Null Deviance: 1023 - Residual Deviance: 1016 AIC: 1020 + Residual Deviance: 1015.6 AIC: 1019.6 $model_after @@ -308,44 +315,44 @@ Coefficients: (Intercept) ARMA - -0.35667 0.02335 + -0.356675 0.023352 Degrees of Freedom: 899 Total (i.e. Null); 898 Residual - Null Deviance: 726.7 - Residual Deviance: 726.5 AIC: 712.5 + Null Deviance: 726.66 + Residual Deviance: 726.48 AIC: 712.47 $res_AB $res_AB$est - [1] 1.023627 + [1] 1.0236 $res_AB$se - [1] 0.06025155 + [1] 0.060252 $res_AB$ci_l - [1] 0.9123647 + [1] 0.91236 $res_AB$ci_u - [1] 1.148457 + [1] 1.1485 $res_AB$pval - [1] 0.6908096 + [1] 0.69081 $res_AB_unadj $res_AB_unadj$est - [1] 1.114286 + [1] 1.1143 $res_AB_unadj$se - [1] 0.04511891 + [1] 0.045119 $res_AB_unadj$ci_l - [1] 1.029372 + [1] 1.0294 $res_AB_unadj$ci_u - [1] 1.206204 + [1] 1.2062 $res_AB_unadj$pval - [1] 0.007455267 + [1] 0.0074553 $boot_res @@ -359,37 +366,28 @@ Bootstrap Statistics : - original bias std. error - t1* 0.023351847 1.366708e-02 0.0538052765 - t2* 0.003055105 -4.315049e-05 0.0003823512 + original bias std. error + t1* 0.0233518 0.01366708 0.05380528 + t2* 0.0030551 -0.00004315 0.00038235 $boot_res_AB $boot_res_AB$est - [1] 1.023627 + [1] 1.0236 $boot_res_AB$se [1] NA $boot_res_AB$ci_l - [1] 0.9086715 + [1] 0.90867 $boot_res_AB$ci_u - [1] 1.122032 + [1] 1.122 $boot_res_AB$pval [1] NA ---- - - Code - testout_boot_RR$inferential$summary - Output - case RR LCL UCL pval - 1 AB 1.114286 1.0293724 1.206204 0.007455267 - 2 adjusted_AB 1.023627 0.9123647 1.148457 0.690809607 - # test time to event case Code @@ -500,56 +498,56 @@ --- Code - testout2$descriptive$summary + print(testout2$descriptive$summary, digits = 5) Output - trt_ind treatment type records n.max n.start events - 1 B B Before matching 300 300.0000 300.0000 178.00000 - 2 A A Before matching 500 500.0000 500.0000 190.00000 - 3 B B After matching 300 300.0000 300.0000 178.00000 - 4 A A After matching 500 199.4265 199.4265 65.68878 - rmean se(rmean) median 0.95LCL 0.95UCL - 1 4.303551 0.3367260 2.746131 2.261125 3.320857 - 2 8.709690 0.3551477 7.587627 6.278691 10.288538 - 3 4.303551 0.3367260 2.746131 2.261125 3.320857 - 4 10.166029 0.5499915 11.900015 7.815275 14.873786 + trt_ind treatment type records n.max n.start events rmean + 1 B B Before matching 300 300.00 300.00 178.000 4.3036 + 2 A A Before matching 500 500.00 500.00 190.000 8.7097 + 3 B B After matching 300 300.00 300.00 178.000 4.3036 + 4 A A After matching 500 199.43 199.43 65.689 10.1660 + se(rmean) median 0.95LCL 0.95UCL + 1 0.33673 2.7461 2.2611 3.3209 + 2 0.35515 7.5876 6.2787 10.2885 + 3 0.33673 2.7461 2.2611 3.3209 + 4 0.54999 11.9000 7.8153 14.8738 --- Code - testout2$inferential$summary + print(testout2$inferential$summary, digits = 5) Output - case HR LCL UCL pval - 1 AB 0.3748981 0.3039010 0.4624815 5.245204e-20 - 2 adjusted_AB 0.2834780 0.2074664 0.3873387 2.473442e-15 + case HR LCL UCL pval + 1 AB 0.37490 0.30390 0.46248 5.2452e-20 + 2 adjusted_AB 0.28348 0.20747 0.38734 2.4734e-15 --- Code - testout2$inferential$fit + print(testout2$inferential$fit, digits = 5) Output $km_before Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = dat, conf.type = km_conf_type) - n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=B 300 178 83.6 68.8 101 - ARM=A 500 190 230.9 191.1 313 + n events median 0.95LCL 0.95UCL + ARM=B 300 178 83.585 68.823 101.08 + ARM=A 500 190 230.948 191.108 313.16 $km_after Call: survfit(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = dat, weights = dat$weights, conf.type = km_conf_type) - records n events median 0.95LCL 0.95UCL - ARM=B 300 300 178.0 83.6 68.8 101 - ARM=A 500 199 65.7 362.2 237.9 453 + records n events median 0.95LCL 0.95UCL + ARM=B 300 300.00 178.000 83.585 68.823 101.08 + ARM=A 500 199.43 65.689 362.207 237.877 452.72 $model_before Call: coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = dat) - coef exp(coef) se(coef) z p - ARMA -0.9811 0.3749 0.1071 -9.159 <2e-16 + coef exp(coef) se(coef) z p + ARMA -0.98110 0.37490 0.10712 -9.1589 < 2.2e-16 - Likelihood ratio test=80.62 on 1 df, p=< 2.2e-16 + Likelihood ratio test=80.62 on 1 df, p=< 2.22e-16 n= 800, number of events= 368 $model_after @@ -557,44 +555,44 @@ coxph(formula = Surv(TIME, EVENT) ~ ARM, data = dat, weights = weights, robust = TRUE) - coef exp(coef) se(coef) robust se z p - ARMA -1.2606 0.2835 0.1504 0.1593 -7.915 2.47e-15 + coef exp(coef) se(coef) robust se z p + ARMA -1.26062 0.28348 0.15035 0.15927 -7.915 2.473e-15 - Likelihood ratio test=80.4 on 1 df, p=< 2.2e-16 + Likelihood ratio test=80.4 on 1 df, p=< 2.22e-16 n= 800, number of events= 368 $res_AB $res_AB$est - [1] 0.283478 + [1] 0.28348 $res_AB$se - [1] 0.04601759 + [1] 0.046018 $res_AB$ci_l - [1] 0.2074664 + [1] 0.20747 $res_AB$ci_u - [1] 0.3873387 + [1] 0.38734 $res_AB$pval - [1] 2.473442e-15 + [1] 2.4734e-15 $res_AB_unadj $res_AB_unadj$est - [1] 0.3748981 + [1] 0.3749 $res_AB_unadj$se - [1] 0.0405065 + [1] 0.040506 $res_AB_unadj$ci_l - [1] 0.303901 + [1] 0.3039 $res_AB_unadj$ci_u - [1] 0.4624815 + [1] 0.46248 $res_AB_unadj$pval - [1] 5.245204e-20 + [1] 5.2452e-20 $boot_res @@ -608,22 +606,22 @@ Bootstrap Statistics : - original bias std. error - t1* -1.26062079 0.0024513461 0.131388233 - t2* 0.02536718 0.0005819358 0.002670424 + original bias std. error + t1* -1.260621 0.00245135 0.1313882 + t2* 0.025367 0.00058194 0.0026704 $boot_res_AB $boot_res_AB$est - [1] 0.283478 + [1] 0.28348 $boot_res_AB$se [1] NA $boot_res_AB$ci_l - [1] 0.2185832 + [1] 0.21858 $boot_res_AB$ci_u - [1] 0.3658412 + [1] 0.36584 $boot_res_AB$pval [1] NA diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-all.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-all.svg index 0c60323a..e291ea1b 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-all.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-all.svg @@ -25,7 +25,7 @@ - + @@ -678,14 +678,16 @@ Overall Survival Treatment + -+ + + + + + -+ C A A (weighted) @@ -1474,10 +1476,13 @@ Overall Survival Treatment + + + + + + B @@ -1493,7 +1498,7 @@ - + @@ -1668,8 +1673,9 @@ Overall Survival Treatment + -+ + + C @@ -1738,8 +1744,11 @@ Overall Survival Treatment + + + C (AgD) C (IPD) diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-am.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-am.svg index 716dced2..8bfbb189 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-am.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-am.svg @@ -25,788 +25,791 @@ - + - - + + - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time Overall Survival - -Treatment - -+ - -+ - -+ -B -A -A (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs B) -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ +B +A +A (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs B) +Endpoint: Overall Survival @@ -814,7 +817,7 @@ - + @@ -870,58 +873,61 @@ - - + + - - - - - + + + + + - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +Time Overall Survival - -Treatment - - - -C (AgD) -C (IPD) -C (IPD,weighted) -Kaplan-Meier Curves of Common Comparator -C(IPD vs AgD Trial) -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + + + + + +C (AgD) +C (IPD) +C (IPD,weighted) +Kaplan-Meier Curves of Common Comparator +C(IPD vs AgD Trial) +Endpoint: Overall Survival diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-trial.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-trial.svg index 4588e30e..56183f1e 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-trial.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-by-trial.svg @@ -25,670 +25,672 @@ - + - - + + - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time Overall Survival - -Treatment - -+ - -+ - -+ - -+ -C -A -A (weighted) -C (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs C) in the IPD trial -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + + + ++ + + ++ + + +C +A +A (weighted) +C (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs C) in the IPD trial +Endpoint: Overall Survival @@ -696,7 +698,7 @@ - + @@ -762,181 +764,182 @@ - - + + - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time Overall Survival - -Treatment - -+ - -+ -C -B -Kaplan-Meier Curves -(B vs C) in the AgD trial -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + + + ++ +C +B +Kaplan-Meier Curves +(B vs C) in the AgD trial +Endpoint: Overall Survival diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-normalize-by-trial.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-normalize-by-trial.svg index c0db2437..2a350b6a 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-normalize-by-trial.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km2/kmplot2-normalize-by-trial.svg @@ -25,670 +25,672 @@ - + - - + + - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time Overall Survival - -Treatment - -+ - -+ - -+ - -+ -C -A -A (weighted) -C (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs C) in the IPD trial -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + + + ++ + + ++ + + +C +A +A (weighted) +C (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs C) in the IPD trial +Endpoint: Overall Survival @@ -696,7 +698,7 @@ - + @@ -762,181 +764,182 @@ - - + + - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time Overall Survival - -Treatment - -+ - -+ -C -B -Kaplan-Meier Curves -(B vs C) in the AgD trial -Endpoint: Overall Survival + +Treatment + + + + ++ +C +B +Kaplan-Meier Curves +(B vs C) in the AgD trial +Endpoint: Overall Survival diff --git a/tests/testthat/test-maic_anchored.R b/tests/testthat/test-maic_anchored.R index 9f35fdad..cd24201f 100644 --- a/tests/testthat/test-maic_anchored.R +++ b/tests/testthat/test-maic_anchored.R @@ -56,13 +56,13 @@ test_that("maic_anchored works for TTE", { # Compare robust outputs expect_snapshot(testout$descriptive$summary) - expect_snapshot(testout$inferential$summary) + expect_snapshot(print(testout$inferential$summary, digits = 5)) expect_snapshot(testout$inferential$fit) # Compare bootstrap outputs - expect_snapshot(testout2$descriptive$summary) - expect_snapshot(testout2$inferential$summary) - expect_snapshot(testout2$inferential$fit) + expect_snapshot(print(testout2$descriptive$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout2$inferential$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout2$inferential$fit, digits = 5)) }) @@ -167,7 +167,7 @@ test_that("maic_anchored for binary case gives the expected result", { expect_snapshot(testout_RD$inferential$fit) # Compare bootstrap outputs - expect_snapshot(testout_boot_OR$descriptive$summary) - expect_snapshot(testout_boot_OR$inferential$summary) - expect_snapshot(testout_boot_OR$inferential$fit) + expect_snapshot(print(testout_boot_OR$descriptive$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout_boot_OR$inferential$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout_boot_OR$inferential$fit, digits = 5)) }) diff --git a/tests/testthat/test-maic_unanchored.R b/tests/testthat/test-maic_unanchored.R index 5c73f10a..24f3cabb 100644 --- a/tests/testthat/test-maic_unanchored.R +++ b/tests/testthat/test-maic_unanchored.R @@ -109,9 +109,9 @@ test_that("test binary case", { expect_snapshot(testout_OR$inferential$fit) # Compare bootstrap outputs - expect_snapshot(testout_boot_RR$descriptive) - expect_snapshot(testout_boot_RR$inferential$fit) - expect_snapshot(testout_boot_RR$inferential$summary) + expect_snapshot(print(testout_boot_RR$descriptive$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout_boot_RR$inferential$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout_boot_RR$inferential$fit, digits = 5)) }) @@ -226,7 +226,7 @@ test_that("test time to event case", { expect_snapshot(testout$inferential$fit) # Compare bootstrap outputs - expect_snapshot(testout2$descriptive$summary) - expect_snapshot(testout2$inferential$summary) - expect_snapshot(testout2$inferential$fit) + expect_snapshot(print(testout2$descriptive$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout2$inferential$summary, digits = 5)) + expect_snapshot(print(testout2$inferential$fit, digits = 5)) }) diff --git a/tests/testthat/test-matching.R b/tests/testthat/test-matching.R index a644e4d4..d4045906 100644 --- a/tests/testthat/test-matching.R +++ b/tests/testthat/test-matching.R @@ -192,24 +192,28 @@ test_that("estimate_weights prints errors about convergence", { test_that("plot_weights_base works as expected", { vdiffr::expect_doppelganger( title = "plot_weights_base scaled_TRUE", - plot_weights_base( - weighted_sat, - bin_col = "#6ECFFF", - vline_col = "#0000E8", - main_title = c("Scaled Individual Weights"), - scaled_weights = TRUE - ) + function() { + plot_weights_base( + weighted_sat, + bin_col = "#6ECFFF", + vline_col = "#0000E8", + main_title = c("Scaled Individual Weights"), + scaled_weights = TRUE + ) + } ) vdiffr::expect_doppelganger( title = "plot_weights_base scaled_FALSE", - plot_weights_base( - weighted_sat, - bin_col = "#6ECFFF", - vline_col = "#0000E8", - main_title = c("Unscaled Individual Weights"), - scaled_weights = FALSE - ) + function() { + plot_weights_base( + weighted_sat, + bin_col = "#6ECFFF", + vline_col = "#0000E8", + main_title = c("Unscaled Individual Weights"), + scaled_weights = FALSE + ) + } ) }) @@ -229,7 +233,7 @@ test_that("plot_weights_ggplot works as expected", { test_that("default plot works as expected", { vdiffr::expect_doppelganger( title = "default_weights_plot", - plot(weighted_twt) + function() plot(weighted_twt) ) vdiffr::expect_doppelganger( title = "default_weights_ggplot", diff --git a/tests/testthat/test-plot_km2.R b/tests/testthat/test-plot_km2.R index a7354a55..734087db 100644 --- a/tests/testthat/test-plot_km2.R +++ b/tests/testthat/test-plot_km2.R @@ -8,20 +8,22 @@ test_that("kmplot2 works", { vdiffr::expect_doppelganger( title = "kmplot2_by_trial", fig = function() { - kmplot2( - weights_object = weighted_twt, - tte_ipd = adtte_twt, - tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, - trt_ipd = "A", - trt_agd = "B", - trt_common = "C", - trt_var_ipd = "ARM", - trt_var_agd = "ARM", - endpoint_name = "Overall Survival", - km_conf_type = "log-log", - km_layout = "by_trial", - time_scale = "month", - break_x_by = 2 + suppressWarnings( + kmplot2( + weights_object = weighted_twt, + tte_ipd = adtte_twt, + tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, + trt_ipd = "A", + trt_agd = "B", + trt_common = "C", + trt_var_ipd = "ARM", + trt_var_agd = "ARM", + endpoint_name = "Overall Survival", + km_conf_type = "log-log", + km_layout = "by_trial", + time_scale = "month", + break_x_by = 2 + ) ) } )