README.md

bioinfo_test

Bem-vindo ao Teste de Bioinformática

Objetivo

Criar API que irá retornar o(s) fenótipo(s) de um determinado gene ou lista de genes

Requisitos

Desenvolvimento em Python.

A API deve seguir os princípios RESTful.

Documentar como rodar o projeto.

Operações

O usuário poderá buscar os fenótipos de uma lista de genes.

A base de genes e fenótipos deve ser retirada deste link:

http://compbio.charite.de/jenkins/job/hpo.annotations.monthly/lastStableBuild/artifact/annotation/ALL_SOURCES_ALL_FREQUENCIES_phenotype_to_genes.txt

Desenvolver crawler para tratar e salvar dados.

A base deve ser armazenada em Postgree.

Exemplo de requsição:

Input: ['ATR', 'GLI3']

Output:

[
  {
    hpo:'HP:0000878', 
    phenotype:'11 pairs of ribs', 
    gene:'ATR', 
    gene_id:'545'
  }, 
  {
    hpo:'HP:0001459', 
    phenotype:'1-3 toe syndactyly', 
    gene:'GLI3', 
    gene_id:2737
   }
]

Crie uma branch com o seu nome no repositório.

Com o trabalho concluído, nos envie um e-mail com o link da sua branch.

Boa sorte!