diff --git a/cg/ct.md b/cg/ct.md index 7588b2d..da2bbaa 100644 --- a/cg/ct.md +++ b/cg/ct.md @@ -3,7 +3,46 @@ - [vtk-js doc](https://kitware.github.io/vtk-js/docs/) - [CornerstoneJS](./library/cornerstonejs.md) -## DICOM + +## 解剖名词 +![解剖图示](../images/axial_sagittal.webp) +- 冠状面coronal plane,前后,纵切,把人体分成前、后两部分 +- 矢状面sagittal plane,sagittal来自拉丁文sagitta箭,对应中文就是矢,左右,侧切,把人体分成左、右两部分 +- 水平面transverse plane,横切,把人体分成上、下两部分 + + +## [DICOM--Digital Imaging and Communications in Medicine](https://www.dicomlibrary.com/) + + +### 概念 + +**Application Entity (AE)**,Application Entity 代表DICOM通信中的一个终端,可以代表一个系统或者一个程序。每个系统中的AE拥有一个唯一的Application Entity Title (AET) 。AET的要求时不能超过16个字节。一个设备上面可以有很多个AE。 + +**Association**,Association 是DICOM中定义的通信管道。在DICOM定义的通信协议中,提供服务的被称为 Service Class Provider (SCP), 消费服务的被称为 Service Class User (SCU)。这和我们HTTP中的server和client异曲同工。两个Application Entity如果想要通信,必须由一方发起一个Association,这个就是SCU,并且询问另一方(SCP)是否支持具体的功能。 + +**SOP**,SOP是 Service-Object Pair的简称,是Abstract Syntax的一种,一般来说两者概念可以互通。表示Application Entity提供的针对不同对象的相应能力,比如存储CT影像等。SCU可以申请具体的功能,而SCP在提供服务时也会申明自己能够提供的功能。 + +[**Transfer Syntax**](https://www.dicomlibrary.com/dicom/transfer-syntax/),Transfer Syntax是一个或者多个Abstract Syntax的集合,同时额外定义了传输的DICOM文件的编码规则。 + +[**Modality**](https://www.dicomlibrary.com/dicom/modality/),医疗影像有很多的分类,例如超声影像,CT等,对此DICOM协议中也留有字段进行标识,这个就是Modality,可以根据这个Tag来进行区分影像的类别。 + +[**Attribute**](https://dicom.nema.org/medical/dicom/current/output/chtml/part05/sect_6.2.html#table_6.2-1),extract DICOM metadata and organize patients/studies/series, 在DICOM中,第一要知道的就是这三个定义的含义,Study是DICOM中虚拟出来的一个定义,可以表示针对病人进行的一次检查。病人可以有多次检查。Study包含一个或多个Series,Series一般用来表示病人进行的某一部位的检查,一次完整的检查可能包含多个部位。Series包含一个或多个Instance, 一个Instance就是一个DICOM文件,指的是一次完整的扫描,可以是简单的扫描,便是单帧照片。也可以是长扫描,便是多帧照片。 + +- [DICOM Study Series](http://micropilot.tistory.com/m/2102) + +### Part10格式 +要求每个DICOM文件包含128字节的文件头和一个多多个数据元素组成的数据对象。 + +### web + +- [dcmjs](https://github.com/dcmjs-org/dcmjs) or [daikon](https://github.com/rii-mango/Daikon) for parsing metadata + - [dicom-parser](https://github.com/cornerstonejs/dicomParser)解析Part10格式的 + - daikon不测试dcm文件 +- itk.js readImageFile or readImageDICOMFileSeries to generate an itk.js Image +- process with runPipelineBrowser with IOTypes.Image +- convert the itk.js Image to an vtk.js ImageData +- visualize in vtk.js + WADO:Web Access to DICOM Objects @@ -18,4 +57,14 @@ WADO:Web Access to DICOM Objects - [WADO Server 测试网站](https://www.dicomserver.co.uk//WADO/) - [itk-document](https://docs.itk.org/en/latest/learn/faq.html#how-do-i-read-a-volume-from-a-dicom-series) - - [itk-wasm document](https://wasm.itk.org/en/latest/typescript/distribution/vite.html) \ No newline at end of file + - [itk-wasm document](https://wasm.itk.org/en/latest/typescript/distribution/vite.html) +- [医疗业务学习笔记--DICOM协议的基础内容](https://zhuanlan.zhihu.com/p/74966427) + +## [NII](https://nifti.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/ANALYZE75.pdf) + +[NIFTI(神经影像学信息计划Neuroimaging Informatics Technology Initiative)](https://nifti.nimh.nih.gov/)是一种标准 + +一种更简单的数据格式,一个NIFTI格式包含三部分 +- hdr +- ext +- img diff --git a/cpl/wasm.md b/cpl/wasm.md new file mode 100644 index 0000000..8fd312d --- /dev/null +++ b/cpl/wasm.md @@ -0,0 +1,3 @@ +# WebAssembly + +EMSCripten pipeline \ No newline at end of file