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Example data run error: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'tig00007572_1.annotation.1.individual.stats' #51

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yangqimeng99 opened this issue Apr 27, 2023 · 5 comments
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Example data run error: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'tig00007572_1.annotation.1.individual.stats' #51

yangqimeng99 opened this issue Apr 27, 2023 · 5 comments

Comments

@yangqimeng99
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yangqimeng99 commented Apr 27, 2023 •
edited
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Respected developer：
hello!
I installed all the required dependencies for MitoHiFi using conda and also correctly installed MitoFinder. When running the provided example data with the latest version(v3.01) of the software, I encountered the following error:


2023-04-27 22:18:32 [INFO] 6. Now we will choose the most representative contig

Traceback (most recent call last):
  File "mitohifi.py", line 550, in <module>
    main()
  File "mitohifi.py", line 351, in main
    repr_contig_id, repr_contig_cluster = getReprContig.get_repr_contig("all_mitogenomes.rotated.fa", rel_mito_len, rel_mito_num_genes, args.t, args.d)
  File "/work/home/yang_qimeng/software/MitoHiFi-3.01/getReprContig.py", line 185, in get_repr_contig
    repr_contig_id, repr_contig_cluster = get_repr_contig_info(cdhit_out_clstr, rel_mito_len, rel_mito_num_genes, debug=debug)
  File "/work/home/yang_qimeng/software/MitoHiFi-3.01/getReprContig.py", line 85, in get_repr_contig_info
    seq_frameshifts = get_frameshift_info(seq_id)
  File "/work/home/yang_qimeng/software/MitoHiFi-3.01/getReprContig.py", line 37, in get_frameshift_info
    with open(f"{seq_id}.individual.stats", "r") as f: 
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'tig00007572_1.annotation.1.individual.stats'

In fact, I encountered the same problem when running this software on my data, and the error message is similar to the following.

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory:'ptg000038l.annotation.1.individual.stats'

Moreover, this error occurs in both v3.0 and v3.01. Can you help me resolve this issue?

Good luck!
@marcelauliano
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Owner

Hi yang,
Can I have the exact command you ran?
Thank you

@bm-silva
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Hi Marcela, I'm having a similar issue:

Traceback (most recent call last):
  File "/opt/MitoHiFi/src/mitohifi.py", line 558, in <module>
    main()
  File "/opt/MitoHiFi/src/mitohifi.py", line 359, in main
    repr_contig_id, repr_contig_cluster = getReprContig.get_repr_contig("all_mitogenomes.rotated.fa", rel_mito_len, rel_mito_num_genes, args.t, args.d)
  File "/opt/MitoHiFi/src/getReprContig.py", line 197, in get_repr_contig
    repr_contig_id, repr_contig_cluster = get_repr_contig_info(cdhit_out_clstr, rel_mito_len, rel_mito_num_genes, debug=debug)
  File "/opt/MitoHiFi/src/getReprContig.py", line 97, in get_repr_contig_info
    seq_frameshifts = get_frameshift_info(seq_id)
  File "/opt/MitoHiFi/src/getReprContig.py", line 49, in get_frameshift_info
    with open(f"{seq_id}.individual.stats", "r") as f:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'atg000002l.individual.stats'

I'm running the following command:

docker run -u $(id -u) --rm -i -v $PBS_O_WORKDIR:/data -w /data/testes ghcr.io/marcelauliano/mitohifi:master mitohifi.py -r /data/rawdata/ITV48896.fasta -f /data/assembly/NC_037857.1.fasta -g /data/assembly/NC_037857.1.gb -t 8 -o 2 --mitos

The pipeline works without the --mitos tag. I'm attaching the log file as well
logs.txt

@marcelauliano
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Owner

Hi bm-silva,
Thanks for the info. We'll look into it and let you know soon.

@jgnunes
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Collaborator

jgnunes commented Sep 20, 2023

Hi @bm-silva, can you share your tree of files? You can run the tree command in your working directory and paste the result here.

Also, can you double check if there already was a MITOS installation in your environment before running the container? Maybe run which runmitos.py and tell me if it shows anything.

Last but not least, would you be able to share your input ITV48896.fasta file with us? Then I could try to reproduce the error from here to try to debug it.

Best,

@bm-silva
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hi @jgnunes, here is the following tree:

.
├── all_contigs.circularisationCheck.txt
├── all_mitogenomes.rotated.aligned.aln
├── all_mitogenomes.rotated.fa
├── atg000001l.annotation
│   ├── blast
│   │   ├── nuc
│   │   │   ├── sequence.fas-0.OH.blast
│   │   │   └── sequence.fas-8467.OH.blast
│   │   ├── prot
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4l.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad5.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad4.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad4l.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8467.nad5.blast
│   │   │   └── sequence.fas-8467.nad6.blast
│   │   └── stst.dat
│   ├── ignored.mitos
│   ├── mitfi-global
│   │   ├── sequence.fas-0_Intron_gpI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_Intron_gpII.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_intronout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_OL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_rep_originout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_rRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_rrnL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_rrnS.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnA.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_tRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_trnC.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnD.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnE.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnF.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnG.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnH.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnK.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnL1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnL2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnM.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnN.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnP.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnQ.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnR.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnS1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnS2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnT.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnV.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnW.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnY.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_Intron_gpI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_Intron_gpII.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_intronout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8467_OL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_rep_originout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8467_rRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8467_rrnL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_rrnS.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnA.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_tRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnC.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnD.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnE.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnF.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnG.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnH.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnK.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnL1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnL2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnM.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnN.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnP.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnQ.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnR.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnS1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnS2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnT.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnV.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8467_trnW.cmout
│   │   └── sequence.fas-8467_trnY.cmout
│   ├── result.bed
│   ├── result.faa
│   ├── result.fas
│   ├── result.geneorder
│   ├── result.gff
│   ├── result.mitos
│   ├── result.old.gff
│   ├── result_RC.gff
│   ├── result.seq
│   ├── sequence.fas-0
│   ├── sequence.fas-8467
│   └── stst.dat
├── atg000001l.circularisationCheck.txt
├── atg000001l.circularization_check.blast.tsv
├── atg000001l.mito.fa
├── atg000001l.mito.fa.nhr
├── atg000001l.mito.fa.nin
├── atg000001l.mito.fa.nsq
├── atg000001l.mitogenome.fa
├── atg000001l.mitogenome_RC.fasta
├── atg000001l.mitogenome.rotated.fa
├── atg000001l.trnas
├── atg000002l.annotation
│   ├── blast
│   │   ├── nuc
│   │   │   ├── sequence.fas-0.OH.blast
│   │   │   └── sequence.fas-8546.OH.blast
│   │   ├── prot
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4l.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad5.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad4.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad4l.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad5.blast
│   │   │   └── sequence.fas-8546.nad6.blast
│   │   └── stst.dat
│   ├── ignored.mitos
│   ├── mitfi-global
│   │   ├── sequence.fas-0_Intron_gpI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_Intron_gpII.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_intronout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_OL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_rep_originout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_rRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_rrnL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_rrnS.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnA.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_tRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-0_trnC.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnD.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnE.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnF.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnG.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnH.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnK.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnL1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnL2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnM.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnN.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnP.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnQ.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnR.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnS1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnS2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnT.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnV.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnW.cmout
│   │   ├── sequence.fas-0_trnY.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_Intron_gpI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_Intron_gpII.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_intronout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8546_OL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_rep_originout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8546_rRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8546_rrnL.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_rrnS.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnA.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_tRNAout.nc
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnC.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnD.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnE.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnF.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnG.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnH.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnI.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnK.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnL1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnL2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnM.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnN.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnP.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnQ.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnR.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnS1.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnS2.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnT.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnV.cmout
│   │   ├── sequence.fas-8546_trnW.cmout
│   │   └── sequence.fas-8546_trnY.cmout
│   ├── result.bed
│   ├── result.faa
│   ├── result.fas
│   ├── result.geneorder
│   ├── result.gff
│   ├── result.mitos
│   ├── result.old.gff
│   ├── result.seq
│   ├── sequence.fas-0
│   ├── sequence.fas-8546
│   └── stst.dat
├── atg000002l.circularisationCheck.txt
├── atg000002l.circularization_check.blast.tsv
├── atg000002l.mito.fa
├── atg000002l.mito.fa.nhr
├── atg000002l.mito.fa.nin
├── atg000002l.mito.fa.nsq
├── atg000002l.mitogenome.fa
├── atg000002l.mitogenome.fa.nhr
├── atg000002l.mitogenome.fa.nin
├── atg000002l.mitogenome.fa.nsq
├── atg000002l.mitogenome.rotated.fa
├── atg000002l.trnas
├── cdhit.out
├── cdhit.out.clstr
├── contigs.blastn
├── contigs_ids.txt
├── gbk.HiFiMapped.bam.fasta
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.a_ctg.fa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.a_ctg.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.a_ctg.lowQ.bed
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.a_ctg.noseq.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.ec.bin
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.ovlp.reverse.bin
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.ovlp.source.bin
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_ctg.fa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_ctg.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_ctg.lowQ.bed
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_ctg.noseq.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_utg.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_utg.lowQ.bed
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.p_utg.noseq.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.r_utg.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.r_utg.lowQ.bed
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.assembled.r_utg.noseq.gfa
├── gbk.HiFiMapped.bam.filtered.fasta
├── hifiasm.contigs.fasta
├── hifiasm.log
├── ITV48896.fasta
├── job_mitohifi.pbs
├── mitohifi.err
├── mitohifi.log
├── NC_037857.1.fasta
├── NC_037857.1.fasta.nhr
├── NC_037857.1.fasta.nin
├── NC_037857.1.fasta.nsq
├── NC_037857.1.gb
├── parsed_blast_all.txt
├── parsed_blast.txt
├── ptg000001c.annotation
│   ├── blast
│   │   ├── nuc
│   │   │   ├── sequence.fas-0.OH.blast
│   │   │   └── sequence.fas-8546.OH.blast
│   │   ├── prot
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad4l.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad5.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-0.nad6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp6.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp8.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.atp9.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cob.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.cox3.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.dpo.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.lagli.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.msh1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.mttb.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad1.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad2.blast
│   │   │   ├── sequence.fas-8546.nad3.blast
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├── ptg000002l.trnas
└── reads.HiFiMapped.bam

20 directories, 540 files

there is no mitos installed in my environment, so the which runmitos.py returns no runmitos.py in $PATH.

im afraid i can not share you the fasta file. its a private work and its not yet published, sorry

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