cwl

[yyoshiaki]

cwlでつくる？
ymlでinput情報を揃える。
working dir等どうすればいい？

• https://github.com/Barski-lab/workflows/blob/master/tools/trimgalore.cwl
• https://github.com/common-workflow-language/workflows/tree/master/tools
• https://github.com/roryk/salmon-cwl

/tools
にまとめてtool.cwlはまとめる？

mouse, humanとPE,SE分ける。とりあえずIlluminaだけで。
wgetでreferenceとるのも。

[yyoshiaki]

これは次回のワークフローミートアップでやってしまおう

https://github.com/manabuishii/workflow-meetup

[yyoshiaki]

https://github.com/yyoshiaki/auto_counttable_maker/tree/development#cwl%E7%89%88%E3%81%AE%E9%96%8B%E7%99%BA
少し進めてみた。

[yyoshiaki]

リンク更新
https://github.com/yyoshiaki/ikra/blob/master/basicrnaseq_se.cwl

[my0916]

めちゃめちゃ些細なことですが一応、大事そうなのでこんなところに書いてみますが、

$ bash ikra.sh --version
...
ikra v1.2.1 -RNAseq pipeline centered on Salmon-
...

ってversionじゃなくてusageが出てくるのは意図的なんでしょうか？

せっかく、
function version() { cat << EOS >&2 ikra ${VERSION} -RNAseq pipeline centered on Salmon- EOS exit 1 }
でversionを定義しているのに、使われていない気が・・・。

'-v' | '--version' ) usage ;;
は
'-v' | '--version' ) version ;;
では？

[yyoshiaki]

@my0916
ご指摘と修正例のご提示どうもありがとうございます。確かにそのとおりでしたので、修正させていただきました。とても助かりました。#52

[yyoshiaki]

こちらは省略して記載しているだけなので大丈夫かと思っています。
ちなみに、issueは #52 に移動させていただいたのでそちらでお願いいたします。