Utiliser R markdown

• Objectif
• Reproduire le document localement
  • Dépendances
  • Générer le document
• Contribuer
• Remerciements
• License

Objectif

Ce document est une introduction à R Markdown conçue pour répondre aux objectifs suivants:

1. comprendre ce qu’est R Markdown;
2. comprendre les liens entre R, Markdown et Pandoc;
3. apprendre la syntaxe Pandoc Markdown;
4. apprendre à créer des documents dynamiques avec le package rmarkdown.

Pour installer rmarkdown:

install.packages("rmarkdown")

Notez que ce package requiert Pandoc, voir https://pandoc.org/installing.html si vous rencontrez des problèmes d’installation. Une fois le package installé, vous pouvez le charger et vérifier la version du package installé ainsi que celle de Pandoc comme suit:

library(rmarkdown)
packageVersion("rmarkdown")

## [1] '2.11'

pandoc_available()

## [1] TRUE

pandoc_version()

## [1] '2.14.2'

Reproduire le document localement

Dépendances

Pour reproduire le document, en plus de rmarkdown, les packages suivants doivent être installés:

• reticulate
• JuliaCall

install.packages(c("reticulate", "JuliaCall"))

Notez que pour utiliser reticulate, Python doit être installé et pour utiliser JuliaCall, une version de Julia est requise.

Générer le document

Pour générer le fichier document en PDF:

render("UtiliserRMarkdown.Rmd", "pdf_document")

Pour générer le fichier document en HTML:

render("UtiliserRMarkdown.Rmd", "html_document")

Pour obtenir le document en html, Markdown, pdf et Word :

render("UtiliserRMarkdown.Rmd", "all")  

Contribuer

Toutes les contributions sont les bienvenues et même souhaitées! Des fautes d’orthographe, de grammaire, des coquilles? Il manque de l’information? N’hésitez pas à ouvrir un “issue” et même mieux, une PR!

Remerciements

Merci à Nicolas Casajus pour avoir corrigé des coquilles dans une première version du document!

License

Le document produit sous la license Creative Commons BY-NC-SA.