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DOWNLOAD JGI GENOMES

Introduction

Dans le cadre de mon stage de métagenomique et en me basant sur le script perl de guileonard sur son github https://github.com/guyleonard/get_jgi_genomes, j'ai automatisé le téléchargement de toutes les séquences nucléotidiques dans la base de donnée JGI dans le langague Python.

Source 👍

Ce travail est une adaptation du travail original de Guileonard dans le repository suivant : https://github.com/guyleonard/get_jgi_genomes .

Pourquoi ❓

  • Car le langague Python est un langague supérieur a Perl (Python > Perl). 😆
  • Pour corriger certaines erreurs de permission lors du téléchargement du fichier xml sous Debian.
  • J'aime tout reprogrammer pour tout bien comprendre en tant que bio-informaticien novice et perde mon temps a ça.
  • Pour l'intrégrer dans mon pipeline de métagenomique : https://github.com/Zygnematophyce/CLINICAL_METAGENOMICS .

Utilisation 🎓

python src/main_download_jgi_genomes.py -u <username> -p <password>

Aide

Download JGI genomes !
usage: main_download_jgi_genomes.py [-h] [-u U] [-p P] [-c C] [-db DB] [-l L]

main_download_jgi_genomes.py

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  -u U        Username.
  -p P        Password.
  -c C        Cookies.
  -db DB      Which databases between : mycocosm, phycocosm, phytozome or
              metazome.
  -l L        Only the list xml of database.

Tasks

- [ ] Ajouter la possibilité de choisir le chemin de son output.