Dans le cadre de mon stage de métagenomique et en me basant sur le script perl de guileonard sur son github https://github.com/guyleonard/get_jgi_genomes, j'ai automatisé le téléchargement de toutes les séquences nucléotidiques dans la base de donnée JGI dans le langague Python.
Ce travail est une adaptation du travail original de Guileonard dans le repository suivant : https://github.com/guyleonard/get_jgi_genomes .
- Car le langague Python est un langague supérieur a Perl (Python > Perl). 😆
- Pour corriger certaines erreurs de permission lors du téléchargement du fichier xml sous Debian.
- J'aime tout reprogrammer pour tout bien comprendre en tant que bio-informaticien novice
et perde mon temps a ça. - Pour l'intrégrer dans mon pipeline de métagenomique : https://github.com/Zygnematophyce/CLINICAL_METAGENOMICS .
python src/main_download_jgi_genomes.py -u <username> -p <password>
Download JGI genomes !
usage: main_download_jgi_genomes.py [-h] [-u U] [-p P] [-c C] [-db DB] [-l L]
main_download_jgi_genomes.py
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-u U Username.
-p P Password.
-c C Cookies.
-db DB Which databases between : mycocosm, phycocosm, phytozome or
metazome.
-l L Only the list xml of database.
- [ ] Ajouter la possibilité de choisir le chemin de son output.