Merge branch 'develop' of https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas …

…into develop
PnX-SI · Oct 1, 2019 · 0d693ce · 0d693ce
2 parents e33162d + 4777731
commit 0d693ce
Show file tree

Hide file tree

Showing 5 changed files with 59 additions and 76 deletions.
diff --git a/atlas/configuration/config.py.example b/atlas/configuration/config.py.example
@@ -1,4 +1,3 @@
-
 # -*- coding:utf-8 -*-
 
 # Mettre l'application en mode debug ou pas
@@ -9,6 +8,9 @@ modeDebug = False
 # eventuellement le port de la BDD et le nom de la BDD avec l'utilisateur qui a des droits de lecture sur les vues de l'atlas (user_pg dans settings.ini)
 database_connection = "postgresql://user:monpassachanger@IPADRESSE:5432/databaseName"
 
+# Port sur lequel tourne le serveur gunicorn
+GUNICORN_PORT = 8080
+
 #################################
 #################################
 ### Customisation application ###
@@ -35,24 +37,22 @@ GLOSSAIRE = False
 ###### Cartographie #######
 ###########################
 
-# Clé IGN si vous utilisez l'API Geoportail pour afficher les fonds cartographiques
-IGNAPIKEY = 'myIGNkey';
-
 # Configuration des cartes (centre du territoire, couches CARTE et ORTHO, échelle par défaut...)
 MAP = {
     'LAT_LONG': [44.7952, 6.2287],
     'FIRST_MAP': {
-            'url' : 'http://gpp3-wxs.ign.fr/'+IGNAPIKEY+'/wmts?LAYER=GEOGRAPHICALGRIDSYSTEMS.MAPS.SCAN-EXPRESS.STANDARD&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&&TILEMATRIX={z}&TILECOL={x}&TILEROW={y}',
+            'url' : 'https://wxs.ign.fr/IGNKEY/wmts?LAYER=GEOGRAPHICALGRIDSYSTEMS.MAPS.SCAN-EXPRESS.STANDARD&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&TILEMATRIX={z}&TILEROW={y}&TILECOL={x}',
             'attribution' : '&copy; <a href="http://www.ign.fr/">IGN</a>',
             'tileName' : 'IGN'
     },
-    'SECOND_MAP' : {'url' :'https://gpp3-wxs.ign.fr/'+IGNAPIKEY+'/geoportail/wmts?LAYER=ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&TILEMATRIX={z}&TILEROW={y}&TILECOL={x}',
+    'SECOND_MAP' : {
+            'url' :'https://wxs.ign.fr/IGNKEY/wmts?LAYER=ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&TILEMATRIX={z}&TILEROW={y}&TILECOL={x}',
             'attribution' : '&copy; <a href="http://www.ign.fr/">IGN</a>',
             'tileName' : 'Ortho IGN'
     },
     'ZOOM' : 10,
     MIN_ZOOM = 6
-    MAX_BOUNDS= = [[41.463,-1.876],[51.62,8.6]]
+    MAX_BOUNDS = [[41.463,-1.876],[51.62,8.6]]
     # Pas du slider sur les annees d'observations: 1 = pas de 1 an sur le slider
     'STEP': 1,
     # Couleur et épaisseur des limites du territoire

diff --git a/atlas/configuration/config.py.sample b/atlas/configuration/config.py.sample
@@ -1,14 +1,10 @@
-
 # -*- coding:utf-8 -*-
 
 # Connexion de l'application à la BDD
 # Remplacer user, monpassachanger, IPADRESSE (localhost si la BDD est sur le même serveur que l'application), 
 # eventuellement le port de la BDD et le nom de la BDD avec l'utilisateur qui a des droits de lecture sur les vues de l'atlas (user_pg dans settings.ini)
 database_connection = "postgresql://user:monpassachanger@IPADRESSE:5432/databaseName"
 
-# Port sur lequel tourne le serveur gunicorn
-GUNICORN_PORT = 8080
-
 #################################
 #################################
 ### Customisation application ###
@@ -37,10 +33,9 @@ MAP = {
             'attribution' : '&copy OpenStreetMap',
             'tileName' : 'OSM'
     },
-    'SECOND_MAP' : {'url' :'//{s}.google.com/vt/lyrs=s&x={x}&y={y}&z={z}',
-            'attribution' : '\u00a9 GoogleMap',
-            'subdomains': ['mt0', 'mt1', 'mt2', 'mt3'],
-            'tileName' : 'Sattelite'
+    'SECOND_MAP' : {'url' :'//a.tile.opentopomap.org/{z}/{x}/{y}.png',
+            'attribution' : '&copy OpenStreetMap-contributors, SRTM | Style: &copy OpenTopoMap (CC-BY-SA)',
+            'tileName' : 'OTM'
     },
     'ZOOM' : 10,
     # Pas du slider sur les annees d'observations: 1 = pas de 1 an sur le slider

diff --git a/atlas/configuration/config_schema.py b/atlas/configuration/config_schema.py
@@ -14,10 +14,9 @@
     "attribution": "&copy OpenStreetMap",
 }
 MAP_2 = {
-    "name": "GoogleSatellite",
-    "layer": "//{s}.google.com/vt/lyrs=s&x={x}&y={y}&z={z}",
-    "subdomains": ["mt0", "mt1", "mt2", "mt3"],
-    "attribution": "© GoogleMap",
+    "name": "OpenTopoMap",
+    "layer": "//a.tile.opentopomap.org/{z}/{x}/{y}.png",
+    "attribution": "&copy OpenStreetMap-contributors, SRTM | Style: &copy OpenTopoMap (CC-BY-SA)",
 }
 
 

diff --git a/data/update_vm_observations.sql b/data/update_vm_observations.sql
@@ -118,8 +118,9 @@ CREATE UNIQUE INDEX ON atlas.vm_taxons (cd_ref);
 
 
 -- Materialized View: atlas.vm_search_taxon
-CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.vm_search_taxon AS
-SELECT t.cd_nom,
+CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.vm_search_taxon AS 
+SELECT row_number() OVER (ORDER BY t.cd_nom,t.cd_ref,t.search_name)::integer AS fid,
+  t.cd_nom,
   t.cd_ref,
   t.search_name,
   t.nom_valide,
@@ -141,11 +142,13 @@ FROM (
   FROM atlas.vm_taxref t_1
   WHERE t_1.nom_vern IS NOT NULL AND t_1.cd_nom = t_1.cd_ref
 ) t
-JOIN atlas.vm_taxons taxons ON taxons.cd_ref = t.cd_ref
+JOIN atlas.vm_taxons taxons ON taxons.cd_ref = t.cd_ref;
 
-CREATE UNIQUE INDEX ON atlas.vm_search_taxon (cd_nom, search_name);
+CREATE UNIQUE INDEX ON atlas.vm_search_taxon(fid);
+CREATE INDEX ON atlas.vm_search_taxon(cd_nom);
 CREATE INDEX ON atlas.vm_search_taxon(cd_ref);
 CREATE INDEX trgm_idx ON atlas.vm_search_taxon USING GIST (search_name gist_trgm_ops);
+CREATE UNIQUE INDEX ON atlas.vm_search_taxon (cd_nom, search_name);
 
 -- Materialized View: atlas.vm_mois
 CREATE MATERIALIZED VIEW atlas.vm_mois AS

diff --git a/docs/changelog.rst b/docs/changelog.rst
@@ -2,50 +2,55 @@
 CHANGELOG
 =========
 
-1.4.0 (2019-09-30)
+1.4.0 (2019-10-01)
 ------------------
 
-Voir https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/compare/1.3.2...develop
-
-**Nouveautés**
+**🚀 Nouveautés**
 
 * Compatible avec GeoNature version 2 et connexion possible au réferentiel géographique (#162)
 * Fiches espèce : les mailles ne sont plus dupliquées pour améliorer les performances (#53)
-* Passage à Python3
-* Prise en compte de la dégradation des données (centroïde de la géométrie dégradée) basé sur les niveaux de diffusion du SINP (voir http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/5-niveaux-de-precision-de-diffusion-souhaites-niveauprecision-23-06-2016/) 
-* Amélioration du module de recherche de taxons (AJAX + trigrammes) (par @RNF-SI)
-* Amélioration du module de recherche de commune (AJAX) (par @RNF-SI)
-* Chargement "paresseux" des images dans les listes de taxons et la page d'accueil (par @RNF-SI)
-* Vérification des paramètres de configuration grâce à Marshmallow et passage de paramètres par défaut si paramètres absents
+* Passage à Python 3 (par @aroche)
+* Prise en compte de la dégradation des données (centroïde de la géométrie dégradée) de GeoNature, basé sur les niveaux de diffusion du SINP (voir http://standards-sinp.mnhn.fr/nomenclature/5-niveaux-de-precision-de-diffusion-souhaites-niveauprecision-23-06-2016/) 
+* Amélioration du module de recherche de taxons (AJAX + trigrammes) (par @aroche)
+* Amélioration du module de recherche de commune (AJAX) (par @aroche)
+* Chargement "paresseux" des images dans les listes de taxons et la page d'accueil (par @aroche)
+* Mise en place de paramètres par défaut, surcouchables si besoin. Vérification des paramètres de configuration grâce à Marshmallow et passage de paramètres par défaut si paramètres absents
 * Simplification du passage de la configuration aux routes
 * Ajout de la description, de la licence et de la source sur les médias (par @sig-pnrnm)
-* Standardisation GeoJson des API 
-* Amélioration des performances
+* Formatage des grands nombres (par @jbdesbas)
+* Ordonnancement des noms de communes par longueur (#193) (par @jbdesbas)
+* Standardisation GeoJson des API
 * Possibilité de masquer le slider de la carte des fiches espèces (``ENABLE_SLIDER``)
-* Rafraichissement de l'ergonomie
+* Possibilité de limiter l'étendue de la carte (paramètre ``MAX_BOUNDS``) (par @jbdesbas)
+* Ajout du paramètre ``REDIMENSIONNEMENT_IMAGE`` qui active ou non le redimmensionnement à la volée par TaxHub
+* Ajout du paramètre ``DISPLAY_PATRIMONIALITE`` qui contrôle l'affichage du logo "patrimonial" sur les fiches espèce et les listes
+* Rafraichissement du graphisme
 * Facilitation de la customisation grâce à des variables CSS
+* Compléments divers de la documentation (``/docs/``)
 
-**Correction**
+**🐛 Corrections**
 
-* Renommage du répertoire 'main' en 'atlas'
-* Suppression du paramètre COLONNES_RANG_STAT (calculé)
-* Suppression du paramètre IGNAPIKEY (le passer directement dans les variables ``MAP.FIRST_MAP`` et ``MAP.SECOND_MAP``)
-* Ajout du paramètre ``REDIMENSIONNEMENT_IMAGE`` qui active ou non le redimmentionnement par TaxHub
-* Ajout du paramètre ``DISPLAY_PATRIMONIALITE`` qui contrôle l'affichage du logo "patrimonial" sur les fiche espèces et les listes.
+* Renommage du répertoire ``main`` en ``atlas``
+* Suppression du paramètre ``COLONNES_RANG_STAT`` (calculé)
+* Suppression du paramètre ``IGNAPIKEY`` (le passer directement dans les variables ``MAP.FIRST_MAP`` et ``MAP.SECOND_MAP``)
+* Corrections diverses (par @xavyeah39 et @RomainBaghi)
 
 **⚠️ Notes de version**
 
-Si vous souhaitez connecter l'atlas à GeoNature 2, préferez une installation vierge de GeoNature-Atlas 1.4.0, plutôt qu'une migration. Dans le cas contraire, suivez les instructions suivantes:
+Si vous souhaitez connecter l'atlas à GeoNature 2, préferez une nouvelle installation de GeoNature-atlas 1.4.0, plutôt qu'une migration. 
+
+Dans le cas contraire, suivez les instructions suivantes :
+
+* Ajouter l'extension Trigramme à PostgreSQL :
 
-Ajouter l'extension Trigramme à PostgreSQL :
 ::
 
     sudo ls
     sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS pg_trgm;"
 
-Lancer le script de migration update_1.3.2to1.4.0.sql (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/data/update_1.3.2to1.4.0.sql) avec l'utilisateur lecteur de l'application (cf settings.ini: ``user_pg``)
+Lancer le script de migration update_1.3.2to1.4.0.sql (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/develop/data/update_1.3.2to1.4.0.sql) avec l'utilisateur lecteur de l'application (cf settings.ini : ``user_pg``)
 
-- Des nouvelles variables CSS permettent de customiser les couleurs de l'application. Vous pouvez ajouter les variables ci-dessous au fichier ``static/custom/custom.css`` et les adapter à votre contexte (les variables ``--main-color`` et ``--second-color`` sont les couleurs principalement utilisées : bouton, scrollbar, navbar etc...)
+* Des nouvelles variables CSS permettent de customiser les couleurs de l'application. Vous pouvez ajouter les variables ci-dessous au fichier ``static/custom/custom.css`` et les adapter à votre contexte (les variables ``--main-color`` et ``--second-color`` sont les couleurs principalement utilisées : bouton, scrollbar, navbar etc...)
 
 ::
 
@@ -54,26 +59,25 @@ Lancer le script de migration update_1.3.2to1.4.0.sql (https://github.com/PnX-SI
     --second-color: #649b18;
   }
   
-Suivez ensuite les instructions suivantes:
+Suivez ensuite les instructions suivantes :
 
-- Télécharger puis dézipper la nouvelle version de l'atlas.
+* Télécharger puis dézipper la nouvelle version de l'atlas.
 
 ::
 
     cd /home/`whoami`
-
     wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/archive/X.Y.Z.zip
     unzip X.Y.Z 
     rm X.Y.Z
 
-- Renommer l'ancienne version de l'atlas puis la nouvelle version.
+* Renommer l'ancienne version de l'atlas puis la nouvelle version.
 
 ::
 
     mv /home/`whoami`/atlas/ /home/`whoami`/atlas_old/
     mv GeoNature-atlas-X.Y.Z /home/`whoami`/atlas/
 
-- Copier ``settings.ini`` et ``config.py`` depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer vos paramètres de configuration :
+* Copier les fichiers ``settings.ini`` et ``config.py`` depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer vos paramètres de configuration :
 
 ::
 
@@ -82,49 +86,31 @@ Suivez ensuite les instructions suivantes:
     cp ../atlas_old/main/configuration/config.py atlas/configuration/config.py
 
 
-- Ouvrir le fichier ``settings.ini`` pour y rajouter le nouveau paramètre suivant (laisser la valeurs fournie):
+* Ouvrir le fichier ``settings.ini`` pour y rajouter le nouveau paramètre suivant (laisser la valeur fournie) :
 
 ::
 
     python_executable=/usr/bin/python3
 
-- Le passage à Python 3 nécessite quelques évolutions dans le fichier ``config.py`` : il faut supprimer tous les appels à la fonction ``unicode``). Ouvrez le, puis supprimer la ligne 20 ``STRUCTURE = unicode(STRUCTURE, 'utf-8')``, la ligne 24 ``NOM_APPLICATION = unicode(NOM_APPLICATION, 'utf-8')`` et les lignes 113-114 ``for i in range(len(RANG_STAT_FR)):
-    RANG_STAT_FR[i]=unicode( RANG_STAT_FR[i], 'utf-8')``
-
-
-- Replacer la clé IGN dans les variables FIRST_MAP et SECOND_MAP de la manière suivante:
-
-::
-
-    MAP = {
-        'LAT_LONG': [44.7952, 6.2287],
-        'FIRST_MAP': {
-                'url' : 'http://gpp3-wxs.ign.fr/MA_CLE_IGN/wmts?LAYER=GEOGRAPHICALGRIDSYSTEMS.MAPS.SCAN-EXPRESS.STANDARD&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&&TILEMATRIX={z}&TILECOL={x}&TILEROW={y}',
-                'attribution' : '&copy; <a href="http://www.ign.fr/">IGN</a>',
-                'tileName' : 'IGN'
-        },
-        'SECOND_MAP' : {'url' :'https://gpp3-wxs.ign.fr/MA_CLE_IGN/geoportail/wmts?LAYER=ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS&EXCEPTIONS=text/xml&FORMAT=image/jpeg&SERVICE=WMTS&VERSION=1.0.0&REQUEST=GetTile&STYLE=normal&TILEMATRIXSET=PM&TILEMATRIX={z}&TILEROW={y}&TILECOL={x}',
-                'attribution' : '&copy; <a href="http://www.ign.fr/">IGN</a>',
-                'tileName' : 'Ortho IGN'
-        },
-
-* Si le redimmentionnement d'image était activé, passer la variable ``REDIMENSIONNEMENT_IMAGE`` à ``True`` dans le fichier de configuration ``config.py``
+* Le passage à Python 3 nécessite quelques évolutions dans le fichier ``config.py`` : il faut supprimer tous les appels à la fonction ``unicode``). Ouvrez-le, puis supprimer la ligne 20 ``STRUCTURE = unicode(STRUCTURE, 'utf-8')``, la ligne 24 ``NOM_APPLICATION = unicode(NOM_APPLICATION, 'utf-8')`` et les lignes 113-114 ``for i in range(len(RANG_STAT_FR)): RANG_STAT_FR[i]=unicode( RANG_STAT_FR[i], 'utf-8')``
 
+* Dans le fichier ``config.py``, supprimer le paramètre ``IGNAPIKEY`` et intégrer votre clé IGN directement dans les variables ``FIRST_MAP`` et ``SECOND_MAP``.
 
+* Si le redimmensionnement d'image était activé, passer la variable ``REDIMENSIONNEMENT_IMAGE`` à ``True`` dans le fichier de configuration ``config.py``
 
-- Copier le contenu du répertoire ``static/custom/`` depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer toute votre customisation (CSS, templates, images...) :
+* Copier le contenu du répertoire ``static/custom/`` depuis l'ancienne version vers la nouvelle pour récupérer toute votre customisation (CSS, templates, images...) :
 
 ::
 
     cp -aR ../atlas_old/static/custom/ ./static
 
-- Relancez l'installation automatique de l'application :
+* Relancez l'installation automatique de l'application :
 
 ::
 
     ./install_app.sh
 
-- Relancer l'application
+* Relancer l'application
 
 ::