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Merge Develop to Master

VERSION

@@ -1 +1 @@
-1.3.0
+1.3.1.dev0

docs/changelog.rst

@@ -2,6 +2,15 @@
 CHANGELOG
 =========
 
+1.3.1 (2018-03-15)
+------------------
+
+**Corrections**
+
+* Correction de l'installation autonome (sans GeoNature)
+* Correction et documentation si l'atlas est accessible dans un sous-répertoire du domaine
+* Correction d'une coquille dans le SQL. Merci @lpofredc
+
 1.3.0 (2018-02-15)
 ------------------
 

docs/installation.rst

@@ -26,8 +26,8 @@ Ce serveur doit aussi disposer de :
     GeoNature-atlas est susceptible de fonctionner sur d'autres OS (comme Ubuntu par exemple) mais cela n'a pas été testé.
 
 
-Installation de l'environnement et de l'application
-===================================================
+Installation de l'environnement logiciel
+========================================
 
 Le script ``install_env.sh`` va automatiquement installer les outils nécessaires à l'application si ils ne sont pas déjà sur le serveur : 
 
@@ -88,11 +88,6 @@ Cela installera les logiciels nécessaires au fonctionnement de l'application
     cd /home/monuser/atlas
     ./install_env.sh
 
-**4.  Lancez l'installation automatique de l'application :**
-
-::
-
-    ./install_app.sh
 
 
 Installation de la base de données
@@ -151,12 +146,21 @@ Si vous voulez adapter le contenu des vues matérialisées, vous pouvez modifier
 Si vous souhaitez uniquement recréer la vue ``atlas.vm_observations`` et les 6 autres vues qui en dépendent vous pouvez utiliser le script ``data/update_vm_observations.sql``.
 
 
+Installtion de l'application
+============================
+
+**Lancez l'installation automatique de l'application :**
+
+::
+
+    ./install_app.sh
+
 Configuration de l'application
 ==============================   
 
 Editer le fichier de configuration ``main/configuration/config.py``.
 
-- Renseignez la variable 'database_connection'
+- Vérifier que la variable 'database_connection' contient les bonnes informations de connexion à la base
 - Renseignez l'URL de l'application à partir de la racine du serveur WEB ('/atlas' ou '' par exemple)
 - Renseignez les autres paramètres selon votre contexte
 - Rechargez le serveur Web Gunicorn pour que les modifications soient prises en compte (``sudo supervisorctl reload``)

initAtlas.py

@@ -3,6 +3,9 @@
 from flask import Flask, render_template
 from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy
 
+from werkzeug.wsgi import DispatcherMiddleware, ProxyMiddleware
+from werkzeug.serving import run_simple
+
 from main.configuration import config
 from sqlalchemy import create_engine, MetaData, Table
 
@@ -13,10 +16,33 @@
 
 APP_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__))
 
+class ReverseProxied(object):
+
+    def __init__(self, app, script_name=None, scheme=None, server=None):
+        self.app = app
+        self.script_name = script_name
+        self.scheme = scheme
+        self.server = server
+
+    def __call__(self, environ, start_response):
+        script_name = environ.get('HTTP_X_SCRIPT_NAME', '') or self.script_name
+        if script_name:
+            environ['SCRIPT_NAME'] = script_name
+            path_info = environ['PATH_INFO']
+            if path_info.startswith(script_name):
+                environ['PATH_INFO'] = path_info[len(script_name):]
+        scheme = environ.get('HTTP_X_SCHEME', '') or self.scheme
+        if scheme:
+            environ['wsgi.url_scheme'] = scheme
+        server = environ.get('HTTP_X_FORWARDED_SERVER', '') or self.server
+        if server:
+            environ['HTTP_HOST'] = server
+        return self.app(environ, start_response)
 
 def create_app():
     # renvoie une instance de app l appli Flask
     app = Flask(__name__, template_folder=APP_DIR)
+
     app.debug = config.modeDebug
 
     from main.atlasRoutes import main as main_blueprint
@@ -28,11 +54,16 @@ def create_app():
 
     compress.init_app(app)
 
+    app.wsgi_app = ReverseProxied(app.wsgi_app, script_name=config.URL_APPLICATION)
+
+
     return app
 
 
 app = create_app()
 
+
 if __name__ == '__main__':
     from flask_script import Manager
-    Manager(app).run()
+    # Manager(app).run()
+    run_simple('localhost', 8080, app, use_reloader=True)

install_app.sh

@@ -22,6 +22,14 @@ virtualenv $venv_dir
 echo "Installing requirements..."
 pip install -r requirements.txt
 
+echo "Creating configuration files if they dont already exist"
+if [ ! -f ./main/configuration/config.py ]; then
+  cp ./main/configuration/config.py.sample ./main/configuration/config.py
+fi
+
+sudo sed -i "s/database_connection = .*$/database_connection = \"postgresql:\/\/$user_pg:$user_pg_pass@$db_host:$db_port\/$db_name\"/" ./main/configuration/config.py
+
+
 echo "Launching application..."
 DIR=$(readlink -e "${0%/*}")
 sudo -s cp  atlas-service.conf /etc/supervisor/conf.d/
@@ -35,10 +43,7 @@ if [ ! -d ./static/custom/images/ ]; then
   mkdir -p ./static/custom/images/
 fi
 
-echo "Creating configuration files if they dont already exist"
-if [ ! -f ./main/configuration/config.py ]; then
-  cp ./main/configuration/config.py.sample ./main/configuration/config.py
-fi
+
 
 echo "Creating customisation files if they dont already exist"
 if [ ! -f ./static/custom/templates/footer.html ]; then

install_db.sh

@@ -106,7 +106,7 @@ then
 		echo "Création de la table exemple syntheseff"
 		sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "CREATE TABLE synthese.syntheseff
 			(
-			  id_synthese serial NOT NULL,
+			  id_synthese serial PRIMARY KEY,
 			  id_organisme integer DEFAULT 2,
 			  cd_nom integer,
 			  insee character(5),
@@ -115,14 +115,15 @@ then
 			  altitude_retenue integer,
 			  supprime boolean DEFAULT false,
 			  the_geom_point geometry('POINT',3857),
-			  effectif_total integer
+			  effectif_total integer,
+              diffusable boolean 
 			);
 			INSERT INTO synthese.syntheseff 
-			  (cd_nom, insee, observateurs, altitude_retenue, the_geom_point, effectif_total)
-			  VALUES (67111, 05122, 'Mon observateur', 1254, '0101000020110F0000B19F3DEA8636264124CB9EB2D66A5541', 3);
+			  (cd_nom, insee, observateurs, altitude_retenue, the_geom_point, effectif_total, diffusable)
+			  VALUES (67111, 05122, 'Mon observateur', 1254, '0101000020110F0000B19F3DEA8636264124CB9EB2D66A5541', 3, true);
 			INSERT INTO synthese.syntheseff 
-			  (cd_nom, insee, observateurs, altitude_retenue, the_geom_point, effectif_total)
-			  VALUES (67111, 05122, 'Mon observateur 3', 940, '0101000020110F00001F548906D05E25413391E5EE2B795541', 2);" &>> log/install_db.log
+			  (cd_nom, insee, observateurs, altitude_retenue, the_geom_point, effectif_total, diffusable)
+			  VALUES (67111, 05122, 'Mon observateur 3', 940, '0101000020110F00001F548906D05E25413391E5EE2B795541', 2, true);" &>> log/install_db.log
         sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c "ALTER TABLE synthese.syntheseff OWNER TO "$owner_atlas";"
 	fi
 
@@ -133,22 +134,38 @@ then
 		cd data
 		mkdir taxonomie
 		cd taxonomie
-        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/master/data/taxhubdb.sql
-        sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f taxhubdb.sql  &>> ../../log/install_db.log
+        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/$taxhub_release/data/taxhubdb.sql
+        #sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f taxhubdb.sql  &>> ../../log/install_db.log
+        export PGPASSWORD=$owner_atlas_pass;psql -d $db_name -U $owner_atlas -h $db_host -f  taxhubdb.sql  &>> ../../log/install_db.log
+
         wget http://geonature.fr/data/inpn/taxonomie/TAXREF_INPN_v9.0.zip
         unzip TAXREF_INPN_v9.0.zip -d /tmp
-	wget http://geonature.fr/data/inpn/taxonomie/ESPECES_REGLEMENTEES_20161103.zip
-	unzip ESPECES_REGLEMENTEES.zip -d /tmp
-        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/master/data/inpn/data_inpn_v9_taxhub.sql
+	    wget http://geonature.fr/data/inpn/taxonomie/ESPECES_REGLEMENTEES_20161103.zip
+	    unzip ESPECES_REGLEMENTEES_20161103.zip -d /tmp
+        wget  http://geonature.fr/data/inpn/taxonomie/LR_FRANCE_20160000.zip
+        unzip LR_FRANCE_20160000.zip -d /tmp
+
+        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/$taxhub_release/data/inpn/data_inpn_v9_taxhub.sql
+        # export PGPASSWORD=$owner_atlas_pass;psql -d $db_name -U $owner_atlas -h $db_host -f  data_inpn_v9_taxhub.sql &>> ../../log/install_db.log
         sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name  -f data_inpn_v9_taxhub.sql &>> ../../log/install_db.log
-        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/master/data/vm_hierarchie_taxo.sql
-        sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f vm_hierarchie_taxo.sql  &>> ../../log/install_db.log
-        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/master/data/taxhubdata.sql
-        sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f taxhubdata.sql  &>> ../../log/install_db.log
+
+
+        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/$taxhub_release/data/materialized_views.sql
+        #sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f vm_hierarchie_taxo.sql  &>> ../../log/install_db.log
+        export PGPASSWORD=$owner_atlas_pass;psql -d $db_name -U $owner_atlas -h $db_host -f  materialized_views.sql  &>> ../../log/install_db.log
+
+
+        wget https://raw.githubusercontent.com/PnX-SI/TaxHub/$taxhub_release/data/taxhubdata.sql
+        #sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -f taxhubdata.sql  &>> ../../log/install_db.log
+        export PGPASSWORD=$owner_atlas_pass;psql -d $db_name -U $owner_atlas -h $db_host -f  taxhubdata.sql  &>> ../../log/install_db.log
+
+
         rm /tmp/*.txt
         rm /tmp/*.csv
+        rm /tmp/*.sql
         cd ../..
 		rm -R data/taxonomie
+
     fi
 
     # Creation des Vues Matérialisées (et remplacement éventuel des valeurs en dur par les paramètres)

main/configuration/config.py.sample

@@ -24,6 +24,7 @@ NOM_APPLICATION = "Nom de l application"
 NOM_APPLICATION = unicode(NOM_APPLICATION, 'utf-8') # Fonction permettant d'encoder ce nom en utf-8, à ne pas modifier
 
 # URL de l'application depuis la racine du domaine
+# ex "/atlas" pour une URL: http://mon-domaine/atlas OU "" si l'application est accessible à la racine du domaine
 URL_APPLICATION = ""
 
 # Code de suivi des statistiques Google Analytics (si AFFICHAGE_FOOTER = True)

main/configuration/settings.ini.sample

@@ -44,6 +44,11 @@ owner_atlas_pass=monpassachanger
 # Installer le schéma taxonomie de TaxHub dans la BDD de GeoNature-atlas ?
 install_taxonomie=false
 
+# Version de TaxHub à utiliser pour installer le schéma taxonomie
+# GeoNature-atlas 1.3.0 est compatible avec les versions de Taxhub inférieure ou égale à 1.3.2
+# Numéro de version conseillée et testée : 1.3.2
+taxhub_release=1.3.2
+
 # GeoNature-atlas est-il connecté à une BDD GeoNature ?
 geonature_source=true