changes reactions involving 2 surface sites and gas spcs from arrh to…

… sticking
ReactionMechanismGenerator · Jul 8, 2021 · 343018b · 343018b
1 parent 88b2409
commit 343018b
Show file tree

Hide file tree

Showing 24 changed files with 2,523 additions and 3,439 deletions.
diff --git a/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Ag/dictionary.txt b/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Ag/dictionary.txt
diff --git a/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Ag/reactions.py b/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Ag/reactions.py
diff --git a/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Au/dictionary.txt b/input/kinetics/libraries/Surface/cathub/Au/dictionary.txt
@@ -1,24 +1,28 @@
-HX
-1 X u0 p0 c0 {2,S}
-2 H u0 p0 c0 {1,S}
+X
+1 X u0 p0 c0
+
+N2
+1 N u0 p1 c0 {2,T}
+2 N u0 p1 c0 {1,T}
 
 NX
 1 N u0 p1 c0 {2,T}
 2 X u0 p0 c0 {1,T}
 
-X
-1 X u0 p0 c0
+HX
+1 H u0 p0 c0 {2,S}
+2 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 NHX
-1 N u0 p1 c0 {2,D} {3,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,D}
-3 H u0 p0 c0 {1,S}
+1 N u0 p1 c0 {2,S} {3,D}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
+3 X u0 p0 c0 {1,D}
 
 NH2X
 1 N u0 p1 c0 {2,S} {3,S} {4,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,S}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
 3 H u0 p0 c0 {1,S}
-4 H u0 p0 c0 {1,S}
+4 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 NH3X
 1 N u0 p1 c0 {2,S} {3,S} {4,S}
@@ -27,32 +31,24 @@ NH3X
 4 H u0 p0 c0 {1,S}
 5 X u0 p0 c0
 
-N2
-1 N u0 p1 c0 {2,T}
-2 N u0 p1 c0 {1,T}
-
-H
-multiplicity 2
-1 H u1 p0 c0
-
 CHX
-1 C u0 p0 c0 {2,T} {3,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,T}
-3 H u0 p0 c0 {1,S}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,T}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
+3 X u0 p0 c0 {1,T}
 
 CX
 1 C u0 p0 c0 {2,Q}
 2 X u0 p0 c0 {1,Q}
 
 CH2CH2X
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {5,S} {6,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {7,S} {8,S}
-3 X u0 p0 c0 {1,S}
-4 X u0 p0 c0 {2,S}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
-6 H u0 p0 c0 {1,S}
-7 H u0 p0 c0 {2,S}
-8 H u0 p0 c0 {2,S}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {7,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {6,S} {8,S}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
+4 H u0 p0 c0 {1,S}
+5 H u0 p0 c0 {2,S}
+6 H u0 p0 c0 {2,S}
+7 X u0 p0 c0 {1,S}
+8 X u0 p0 c0 {2,S}
 
 CCH3X
 1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
@@ -63,62 +59,36 @@ CCH3X
 6 X u0 p0 c0 {2,T}
 
 CH2X
-1 C u0 p0 c0 {2,D} {3,S} {4,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,D}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,D}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
 3 H u0 p0 c0 {1,S}
-4 H u0 p0 c0 {1,S}
-
-CCHX
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,D} {4,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,T}
-3 X u0 p0 c0 {1,D}
-4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 X u0 p0 c0 {2,T}
-
-OCHX
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,D} {4,S}
-2 O u0 p2 c0 {1,S} {5,S}
-3 X u0 p0 c0 {1,D}
-4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 X u0 p0 c0 {2,S}
-
-OX
-1 O u0 p2 c0 {2,D}
-2 X u0 p0 c0 {1,D}
+4 X u0 p0 c0 {1,D}
 
 CH3X
 1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,S}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
 3 H u0 p0 c0 {1,S}
 4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
-
-CCH2X
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,T}
-3 X u0 p0 c0 {1,S}
-4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
-6 X u0 p0 c0 {2,T}
+5 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 CHCH2X
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {7,S}
-3 X u0 p0 c0 {1,S}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {6,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {7,D}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
 4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
-6 X u0 p0 c0 {2,D}
-7 H u0 p0 c0 {2,S}
+5 H u0 p0 c0 {2,S}
+6 X u0 p0 c0 {1,S}
+7 X u0 p0 c0 {2,D}
 
 CH2CH3X
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
-3 X u0 p0 c0 {1,S}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {8,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,S} {6,S} {7,S}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
 4 H u0 p0 c0 {1,S}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
+5 H u0 p0 c0 {2,S}
 6 H u0 p0 c0 {2,S}
 7 H u0 p0 c0 {2,S}
-8 H u0 p0 c0 {2,S}
+8 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 CH3CH3
 1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
@@ -131,12 +101,12 @@ CH3CH3
 8 H u0 p0 c0 {2,S}
 
 CH3CH2CH3
-1  C u0 p0 c0 {2,S} {4,S} {5,S} {6,S}
-2  C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {7,S} {8,S}
-3  C u0 p0 c0 {2,S} {9,S} {10,S} {11,S}
+1  C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
+2  C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,S} {8,S}
+3  C u0 p0 c0 {1,S} {9,S} {10,S} {11,S}
 4  H u0 p0 c0 {1,S}
 5  H u0 p0 c0 {1,S}
-6  H u0 p0 c0 {1,S}
+6  H u0 p0 c0 {2,S}
 7  H u0 p0 c0 {2,S}
 8  H u0 p0 c0 {2,S}
 9  H u0 p0 c0 {3,S}
@@ -152,27 +122,38 @@ CH4
 
 CHCH3X
 1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,D} {7,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,S} {7,D}
 3 H u0 p0 c0 {1,S}
 4 H u0 p0 c0 {1,S}
 5 H u0 p0 c0 {1,S}
-6 X u0 p0 c0 {2,D}
-7 H u0 p0 c0 {2,S}
+6 H u0 p0 c0 {2,S}
+7 X u0 p0 c0 {2,D}
+
+OCHX
+1 O u0 p2 c0 {2,S} {5,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {3,S} {4,D}
+3 H u0 p0 c0 {2,S}
+4 X u0 p0 c0 {2,D}
+5 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 COX
-1 C u0 p0 c0 {2,D} {3,D}
-2 X u0 p0 c0 {1,D}
-3 O u0 p2 c0 {1,D}
+1 O u0 p2 c0 {2,D}
+2 C u0 p0 c0 {1,D} {3,D}
+3 X u0 p0 c0 {2,D}
 
 CO2
-1 C u0 p0 c0 {2,D} {3,D}
-2 O u0 p2 c0 {1,D}
-3 O u0 p2 c0 {1,D}
+1 O u0 p2 c0 {3,D}
+2 O u0 p2 c0 {3,D}
+3 C u0 p0 c0 {1,D} {2,D}
+
+OX
+1 O u0 p2 c0 {2,D}
+2 X u0 p0 c0 {1,D}
 
 OHX
 1 O u0 p2 c0 {2,S} {3,S}
-2 X u0 p0 c0 {1,S}
-3 H u0 p0 c0 {1,S}
+2 H u0 p0 c0 {1,S}
+3 X u0 p0 c0 {1,S}
 
 NH3
 1 N u0 p1 c0 {2,S} {3,S} {4,S}
@@ -182,17 +163,17 @@ NH3
 
 NO
 multiplicity 2
-1 N u1 p1 c0 {2,D}
-2 O u0 p2 c0 {1,D}
+1 O u0 p2 c0 {2,D}
+2 N u1 p1 c0 {1,D}
 
 NOX
-1 N u0 p1 c0 {2,S} {3,D}
-2 X u0 p0 c0 {1,S}
-3 O u0 p2 c0 {1,D}
+1 O u0 p2 c0 {2,D}
+2 N u0 p1 c0 {1,D} {3,S}
+3 X u0 p0 c0 {2,S}
 
 CO
-1 C u0 p1 c-1 {2,T}
-2 O u0 p1 c+1 {1,T}
+1 O u0 p1 c+1 {2,T}
+2 C u0 p1 c-1 {1,T}
 
 H2O
 1 O u0 p2 c0 {2,S} {3,S}
@@ -206,20 +187,35 @@ H2OX
 4 X u0 p0 c0
 
 CCX
-1 X u0 p0 c0 {2,T}
-2 C u0 p0 c0 {1,T} {3,S}
-3 C u0 p0 c0 {2,S} {4,T}
-4 X u0 p0 c0 {3,T}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,T}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,T}
+3 X u0 p0 c0 {1,T}
+4 X u0 p0 c0 {2,T}
 
 H2
 1 H u0 p0 c0 {2,S}
 2 H u0 p0 c0 {1,S}
 
+CCH2X
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,S} {5,S}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {6,T}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
+4 H u0 p0 c0 {1,S}
+5 X u0 p0 c0 {1,S}
+6 X u0 p0 c0 {2,T}
+
 CHCHX
-1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,D} {5,S}
-2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,D} {6,S}
-3 X u0 p0 c0 {1,D}
-4 X u0 p0 c0 {2,D}
-5 H u0 p0 c0 {1,S}
-6 H u0 p0 c0 {2,S}
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {5,D}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {4,S} {6,D}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
+4 H u0 p0 c0 {2,S}
+5 X u0 p0 c0 {1,D}
+6 X u0 p0 c0 {2,D}
+
+CCHX
+1 C u0 p0 c0 {2,S} {3,S} {4,D}
+2 C u0 p0 c0 {1,S} {5,T}
+3 H u0 p0 c0 {1,S}
+4 X u0 p0 c0 {1,D}
+5 X u0 p0 c0 {2,T}