Skip to content

Tool to create dynamic databases from fasta files for Web Interface

Notifications You must be signed in to change notification settings

ahmedkeceli/BigData_project

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

35 Commits
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

BigData_project

TOOL TO CREATE DYNAMIC DATABASES FROM FASTA FILES FOR WEB INTERFACE

PRÉ-REQUIS

- MYSQL doit être installé et peut être lancé dans le Terminal
- Votre session MYSQL est de la forme : mysql -u root (le mot de passe est vide)

LANCEMENT

Dans un premier temps ouvrir votre Terminal et placez vous dans le répertoire que vous souhaitez. Lancer la commande suivante:

git clone https://github.com/ahmedkeceli/BigData_project.git

Cette commande vous permettra de récupérer l'ensemble du workflow avec tous les scripts permettant de structurer vos données.

Une fois que le téléchargement est terminé, lancer la commande suivante vous permettant de vous rendre dans le répertoire BigData_project:

cd BigData_project

Vous êtes maintenant prêt à créer votre Base de données.

Création de la BD

  • PRÉ-REQUIS
    • Avoir tous vos fichiers .fasta et .txt

Pour créer votre BD, il vous faut entrer la commande suivante

python Scripts/master.py <nom_espèce_à_ajouter> <path/to/file1.FASTA> <path/to/file2.FASTA> ... <path/to/fileN.FASTA>

Par exemple: Créer une Base de donnée spécifique à l'éspèce Botrytis Cinerea

  python Scripts/master.py Botrytis keceli/Desktop/Botrytis/gene.fasta keceli/Desktop/Botrytis/prot.fasta keceli/Desktop/Botrytis/contig.fasta keceli/Desktop/Botrytis/trans.fasta keceli/Desktop/Botrytis/summary_gene.fasta

Visualiser de la BD

Maintenant que vous avez créé votre Base de donnée vous pouvez vous connecter à mysql est observer votre Base de donnée liée à l'espèce.

About

Tool to create dynamic databases from fasta files for Web Interface

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published

Contributors 3

  •  
  •  
  •