v1.4

* Added .xlsx support
* Updated README

.gitignore

@@ -0,0 +1,2 @@
+
+*.pyc

Onix.py

@@ -15,13 +15,9 @@
 import os
 import sys
 import shutil
+from openpyxl import Workbook
 from qt_material import apply_stylesheet
 
-# TODO: Adicionar a opção de importar arquivos .xlsx
-# TODO: Adicionar a opção de exportar o gráfico e os dados do TOMI Index
-# TODO: Adicionar opção de modelo de interpolação
-# TODO: Importar o dado de xlsx e ser possível escolher a página da planilha
-
 # plt.style.use(['ggplot'])
 
 class MainProgramWindow(QMainWindow, Ui_MainWindow):
@@ -40,6 +36,13 @@ def __init__(self):
         self.plotLayout.setSpacing(0)  # Remove spacing
         # Add the FigureCanvasQTAgg object to the layout
         self.plotLayout.addWidget(self.canvas)
+
+        # Hiding the excel sheet options
+        self.xlsxFileRadioButton.toggled.connect(self.show_xlsx_options)
+        # Initializing the state
+        self.sheetTabLabel.hide()
+        self.sheetPageInput.hide()
+
 
         # Set the layout of the parent widget
         self.matplotlib_toolbar = NavigationToolbar2QT(self.canvas)
@@ -119,6 +122,14 @@ def import_file(self):
     def redraw_plot(self):
         self.plot_tomi_index()
 
+    def show_xlsx_options(self):
+        if self.xlsxFileRadioButton.isChecked():
+            self.sheetTabLabel.show()
+            self.sheetPageInput.show()
+        else:
+            self.sheetTabLabel.hide()
+            self.sheetPageInput.hide()
+
     def read_file(self):
         dataframe = pd.DataFrame()
 
@@ -134,34 +145,39 @@ def read_file(self):
             try:
                 dataframe = pd.read_csv(f'uploads/{self.selected_file}',
                                         skiprows=0,
-                                        delimiter=';',
-                                        usecols=(0,1,2,3,4,5,6))
+                                        delimiter=';')
                 return dataframe
             except Exception as e:
                 QMessageBox.critical(self, "Error", f"Um erro ocorreu: {e}")
                 return pd.DataFrame()
 
         elif self.file_type_button_text == '.txt':
             try:
-                dataframe = pd.read_csv(f'uploads/{self.selected_file}',
+                dataframe = pd.read_txt(f'uploads/{self.selected_file}',
                                         skiprows=0,
-                                        delimiter=';',
-                                        usecols=(0,1,2,3,4,5,6))
+                                        delimiter=';')
                 return dataframe
             except Exception as e:
                 QMessageBox.critical(self, "Error", f"Um erro ocorreu: {e}")
                 return pd.DataFrame()
 
         elif self.file_type_button_text == '.xlsx':
-            pass
-
+            sheetTab = self.sheetPageInput.text()
+            try:
+                dataframe = pd.read_excel(f'uploads/{self.selected_file}',
+                                          skiprows=0,
+                                          decimal=',',
+                                          sheet_name=sheetTab)
+                return dataframe
+            except Exception as e:
+                QMessageBox.critical(self, "Error", f"Um erro ocorreu: {e}")
+                return pd.DataFrame()
         else:
             QMessageBox.warning(self, "Error", "Selecione o tipo de arquivo")
             return pd.DataFrame()
 
     def tomi_index_calculation(self):
         dataframe = self.read_file()
-        profundidade = dataframe.iloc[:,0]
         d13C = dataframe.iloc[:,5]
         TOC_TN = dataframe.iloc[:,6]
         self.krigingModel = self.krigingInterpolationModel.currentText()
@@ -264,19 +280,21 @@ def export_data(self):
         dialog = QFileDialog()
         filename, _ = dialog.getSaveFileName(filter="Excel files (*.xlsx)")
 
-        if filename and self.formationName:
+        self.formationCheck = [self.formationName if self.formationName else 'Formação']
+
+        if filename:
             # If a file name is selected, export the dataframe to a .csv file
+            for col in export_dataframe.columns:
+                if export_dataframe[col].dtype == 'float64':
+                    export_dataframe[col] = export_dataframe[col].apply(lambda x: str(x).replace('.', ','))
+
             export_dataframe.to_excel(filename, 
-                                      sheet_name=self.formationName, 
+                                      sheet_name=self.formationCheck[0], 
                                       index=False)
             QMessageBox.information(self, "Exportação de dados",
                                     f"Os dados foram exportados com sucesso para {filename}")
             QMessageBox.information(self, "Delimitação",
                                     f"Lembre-se que os dados foram exportados com '.' ao invés de ','")
-        elif filename and self.formationName == '':
-            export_dataframe.to_excel(filename, 
-                                      sheet_name='Formação', 
-                                      index=False)
 
 def main():
     app = QApplication(sys.argv)

README.md

@@ -1,9 +1,40 @@
-<center>
-    <img src="tomi_icon.png">
-</center>
+<img src="tomi_icon.png">
+
+# Onyx TOMI Plotter
 
-# TOMI Index Plotter
  A plotter for the Terrestrial Organic Matter Input Index
 
 ## Utilização
-Para utilizá-lo, basta baixar e executar o arquivo
+
+Para utilizá-lo, basta baixar e executar o arquivo
+
+## Como usar
+
+Para utilizar o programa:
+
+* Abra o programa executando o arquivo onyx.exe
+* Quando a interface aparecer, no lado esquerdo você encontrará as opções necessárias para plotar o TOMI Index.
+* Você irá encontrar uma caixa de seleção, para você selecionar o arquivo que deseja plotar. Você também pode importar o arquivo. Onyx TOMI Plotter suporta arquivos `.csv`, `.txt` e `.xlsx`.
+* Após selecionar (ou importar) o arquivo, precisará selecionar o tipo de arquivo selecionado (CSV, TXT ou XLSX).
+* **ATENÇÃO**: Atualmente, o programa leva em consideração que o arquivo de entrada possui as colunas na seguinte ordem:
+
+<center>
+
+| Profundidade | TVDSS     | TN% | d15N | TOC% | d13C   | TOC/TN |
+|--------------|-----------|-----|------|------|--------|--------|
+| 1665         | MR - 1665 | --  | --   | --   | -27.20 | 28.43  |
+| 1674         | MR - 1674 | --  | --   | --   | -26.90 | 22.88  |  
+
+</center>
+
+Os valores que realmente importam para o cálculo do TOMI Index são o de d13C e TOC/TN. Se você não tiver esses valores, o programa não conseguirá calcular o TOMI Index. O valor de TVDSS, que as vezes não está na segunda coluna, não é necessário se você tiver o valor de mesa rotativa (TVDSS = MR - Prof. Medida).
+* Você precisará do valor da mesa rotativa para o cálculo do TOMI Index. Se você não tiver, deixar o espaço em branco apenas resultará em um gráfico utilizando a profundidade medida.
+* Se você selecionar um arquivo `.xlsx`, precisará especificar em qual aba do arquivo está o seu arquivo. Se você selecionar um arquivo `.csv` ou `.txt`, o programa irá automaticamente detectar o arquivo. Lembre-se, os dados precisam estar na ordem correta.
+* Após isso, pode clicar em plotar, e o programa irá plotar o TOMI Index. Se quiser configurar o plot (alterar o título, cor da linha e o modelo da interpolação realizada) você pode fazer isso clicando na aba "Config. do plot".
+* Também tem a opção "Editar" na parte de baixo do plot. Lá você pode alterar algumas configurações mais específicas do plot.
+* Na hora de exportar ou salvar, você pode escolher o nome da Formação para nomear a aba da planilha. Se não colocar nada, o nome padrão é "Formação".
+* Se você quiser exportar os dados do TOMI Index, basta clicar em "Exportar dados" e escolher o local onde deseja salvar o arquivo.
+* Se você quiser salvar o plot, basta clicar em "Salvar" e escolher o local onde deseja salvar o arquivo.
+
+## Créditos
+Esse programa foi desenvolvido por André Albano - [GIECAR](http://gcr.sites.uff.br/) 2024

tests.ipynb

@@ -108,6 +108,73 @@
     "plt.xlabel(\"Index (%)\")"
    ]
   },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": null,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": []
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 22,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [
+    {
+     "data": {
+      "text/plain": [
+       "0     1665\n",
+       "1     1674\n",
+       "2     1677\n",
+       "3     1680\n",
+       "4     1683\n",
+       "5     1686\n",
+       "6     1689\n",
+       "7     1692\n",
+       "8     1695\n",
+       "9     1698\n",
+       "10    1701\n",
+       "11    1704\n",
+       "12    1707\n",
+       "13    1710\n",
+       "14    1713\n",
+       "15    1716\n",
+       "16    1719\n",
+       "17    1722\n",
+       "18    1725\n",
+       "19    1728\n",
+       "20    1731\n",
+       "21    1734\n",
+       "22    1737\n",
+       "23    1740\n",
+       "24    1743\n",
+       "25    1746\n",
+       "26    1749\n",
+       "27    1752\n",
+       "28    1755\n",
+       "29    1758\n",
+       "30    1761\n",
+       "31    1764\n",
+       "Name: Profundidade, dtype: int64"
+      ]
+     },
+     "execution_count": 22,
+     "metadata": {},
+     "output_type": "execute_result"
+    }
+   ],
+   "source": [
+    "import pandas as pd\n",
+    "\n",
+    "fmane2 = \"./uploads/@CN_OGX-49.xlsx\"\n",
+    "\n",
+    "longa = pd.read_excel(fmane2,\n",
+    "                      skiprows=0,\n",
+    "                      sheet_name='TUDO')\n",
+    "\n",
+    "longa.iloc[:,0]"
+   ]
+  },
   {
    "cell_type": "code",
    "execution_count": null,

tomiUI.py

@@ -26,7 +26,7 @@ class Ui_MainWindow(object):
     def setupUi(self, MainWindow):
         if not MainWindow.objectName():
             MainWindow.setObjectName(u"MainWindow")
-        MainWindow.resize(936, 877)
+        MainWindow.resize(1101, 888)
         icon = QIcon()
         icon.addFile(u"tomi_icon.png", QSize(), QIcon.Normal, QIcon.Off)
         MainWindow.setWindowIcon(icon)
@@ -103,7 +103,7 @@ def setupUi(self, MainWindow):
         MainWindow.setCentralWidget(self.centralwidget)
         self.menubar = QMenuBar(MainWindow)
         self.menubar.setObjectName(u"menubar")
-        self.menubar.setGeometry(QRect(0, 0, 936, 21))
+        self.menubar.setGeometry(QRect(0, 0, 1101, 21))
         self.menuView = QMenu(self.menubar)
         self.menuView.setObjectName(u"menuView")
         MainWindow.setMenuBar(self.menubar)
@@ -147,18 +147,6 @@ def setupUi(self, MainWindow):
 
         self.importFileBtn = QPushButton(self.groupBox)
         self.importFileBtn.setObjectName(u"importFileBtn")
-        self.importFileBtn.setStyleSheet(u"QPushButton {\n"
-"	border-radius: 5px;\n"
-"	border: 1px solid #ababab;\n"
-"	height: 20px;\n"
-"	background-color: qlineargradient(spread:pad, x1:0.454545, y1:0, x2:0.454545, y2:1, stop:0 rgba(253, 253, 253, 255), stop:1 rgba(239, 239, 239, 255));\n"
-"\n"
-"	\n"
-"}\n"
-"\n"
-"QPushButton:hover {\n"
-"    background: qlineargradient(spread:pad, x1:0.454545, y1:0, x2:0.454545, y2:1, stop:0 rgba(254, 254, 254, 255), stop:1 rgba(248, 248, 248, 255));\n"
-"}")
 
         self.verticalLayout_3.addWidget(self.importFileBtn)
 
@@ -205,6 +193,19 @@ def setupUi(self, MainWindow):
 
         self.verticalLayout_3.addWidget(self.xlsxFileRadioButton, 0, Qt.AlignHCenter)
 
+        self.sheetTabLabel = QLabel(self.groupBox)
+        self.sheetTabLabel.setObjectName(u"sheetTabLabel")
+
+        self.verticalLayout_3.addWidget(self.sheetTabLabel)
+
+        self.sheetPageInput = QLineEdit(self.groupBox)
+        self.sheetPageInput.setObjectName(u"sheetPageInput")
+        self.sheetPageInput.setStyleSheet(u"QLineEdit { \n"
+"	text-align: center; \n"
+"}")
+
+        self.verticalLayout_3.addWidget(self.sheetPageInput)
+
         self.label_11 = QLabel(self.groupBox)
         self.label_11.setObjectName(u"label_11")
 
@@ -217,18 +218,6 @@ def setupUi(self, MainWindow):
 
         self.plotTOMIBtn_2 = QPushButton(self.groupBox)
         self.plotTOMIBtn_2.setObjectName(u"plotTOMIBtn_2")
-        self.plotTOMIBtn_2.setStyleSheet(u"QPushButton {\n"
-"	border-radius: 5px;\n"
-"	border: 1px solid #ababab;\n"
-"	height: 20px;\n"
-"	background-color: qlineargradient(spread:pad, x1:0.454545, y1:0, x2:0.454545, y2:1, stop:0 rgba(253, 253, 253, 255), stop:1 rgba(239, 239, 239, 255));\n"
-"\n"
-"	\n"
-"}\n"
-"\n"
-"QPushButton:hover {\n"
-"    background: qlineargradient(spread:pad, x1:0.454545, y1:0, x2:0.454545, y2:1, stop:0 rgba(254, 254, 254, 255), stop:1 rgba(248, 248, 248, 255));\n"
-"}")
 
         self.verticalLayout_3.addWidget(self.plotTOMIBtn_2)
 
@@ -386,6 +375,7 @@ def retranslateUi(self, MainWindow):
         self.csvFileRadioButton.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u".csv", None))
         self.txtFileRadioButton.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u".txt", None))
         self.xlsxFileRadioButton.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u".xlsx", None))
+        self.sheetTabLabel.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u"<html><head/><body><p align=\"center\"><span style=\" font-size:12pt;\">Aba da Planilha</span></p></body></html>", None))
         self.label_11.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u"<html><head/><body><p align=\"center\"><span style=\" font-size:12pt;\">Mesa Rotativa:</span></p></body></html>", None))
         self.plotTOMIBtn_2.setText(QCoreApplication.translate("MainWindow", u"Plotar", None))
         self.groupBox_2.setTitle(QCoreApplication.translate("MainWindow", u"Exportar", None))