- Réalisé dans le cadre d'un projet d'étude à l'Université de Paris-Saclay
- UE: IBI
- Réalisé par: KAMOUN Alicx, KOMARA Mohamed Ba et LAKHEL Amine
- Sous la supervision de Mme. POUYET Fanny
- 2020-2021
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Lien du projet qu'on a utilisé: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB24932
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Quelques traitements pour le fichier de génome de référence
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Mettre le genome de reference ici
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refGen = "S288C_reference_genome_R64-2-1_20150113/S288C_reference_sequence_R64-2-1_20150113.fsa"
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copier le fichier .fsa et le renommer en .fasta
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refGenFasta = "S288C_reference_genome_R64-2-1_20150113/S288C_reference_sequence_R64-2-1_20150113.fasta"
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Placer le fichier intervals.list dans files/intervals.list
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Installer certains logiciels:
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Installer BioConda avec: curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -
Installer vcfTools avec: sudo apt install vcftools
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Installer java8 avec: sudo apt install openjdk-8-jdk
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Installer gatk avec: conda install -c bioconda gatk4
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Install the other missing like this ##############################################