IBI

• Réalisé dans le cadre d'un projet d'étude à l'Université de Paris-Saclay
• UE: IBI
• Réalisé par: KAMOUN Alicx, KOMARA Mohamed Ba et LAKHEL Amine
• Sous la supervision de Mme. POUYET Fanny
• 2020-2021

A FAIRE Avant de lancer le script:

• Lien du projet qu'on a utilisé: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB24932

• Quelques traitements pour le fichier de génome de référence

• Mettre le genome de reference ici

• refGen = "S288C_reference_genome_R64-2-1_20150113/S288C_reference_sequence_R64-2-1_20150113.fsa"

• copier le fichier .fsa et le renommer en .fasta

• refGenFasta = "S288C_reference_genome_R64-2-1_20150113/S288C_reference_sequence_R64-2-1_20150113.fasta"

• Placer le fichier intervals.list dans files/intervals.list

• Installer certains logiciels:

• Installer BioConda avec: curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

•                       sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  

• Installer vcfTools avec: sudo apt install vcftools

• Installer java8 avec: sudo apt install openjdk-8-jdk

• Installer gatk avec: conda install -c bioconda gatk4

• Install the other missing like this ##############################################