Skip to content

Commit

Permalink
Round coordinates from CCD to 2 decimals
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@padix-key
padix-key committed Oct 26, 2024
1 parent 42ceed3 commit 683fd52
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 18 additions and 16 deletions.
3 changes: 3 additions & 0 deletions setup_ccd.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -100,6 +100,9 @@ def _concatenate_blocks_into_category(pdbx_file, category_name):
data = np.concatenate(data_chunks[col_name])
mask = np.concatenate(mask_chunks[col_name])
data = _into_fitting_type(data, mask)
if "model_Cartn" in col_name:
# Disk space optimization for coordinates: only use 2 decimal places
data = np.round(data, 2)
if np.all(mask == MaskValue.PRESENT):
mask = None
bcif_columns[col_name] = BinaryCIFColumn(data, mask)
Expand Down
6 changes: 3 additions & 3 deletions src/biotite/structure/io/pdbqt/file.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -69,7 +69,7 @@ class PDBQTFile(TextFile):
HET 0 BTN H2 H -0.840 1.580 -1.630
HET 0 BTN H61 H -3.800 1.840 1.290
HET 0 BTN H62 H -3.370 2.740 -0.200
HET 0 BTN H5 H -4.310 0.810 -1.210
HET 0 BTN H5 H -4.310 0.810 -1.200
HET 0 BTN H4 H -2.450 -0.040 -2.250
>>> print(file)
ROOT
Expand All @@ -89,15 +89,15 @@ class PDBQTFile(TextFile):
BRANCH 6 7
HETATM 7 C7 BTN 0 0.200 -0.110 -0.730 1.00 0.00 0.016 C
BRANCH 7 8
HETATM 8 C2 BTN 0 -1.020 0.820 -0.860 1.00 0.00 0.065 C
HETATM 8 C2 BTN 0 -1.010 0.820 -0.860 1.00 0.00 0.065 C
HETATM 9 S1 BTN 0 -1.420 1.600 0.750 1.00 0.00 -0.154 SA
HETATM 10 C6 BTN 0 -3.200 1.830 0.370 1.00 0.00 0.090 C
HETATM 11 C5 BTN 0 -3.530 0.580 -0.480 1.00 0.00 0.091 C
HETATM 12 N1 BTN 0 -3.970 -0.510 0.410 1.00 0.00 -0.239 NA
HETATM 13 C3 BTN 0 -3.140 -1.550 0.270 1.00 0.00 0.272 C
HETATM 14 O3 BTN 0 -3.270 -2.590 0.890 1.00 0.00 -0.259 OA
HETATM 15 N2 BTN 0 -2.150 -1.340 -0.610 1.00 0.00 -0.239 NA
HETATM 16 C4 BTN 0 -2.290 0.010 -1.170 1.00 0.00 0.093 C
HETATM 16 C4 BTN 0 -2.290 0.010 -1.180 1.00 0.00 0.093 C
HETATM 18 HN1 BTN 0 -4.740 -0.470 1.000 1.00 0.00 0.132 HD
HETATM 19 HN2 BTN 0 -1.460 -1.980 -0.840 1.00 0.00 0.132 HD
ENDBRANCH 7 8
Expand Down
25 changes: 12 additions & 13 deletions src/biotite/structure/molecules.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -75,7 +75,7 @@ def get_molecule_indices(array):
HET 0 ATP O1A O -2.100 0.140 -2.670
HET 0 ATP O2A O -0.120 1.550 -1.960
HET 0 ATP O3A O 0.200 -0.840 -3.000
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.730
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.720
HET 0 ATP HOG3 H -0.620 -1.050 -7.520
HET 0 ATP HOB2 H -1.550 -0.950 -5.130
HET 0 ATP HOA2 H 0.750 1.460 -1.560
Expand All @@ -89,7 +89,7 @@ def get_molecule_indices(array):
HET 0 ATP C2' C -2.010 0.560 3.860
HET 0 ATP O2' O -2.930 0.040 4.830
HET 0 ATP C1' C -0.830 -0.420 3.650
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.430
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.420
HET 0 ATP C8 C 1.300 0.880 4.010
HET 0 ATP N7 N 2.180 1.040 4.960
HET 0 ATP C5 C 1.830 0.300 6.030
Expand All @@ -103,13 +103,13 @@ def get_molecule_indices(array):
HET 0 ATP H5'2 H -1.260 1.260 0.220
HET 0 ATP H4' H -2.280 -1.300 1.550
HET 0 ATP H3' H -2.650 1.650 2.080
HET 0 ATP HO3' H -4.520 0.790 3.090
HET 0 ATP HO3' H -4.510 0.790 3.090
HET 0 ATP H2' H -1.650 1.540 4.160
HET 0 ATP HO2' H -3.670 0.660 4.870
HET 0 ATP H1' H -1.120 -1.430 3.930
HET 0 ATP H8 H 1.330 1.360 3.040
HET 0 ATP HN61 H 3.940 0.550 8.560
HET 0 ATP HN62 H 4.020 1.300 7.060
HET 0 ATP HN62 H 4.010 1.300 7.060
HET 0 ATP H2 H 0.170 -2.010 8.490
"""
if isinstance(array, BondList):
Expand Down Expand Up @@ -193,7 +193,7 @@ def get_molecule_masks(array):
HET 0 ATP O1A O -2.100 0.140 -2.670
HET 0 ATP O2A O -0.120 1.550 -1.960
HET 0 ATP O3A O 0.200 -0.840 -3.000
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.730
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.720
HET 0 ATP HOG3 H -0.620 -1.050 -7.520
HET 0 ATP HOB2 H -1.550 -0.950 -5.130
HET 0 ATP HOA2 H 0.750 1.460 -1.560
Expand All @@ -207,7 +207,7 @@ def get_molecule_masks(array):
HET 0 ATP C2' C -2.010 0.560 3.860
HET 0 ATP O2' O -2.930 0.040 4.830
HET 0 ATP C1' C -0.830 -0.420 3.650
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.430
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.420
HET 0 ATP C8 C 1.300 0.880 4.010
HET 0 ATP N7 N 2.180 1.040 4.960
HET 0 ATP C5 C 1.830 0.300 6.030
Expand All @@ -221,13 +221,13 @@ def get_molecule_masks(array):
HET 0 ATP H5'2 H -1.260 1.260 0.220
HET 0 ATP H4' H -2.280 -1.300 1.550
HET 0 ATP H3' H -2.650 1.650 2.080
HET 0 ATP HO3' H -4.520 0.790 3.090
HET 0 ATP HO3' H -4.510 0.790 3.090
HET 0 ATP H2' H -1.650 1.540 4.160
HET 0 ATP HO2' H -3.670 0.660 4.870
HET 0 ATP H1' H -1.120 -1.430 3.930
HET 0 ATP H8 H 1.330 1.360 3.040
HET 0 ATP HN61 H 3.940 0.550 8.560
HET 0 ATP HN62 H 4.020 1.300 7.060
HET 0 ATP HN62 H 4.010 1.300 7.060
HET 0 ATP H2 H 0.170 -2.010 8.490
"""
if isinstance(array, BondList):
Expand Down Expand Up @@ -300,7 +300,7 @@ def molecule_iter(array):
HET 0 ATP O1A O -2.100 0.140 -2.670
HET 0 ATP O2A O -0.120 1.550 -1.960
HET 0 ATP O3A O 0.200 -0.840 -3.000
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.730
HET 0 ATP HOG2 H 2.100 -0.550 -8.720
HET 0 ATP HOG3 H -0.620 -1.050 -7.520
HET 0 ATP HOB2 H -1.550 -0.950 -5.130
HET 0 ATP HOA2 H 0.750 1.460 -1.560
Expand All @@ -315,7 +315,7 @@ def molecule_iter(array):
HET 0 ATP C2' C -2.010 0.560 3.860
HET 0 ATP O2' O -2.930 0.040 4.830
HET 0 ATP C1' C -0.830 -0.420 3.650
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.430
HET 0 ATP N9 N 0.330 0.020 4.420
HET 0 ATP C8 C 1.300 0.880 4.010
HET 0 ATP N7 N 2.180 1.040 4.960
HET 0 ATP C5 C 1.830 0.300 6.030
Expand All @@ -329,15 +329,14 @@ def molecule_iter(array):
HET 0 ATP H5'2 H -1.260 1.260 0.220
HET 0 ATP H4' H -2.280 -1.300 1.550
HET 0 ATP H3' H -2.650 1.650 2.080
HET 0 ATP HO3' H -4.520 0.790 3.090
HET 0 ATP HO3' H -4.510 0.790 3.090
HET 0 ATP H2' H -1.650 1.540 4.160
HET 0 ATP HO2' H -3.670 0.660 4.870
HET 0 ATP H1' H -1.120 -1.430 3.930
HET 0 ATP H8 H 1.330 1.360 3.040
HET 0 ATP HN61 H 3.940 0.550 8.560
HET 0 ATP HN62 H 4.020 1.300 7.060
HET 0 ATP HN62 H 4.010 1.300 7.060
HET 0 ATP H2 H 0.170 -2.010 8.490
<BLANKLINE>
"""
if array.bonds is None:
raise ValueError("An associated BondList is required")
Expand Down

0 comments on commit 683fd52

Please sign in to comment.