添加biblatex导出和zotero 原生引用文献导出功能，增加zotero内文献搜索功能

[cloneorcopy]

利用AI（GLM5.2）增加了添加biblatex导出和zotero 原生引用文献导出功能，增加zotero内文献搜索功能。biblatex导出依赖于zotero-better-bibtex库json-rpc功能；zotero内文献搜索功能则是复刻了Zotseek库的界面（个人认为比默认搜索在查找片段时很有用，此功能仅利用了zotero MCP的语义数据库进行实现，无外部依赖），作者可以选用接受。

[cloneorcopy]

搜索功能

[jingkaimori]

addon/content/searchDialog.xhtml 是不是没推送到你的在线分支？我拉取下来发现新界面无法展示

这个文件在gitignore里被忽略，需要手工强制添加

[cloneorcopy]

@cookjohn 此前搜索界面无法显示的原因：.gitignore 中的 zotero-mcp-plugin/addon/ 规则会静默忽略该目录下的新增文件，导致 searchDialog.xhtml、searchDialog.css 及图标文件一直未被提交。已在 c616d62 删除该规则并补齐全部缺失文件，PR 现已完整，欢迎审阅。

[cookjohn]

感谢 @cloneorcopy 的大量工作，也感谢用中文详细说明了设计取舍。先说最有价值的一点：.gitignore 里 zotero-mcp-plugin/addon/ 规则确实是仓库的真实 bug（已跟踪文件不受影响，但 addon/ 下新增文件会被静默忽略——你的 searchDialog.xhtml 缺失六周就是它造成的），这个一行修复已单独摘出合入 main（728c645）并注明出处。

这个 PR 目前混合了至少五块独立内容（BBT 导出三工具、sync_bib/cite 文件写入、语义搜索对话框、外部工具注册 API、版本号与日志杂项），无法整体审阅合并，需要拆分。具体审阅意见：

必须回退：package.json 1.5.0→1.5.2、update.json 新增的 v1.5.1 条目（该 release 并不存在，update.json 由发布流程生成）、package-lock 的 1.4.8（与 1.5.2 也不一致）、README 版本徽章。版本号与发布统一由维护者处理。

已确认的 bug（get_citation）：mode: 'citation' 时代码构造 citation=<styleID> 传给 Zotero.QuickCopy.getContentFromItems，但 Zotero 的 unserializeSetting 正则只识别 (bibliography|export) 前缀，解析失败后 format.mode 为 undefined，直接抛 "Invalid mode"。正确做法是始终用 bibliography= 前缀，并靠第 4 个参数（你已经传的 asCitations）切换文内引用。另外该函数第 3 个参数是 callback 而不是 libraryID，请不要把 lib 传进去；默认 Quick Copy 为 bibliography/html=STYLE 时 split("=")[0] 会误判为非引文格式而退回 APA，也请一并处理。

安全（sync_bib / cite）：这两个工具用 IOUtils.writeUTF8 直接写任意调用方指定的路径，且完全不受 write.enabled 或任何开关约束（tools/list 过滤只覆盖 write_* 工具）——在未认证的本地 HTTP 服务上暴露任意文件写入，和我们在 #83/#85 对 inject_citations 的要求相悖。需要：默认关闭的独立开关（关闭时从 tools/list 隐藏、tools/call 拒绝）、路径校验（绝对路径/扩展名）、覆盖保护；cite 会改写用户的 .tex/.md 草稿，风险更高。另外 sync_bib 整库导出走单次 BBT JSON-RPC，bbtRpc 固定 30s 超时，大库必超时，建议分批或可配置。

语义搜索对话框：这不与 MCP 的 search_library/semantic_search 重复（是 Zotero 内的 UI，复用现有向量库），我们欢迎这个方向。需要修改：ZotSeek 是 MIT 协议，界面复刻和 zotseek-favicon 图标请在文件头和 README 保留版权归属；chrome://zotero-mcp-plugin/... 请改用 addon 模板的 __addonRef__ 占位符（src 侧用 config.addonRef），这正是 #65 出过的模板展开问题；工具栏按钮/右键菜单目前无条件注册，语义搜索未启用时应隐藏或给出引导；addon.ftl 新增的 menu-find-similar 等 key 实际没接上（代码里硬编码了英文 'Find Similar Documents' / 'SS'）；locateItem 用了同步 getByLibraryAndKey 且只查用户库。

外部工具注册 API：允许任意插件向 MCP 注入 AI 可调用工具是一个重要的公共 API 与安全面决策，请单独提 PR 专门审（顺带：BUILTIN_TOOL_NAMES 漏了 sync_bib/cite）。

建议拆分：① BBT 导出三工具（修掉 citation bug 后很接近可合，正好回应 #38）；② sync_bib/cite（补安全门槛）；③ 搜索对话框；④ 注册 API。httpServer/preferenceScript 的日志与轮询修复没问题，随任一拆分 PR 携带即可。期待拆分后的版本！

[cookjohn]

@cloneorcopy @Yyu-ang 感谢 9 月 5 日这批跟进——看到了几处切实采纳的修改：本地引用文件写入加了安全守卫（citationFileSafety）、保留了工具名、对话框的悬停/滚动与 ZotSeek 对齐、删掉了临时 CI 工作流，还补了不少测试。这些方向都对。

不过有两点想确认：

1. #107 为什么关闭了？ 那个 PR（只读的 export_bibliography / get_citation / list_citation_styles + Quick Copy citation 模式修复 + 回归测试）正是我们要求的拆分件 ①，而且已经非常接近可合——它能直接回应 #38 的需求。如果是想把改动先集中到 #92 再拆，可以理解；但如果是打算放弃拆分、整体合并 #92，那这条路走不通：#92 现在 37 个文件，仍然捆绑四块独立内容（引用导出、文件写入工具、语义搜索对话框、外部工具注册 API），我们无法对这个体量做出可靠的整体审阅和合并决策。

2. 拆分仍是硬要求，这与代码质量无关，而是每一块的风险等级和审阅深度完全不同：

• 只读导出三工具——低风险，重开 feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #107（rebase 到 main）我们可以很快合；
• 文件写入工具（sync_bib / cite）——需要单独审安全门槛和路径校验，你们新加的守卫正好放这里；
• 语义搜索对话框——UI 与许可归属（ZotSeek MIT 署名）的审阅；
• 外部工具注册 API——公共 API 与安全面的独立讨论。

另外几项之前提过的仍在 diff 里：package.json / update.json / README 徽章的版本号变更（发布由维护者统一处理，请回退）、以及分支目前与 main 有冲突（我们这几周合了 #101/#102/#103/#77 等）。

建议的下一步：先重开或新开拆分件 ①（基于当前 main），我们优先审；其余三块各自独立提 PR，可以引用本 PR 的讨论。这样每一块都能尽快落地，比整体卡在这里强。再次感谢你们的投入。

[Yyu-ang]

Thank you for the detailed review and for clarifying how this work should be split.

I have reorganized #92 accordingly. I used GPT-5.6 Sol in ChatGPT to assist with code review, diff inspection, rebasing, and checking the implementation against the review comments. The final branches and PRs are submitted under my account, and I remain responsible for the changes.

The work is now split into:

1. Read-only citation/export — export_bibliography, get_citation, list_citation_styles
   Submitted separately as feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #111, replacing the closed feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #107. The Quick Copy issues from the review were addressed, and the full test suite/build pass.

2. sync_bib / cite
   Kept separate because these tools write local files. This part includes a default-off toggle, path/extension validation, overwrite protection, and timeout handling. I will submit it after feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #111 is merged so the PR contains only this delta.

3. Semantic Search Dialog
   Split into its own branch, with ZotSeek MIT attribution, localization, semantic-disabled UI hiding, group-library lookup, scrolling, and hover-result behavior preserved.

4. External Tool Registration API
   Split independently, with reserved built-in tool names including sync_bib and cite. Tests and production build pass.

Unrelated version/release changes and the already-fixed .gitignore issue are excluded.

Thank you again for the guidance. The split makes each change much easier to review.

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感谢您之前详细的审查意见和拆分建议。

我已经重新整理了 #92，并使用 ChatGPT 中的 GPT-5.6 Sol 辅助进行代码审查、diff 检查、rebase 和 review comments 对照。最终分支和 PR 均由我的账户提交，相关改动由我本人负责。

目前拆分如下：

1. 只读引用/导出功能：export_bibliography、get_citation、list_citation_styles
   已作为 feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #111 单独提交，用于替代关闭的 feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #107。Quick Copy 相关问题已经修正，完整测试和 build 均通过。

2. sync_bib / cite
   因为涉及本地文件写入，继续单独拆分，包含默认关闭开关、路径/扩展名校验、覆盖保护和 timeout。计划在 feat(citation): add bibliography export and CSL citation tools #111 合并后再提交，避免重复包含 citation/export 的 diff。

3. Semantic Search Dialog
   已独立拆分，保留 ZotSeek MIT attribution、本地化、semantic 关闭时隐藏 UI、group library 定位、滚动和 hover 结果展示等行为。

4. External Tool Registration API
   已独立拆分，并保留包括 sync_bib、cite 在内的内置工具名保护。测试和 production build 均通过。

无关的版本/发布修改以及已经单独修复的 .gitignore 问题均未包含在这些拆分中。

再次感谢您的建议，这样拆分后每部分都更容易独立审核。