routine-command

常用linux命令
查看当前登录用户：w
查看显卡使用情况：nvidia-smi
指定显卡：CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python your_file.py
挂起进程：nohup /root/start.sh > output.txt &
挂起进程训练模型：CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 nohup python networkTraining.py Config.ini 0 > ./training_results/1_19_training.txt &
利用训练好的权重分割: CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 nohup python networkSegmentation.py FCN_Segmentation.ini /home/haorui/plaque/FCN3D/outputFiles/FCN_Test_Fold_1_16_1/Networks/FCN_Epoch36 > ./segmenting_results/1_16_testing_add.txt &
查看当前目录下的文件及其容量 du -sh

nii图片处理

python

import nibabel as nib
import numpy as np
np.shape(ni.load('file.nii').get_data())--> result: (320,320,240) from 'dengyixin.nii'
oriImage = nib.load('file.nii')
gtImage = nib.load('gt_file.nii')
changedGtImage = nib.Nifti1Image(gtImage.get_data(), orgImage.affine)
nib.save(changedGtImage,'gt_file_changed.nii')

matlab

导入NIfTI_20140122包
imagePath = 'D:\plaque\code\Training_data_p\imagesFolder';
gtPath = 'D:\plaque\code\Training_data_p\GroundTruthFolder';
imageName = [imagePath, 'mahanquan.nii']
gtName = [gtPath, 'mahanquanp.nii']
gtImage = load_untouch_nii(gtName);
gtData = gtImage.img;
gtData = gtData(:,end:-1:1,:);
% gtData = gtData(:,:,end:-1:1);
changeGt = make_nii(gtData, [], [], 4);
% 第二个参数是voxel_size， 不填默认是[1 1 1]， 导致最后保存的图片的affine固定
save_nii(changeGt, [gtPath, 'mahanquanp-change.nii']);

低通滤波器: fs=8000;
[b, a]=butter(2,400/(fs/2));
[h,f]=freqz(b,a,512,fs);
频域分析：

basic operation

查看隐藏文件：ls -la
创建文件：touch file 修改文件：echo "test" >> file 查看文件夹大小：du -h 路径 从服务器下载整个目录： scp -r username@servername:/var/www/remote_dir/（远程目录） /var/www/local_dir（本地目录）
上传目录到服务器: scp -r local_dir username@servername:remote_dir
删除文件夹： rm -rf dir (-r recursive -f直接强制删除不作提示)

matlab command

set(gcf,'position',[200,200,500,400]); 一张图片最佳宽为500，高为400 findstr('.nii',fileprefix) 找到'.nii'在fileprefix中的第一个索引值
bwperim函数能把二值化图像的轮廓找出来

git command

Git初始化： $ git config --global user.name "Scott Chacon" $ git config --global user.email "[email protected]" 初始化新仓库
mkdir project
cd project
git init
查看git仓库状态
git status
把文件加入缓存区
git add file
使用git commit 提交修改, 文件会被提交到本地仓库
git commit -m "add file"--> -m添加comment

Anaconda

conda install -c conda-forge louvain