Test Repository for Binder with R 4.2.2

『私たちのR: ベストプラクティスの探求』の学習に必要なパッケージのみ事前インストールしたまっさらなR環境

Rの使い方

• 宋財泫・矢内勇生『私たちのR: ベストプラクティスの探求』(Web-book): https://www.jaysong.net/RBook/
• 関西大学総合情報学部「ミクロ/マクロ政治データ分析実習」のサポートページ: https://www.jaysong.net/r4ps/

動作環境

$ echo $BASH_VERSION
4.4.20(1)-release

$ cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=18.04
DISTRIB_CODENAME=bionic
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 18.04.6 LTS"

$ gcc --version
gcc (Ubuntu 7.5.0-3ubuntu1~18.04) 7.5.0
Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

$ R --version
R version 4.2.2 (2022-10-31) -- "Innocent and Trusting"

$ rstudio-server version
2022.12.0+353 (Elsbeth Geranium) for Ubuntu Bionic

備忘録

初期設定時

• 最上位branch名に注意。Binderのデフォルトはmasterだが、mainならbranch名にmainと指定
• 分析環境から初期ファイル（apt.txtやenvironment.yml）などを削除したい場合はpostBuildファイル内で指定

日本語作図

RStudio上で表示は問題ない。ただし、PDFで書き出す際、フォントの埋め込みが必要なのでdeviceをCairoに指定。

• Plot Paneからの操作だとCairo利用にチェック
• ggsave()を利用するならdevice = cairo_pdfを指定

pacman::p_load(tidyverse)

tibble(x = rnorm(10), y = rnorm(10)) %>%
  ggplot(aes(x = x, y = y)) +
  geom_point() +
  labs(x = "横軸", y = "縦軸")

ggsave(filename = "Test.pdf", plot = last_plot(), device = cairo_pdf, height = 5, width = 5)

PNG出力なら{ragg}で一発解決

• デバイス（dev）はragg::agg_png、解像度（dpi）は300以上にしておけば、印刷しても綺麗な図ができる。むろん、文字化けの心配もない。

ggsave(..., dev = ragg::agg_png, dpi = 300, ...)

プロジェクトを開く

• Jupyter hubから.Rprojを選択しても開かれないため、RStudioを起動し、File > Open Project...で開く必要がある。

参考

• Specifying an R environment with a runtime.txt file
• From Zero to Binder in R!
• r-conda
  • こっちの方がDockerイメージ生成が速いらしい
• オンライン分析システム（実証実験）
  • 初期設定 (学認)
  • Jupyter hub (学認)