Skip to content

Commit

Permalink
Lead field matrix (#249)
Browse files Browse the repository at this point in the history
* add AAL2 atlas data files

* add lead-field matrix function script
  • Loading branch information
Wirkungstreffer committed Apr 2, 2024
1 parent ec2434e commit c971c32
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 750 additions and 0 deletions.
Binary file added examples/data/AAL2_atlas_data/AAL2.nii
Binary file not shown.
137 changes: 137 additions & 0 deletions examples/data/AAL2_atlas_data/AAL2.xml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,137 @@
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<atlas version="2.0">
<header>
<name>aal2</name>
<version>1.0</version>
<description>ROI_MNI_V5</description>
<url></url>
<licence></licence>
<coordinate_system>MNI</coordinate_system>
<type>Label</type>
<images>
<imagefile>AAL2.nii</imagefile>
</images>
</header>
<data>
<label><index>2001</index><name>Precentral_L</name></label>
<label><index>2002</index><name>Precentral_R</name></label>
<label><index>2101</index><name>Frontal_Sup_2_L</name></label>
<label><index>2102</index><name>Frontal_Sup_2_R</name></label>
<label><index>2201</index><name>Frontal_Mid_2_L</name></label>
<label><index>2202</index><name>Frontal_Mid_2_R</name></label>
<label><index>2301</index><name>Frontal_Inf_Oper_L</name></label>
<label><index>2302</index><name>Frontal_Inf_Oper_R</name></label>
<label><index>2311</index><name>Frontal_Inf_Tri_L</name></label>
<label><index>2312</index><name>Frontal_Inf_Tri_R</name></label>
<label><index>2321</index><name>Frontal_Inf_Orb_2_L</name></label>
<label><index>2322</index><name>Frontal_Inf_Orb_2_R</name></label>
<label><index>2331</index><name>Rolandic_Oper_L</name></label>
<label><index>2332</index><name>Rolandic_Oper_R</name></label>
<label><index>2401</index><name>Supp_Motor_Area_L</name></label>
<label><index>2402</index><name>Supp_Motor_Area_R</name></label>
<label><index>2501</index><name>Olfactory_L</name></label>
<label><index>2502</index><name>Olfactory_R</name></label>
<label><index>2601</index><name>Frontal_Sup_Medial_L</name></label>
<label><index>2602</index><name>Frontal_Sup_Medial_R</name></label>
<label><index>2611</index><name>Frontal_Med_Orb_L</name></label>
<label><index>2612</index><name>Frontal_Med_Orb_R</name></label>
<label><index>2701</index><name>Rectus_L</name></label>
<label><index>2702</index><name>Rectus_R</name></label>
<label><index>2801</index><name>OFCmed_L</name></label>
<label><index>2802</index><name>OFCmed_R</name></label>
<label><index>2811</index><name>OFCant_L</name></label>
<label><index>2812</index><name>OFCant_R</name></label>
<label><index>2821</index><name>OFCpost_L</name></label>
<label><index>2822</index><name>OFCpost_R</name></label>
<label><index>2831</index><name>OFClat_L</name></label>
<label><index>2832</index><name>OFClat_R</name></label>
<label><index>3001</index><name>Insula_L</name></label>
<label><index>3002</index><name>Insula_R</name></label>
<label><index>4001</index><name>Cingulate_Ant_L</name></label>
<label><index>4002</index><name>Cingulate_Ant_R</name></label>
<label><index>4011</index><name>Cingulate_Mid_L</name></label>
<label><index>4012</index><name>Cingulate_Mid_R</name></label>
<label><index>4021</index><name>Cingulate_Post_L</name></label>
<label><index>4022</index><name>Cingulate_Post_R</name></label>
<label><index>4101</index><name>Hippocampus_L</name></label>
<label><index>4102</index><name>Hippocampus_R</name></label>
<label><index>4111</index><name>ParaHippocampal_L</name></label>
<label><index>4112</index><name>ParaHippocampal_R</name></label>
<label><index>4201</index><name>Amygdala_L</name></label>
<label><index>4202</index><name>Amygdala_R</name></label>
<label><index>5001</index><name>Calcarine_L</name></label>
<label><index>5002</index><name>Calcarine_R</name></label>
<label><index>5011</index><name>Cuneus_L</name></label>
<label><index>5012</index><name>Cuneus_R</name></label>
<label><index>5021</index><name>Lingual_L</name></label>
<label><index>5022</index><name>Lingual_R</name></label>
<label><index>5101</index><name>Occipital_Sup_L</name></label>
<label><index>5102</index><name>Occipital_Sup_R</name></label>
<label><index>5201</index><name>Occipital_Mid_L</name></label>
<label><index>5202</index><name>Occipital_Mid_R</name></label>
<label><index>5301</index><name>Occipital_Inf_L</name></label>
<label><index>5302</index><name>Occipital_Inf_R</name></label>
<label><index>5401</index><name>Fusiform_L</name></label>
<label><index>5402</index><name>Fusiform_R</name></label>
<label><index>6001</index><name>Postcentral_L</name></label>
<label><index>6002</index><name>Postcentral_R</name></label>
<label><index>6101</index><name>Parietal_Sup_L</name></label>
<label><index>6102</index><name>Parietal_Sup_R</name></label>
<label><index>6201</index><name>Parietal_Inf_L</name></label>
<label><index>6202</index><name>Parietal_Inf_R</name></label>
<label><index>6211</index><name>SupraMarginal_L</name></label>
<label><index>6212</index><name>SupraMarginal_R</name></label>
<label><index>6221</index><name>Angular_L</name></label>
<label><index>6222</index><name>Angular_R</name></label>
<label><index>6301</index><name>Precuneus_L</name></label>
<label><index>6302</index><name>Precuneus_R</name></label>
<label><index>6401</index><name>Paracentral_Lobule_L</name></label>
<label><index>6402</index><name>Paracentral_Lobule_R</name></label>
<label><index>7001</index><name>Caudate_L</name></label>
<label><index>7002</index><name>Caudate_R</name></label>
<label><index>7011</index><name>Putamen_L</name></label>
<label><index>7012</index><name>Putamen_R</name></label>
<label><index>7021</index><name>Pallidum_L</name></label>
<label><index>7022</index><name>Pallidum_R</name></label>
<label><index>7101</index><name>Thalamus_L</name></label>
<label><index>7102</index><name>Thalamus_R</name></label>
<label><index>8101</index><name>Heschl_L</name></label>
<label><index>8102</index><name>Heschl_R</name></label>
<label><index>8111</index><name>Temporal_Sup_L</name></label>
<label><index>8112</index><name>Temporal_Sup_R</name></label>
<label><index>8121</index><name>Temporal_Pole_Sup_L</name></label>
<label><index>8122</index><name>Temporal_Pole_Sup_R</name></label>
<label><index>8201</index><name>Temporal_Mid_L</name></label>
<label><index>8202</index><name>Temporal_Mid_R</name></label>
<label><index>8211</index><name>Temporal_Pole_Mid_L</name></label>
<label><index>8212</index><name>Temporal_Pole_Mid_R</name></label>
<label><index>8301</index><name>Temporal_Inf_L</name></label>
<label><index>8302</index><name>Temporal_Inf_R</name></label>
<label><index>9001</index><name>Cerebelum_Crus1_L</name></label>
<label><index>9002</index><name>Cerebelum_Crus1_R</name></label>
<label><index>9011</index><name>Cerebelum_Crus2_L</name></label>
<label><index>9012</index><name>Cerebelum_Crus2_R</name></label>
<label><index>9021</index><name>Cerebelum_3_L</name></label>
<label><index>9022</index><name>Cerebelum_3_R</name></label>
<label><index>9031</index><name>Cerebelum_4_5_L</name></label>
<label><index>9032</index><name>Cerebelum_4_5_R</name></label>
<label><index>9041</index><name>Cerebelum_6_L</name></label>
<label><index>9042</index><name>Cerebelum_6_R</name></label>
<label><index>9051</index><name>Cerebelum_7b_L</name></label>
<label><index>9052</index><name>Cerebelum_7b_R</name></label>
<label><index>9061</index><name>Cerebelum_8_L</name></label>
<label><index>9062</index><name>Cerebelum_8_R</name></label>
<label><index>9071</index><name>Cerebelum_9_L</name></label>
<label><index>9072</index><name>Cerebelum_9_R</name></label>
<label><index>9081</index><name>Cerebelum_10_L</name></label>
<label><index>9082</index><name>Cerebelum_10_R</name></label>
<label><index>9100</index><name>Vermis_1_2</name></label>
<label><index>9110</index><name>Vermis_3</name></label>
<label><index>9120</index><name>Vermis_4_5</name></label>
<label><index>9130</index><name>Vermis_6</name></label>
<label><index>9140</index><name>Vermis_7</name></label>
<label><index>9150</index><name>Vermis_8</name></label>
<label><index>9160</index><name>Vermis_9</name></label>
<label><index>9170</index><name>Vermis_10</name></label>
</data>
</atlas>
Loading

0 comments on commit c971c32

Please sign in to comment.