Issue 1 - Hill fitting 폴더에 포함된 IC50_mcmc.R 코드경로 및 컴파일 에러

[shanmdphd]

Issue 1 - Hill fitting 폴더에 포함된 IC50_mcmc.R 코드경로 및 컴파일 에러

1. 데이터 경로 설정 문제

# read in patch clamp data
datadf<-read.csv(datafile)
datadf<-datadf[datadf$drug==drug,]
datadf<-datadf[with(datadf,order(drug,conc,channel)),]

2. IC50_mcmc.R을 컴파일을 한 후 발생하는 에러

[Error example 1]
-에러와 관련된 R 코드 부분

#--- required argument
if(is.null(args$drug)) stop("Missing drug argument!")
drug<-args$drug

   - 컴파일 결과
   > #--- required argument
   > if(is.null(args$drug)) stop("Missing drug argument!")
      에러: Missing drug argument!
    > drug<-args$drug

[Error example 2]
-에러와 관련된 R 코드 부분

# save samples to table
drugdir<-sprintf("results/%s/",drug)
system(paste0("mkdir -p ",drugdir))

   -컴파일 결과 발생하는 에러
   > # save samples to table
   > drugdir<-sprintf("results/%s/",drug)
   > system(paste0("mkdir -p ",drugdir))
     /Rtools/bin/mkdir: missing operand
   Try '/Rtools/bin/mkdir --help' for more information.
   [1] 1

문의사항

1. 데이터 경로 설정 문제 :
   • datadf<-read.csv(datafile)라고 나타내고 있지만, datafile 경로에 어떤 파일을 포함해야 하는지 모르겠습니다. 명확한 파일명을 알려주셨으면 합니다.
2. IC50_mcmc.R을 컴파일을 한 후 발생하는 에러 문제:
   • 위에서 언급한 '2. [Error example 1]과 [Error example 2]' 부분과 관련한 에러는 read.csv(datafile)에 명확한 데이터 경로를 제시하지 않아 발생한 에러인 것 같습니다. 만약 문제가 다른 원인에 있다면, 해결방법을 알려주시기를 부탁드립니다.

Originally posted by @platanus-study in #1 (comment)

[shanmdphd]

@platanus-study 선생님,
질문 올려주셔서 감사합니다. #1 의 댓글로 달려져 있어 새로 이슈를 생성하였습니다.

https://github.com/FDA/CiPA/blob/master/Hill_fitting/README.md 를 읽어보십시오. 또한 https://github.com/FDA/CiPA/blob/master/Hill_fitting/run_IC50_mcmc.sh 파일의 16번 줄의 코드가 힌트가 될 수 있습니다. 즉 R 파일을 자체로 실행하는게 아니라 shell (cmd)에서 Rscript 를 사용해서 실행되게 되어 있습니다. 이는 CiPA의 모든 R 파일이 공통적으로 갖고 있는 방식입니다. R파일은 shell에서 몇가지 argument를 가져야만 온전히 실행가능합니다.

답변: Rstudio terminal 에서 다음과 같이 실행해보세요.

mkdir logfiles
Rscript IC50_mcmc.R -d cisapride > logfiles/cisapride

위 코드의 의미는 "1) logfiles 이름의 하위 디렉토리를 만들고, 2) -d argument로 cisapride를 입력하여 IC50_mcmc.R를 실행한 뒤 중간에 나오는 출력물을 logfiles/cisapride에 저장하라" 는 의미입니다. 코드 실행 후 logfiles 디렉토리를 열면 cisapride 파일이 생성되어 있습니다. 내용은 아래와 같습니다.

cisapride의 농도별, 채널별 block data는 어디서 가져오는건지 의문이 들 수 있는데,
data/drug_block.csv 에서 가져오게 됩니다. 만일 자신이 실험한 값을 쓰고자 한다면 유사한 형태의 파일을 만들고 -f argument를 사용해 경로를 지정해 줍니다.

R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Korean_Korea.949  LC_CTYPE=Korean_Korea.949   
[3] LC_MONETARY=Korean_Korea.949 LC_NUMERIC=C                
[5] LC_TIME=Korean_Korea.949    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] FME_1.3.6.1     coda_0.19-3     rootSolve_1.8.2 deSolve_1.28   
[5] optparse_1.6.6 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] minqa_1.2.4      MASS_7.3-51.5    compiler_3.6.3   Rcpp_1.0.4.6    
[5] getopt_1.20.3    grid_3.6.3       minpack.lm_1.2-1 lattice_0.20-41 
[1] 0
[1] 0
[1] "cisapride, hERG channel"

Parameters:
          Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
log10IC50  1.05205    0.08415  12.502 6.57e-11 ***
h          0.62098    0.07511   8.267 6.99e-08 ***
---
Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1

Residual standard error: 10.2 on 20 degrees of freedom

Parameter correlation:
          log10IC50        h
log10IC50   1.00000 -0.07151
h          -0.07151  1.00000
number of accepted runs: 25663 out of 30000 (85.54333%) 
      log10IC50          h var_model
mean 1.04936356 0.64013792 104.32230
sd   0.08813762 0.08744411  23.77717
min  0.73322649 0.40996348  53.04595
max  1.34196241 1.20270017 202.43168
q025 0.99050839 0.57973714  87.64366
q050 1.04523909 0.63118630 100.92294
q075 1.10754379 0.69063019 117.26204
[1] "cisapride, ICaL channel"

Parameters:
          Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
log10IC50   6.9669     6.2700   1.111    0.293
h           0.4261     0.5191   0.821    0.431

Residual standard error: 0.9055 on 10 degrees of freedom

Parameter correlation:
          log10IC50       h
log10IC50    1.0000 -0.9962
h           -0.9962  1.0000
number of accepted runs: 15082 out of 30000 (50.27333%) 
     log10IC50        h var_model
mean  6.014778 4.832520 0.8649787
sd    2.242236 2.977291 0.2784697
min   2.309271 0.258822 0.3510731
max   9.999050 9.997047 2.3316762
q025  4.027632 2.081875 0.6706486
q050  5.995384 4.763502 0.8139247
q075  7.928539 7.484341 0.9857648
[1] "cisapride, IK1 channel"

Parameters:
          Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
log10IC50   4.4696     2.6990   1.656    0.129
h           0.5133     0.5304   0.968    0.356

Residual standard error: 5.261 on 10 degrees of freedom

Parameter correlation:
          log10IC50      h
log10IC50     1.000 -0.988
h            -0.988  1.000

또한 results/cisapride 디렉토리를 보시면 여러개의 rds 파일이 생성되어 있습니다. 필요한 경우 R에서 load하여 2000회의 MCMC 시뮬레이션 된 원자료를 사용할 수 있습니다.

[shanmdphd]

한개의 약물(위에서 cisapride)이 아닌 12개 모두에 대해 실행하고 싶으면 아래 코드를 실행하세요.

sh run_IC50_mcmc.sh