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CiPA 코드 재현 (작성 중)

가톨릭대 연구진은 CiPA 코드 재현하고 난 뒤, 발견한 몇가지 중요한 사항을 아래와 같이 정리하였습니다. CiPA 코드를 사용하는 최대한 자세한 설명을 국문으로 제공하는 것이 이 문서의 목적입니다.

최신 버전의 R, Rtools(윈도우 환경), Rstudio, git 을 설치하는 것이 추천됩니다.
Rtools 설치하고 제어판의 시스템변수의 PATH에 ;C:\Rtools\bin 추가해야 cmd 창에서 Rscript 명령어를 쓸 수 있습니다.
CiPA에서 공개한 대부분의 R코드는 모두 cmd 창의 Rscript를 사용하여 수행하게 되어 있습니다.
이후 Rstudio의 Shell (Terminal) 기능 이용하여, cmd 창 열고 수행할 수 있습니다.
아래의 많은 명령어 옵션에서 2000이라는 숫자를 적절히 줄여서 수행하여 시간을 단축할 수 있으나 최종 분석에서는 가급적 2000회를 유지하는 것이 좋습니다.

Rscript generate_bootstrap_samples.R -d "bepridil" -n 2000을 실행합니다.
- data 디렉토리에 있는 파일을 알아서 찾아갑니다. 이 작업은 붓스트랩용 데이터 샘플링만 하는 단계이며 2000회 샘플링도 단시간에 끝나게 됩니다.
cd models로 디렉토리 변경 후 R CMD SHLIB hergmod.c를 실행합니다. (한번만 해주면 됩니다.)

Rscript IC50_mcmc.R -d beprildil -f data/test_bep.csv -n 2000
- MCMC인데 2000주어도 3-4분 내 끝남. README file에 있는 Rscript 명령을 수정해야 돌아감.
- 디렉토리 위치 data 넣어 주어야 함

Improving the In Silico Assessment of Proarrhythmia Risk by Combining hERG (Human Ether-à-go-go-Related Gene) Channel-Drug Binding Kinetics and Multichannel Pharmacology.
- Circ Arrhythm Electrophysiol. 2017 Feb;10(2):e004628. doi: 10.1161/CIRCEP.116.004628. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28202629
- 기존의 ORd 모델은 hERG 채널 내에 약물분자가 trapping 되는 현상을 반영하지 못하였다.
- hERG 채널의 trapping을 반영한 모델을 만들기 위해 hERG 채널만 발현시킨 HEK293 세포에서 CiPA 약물 실험
Optimization
An evaluation

TBD